MicX sRNA
| MicX Vibrio cholerae sRNA | |
|---|---|
Sekundär struktur av MicX sRNA.
| |
| Identifierare | |
| Symbol | MicX |
| Rfam | RF01808 |
| Övriga uppgifter | |
| RNA -typ | sRNA |
| Domän(er) | Vibrio cholerae |
| PDB- strukturer | PDBe |
MicX sRNA (tidigare känt som A10 ) är ett litet icke-kodande RNA som finns i Vibrio cholerae . Den fick namnet MicX eftersom den har en liknande funktion som MicA, MicC och MicF i E. coli . MicX sRNA reglerar negativt ett yttre membranprotein (kodat av VC0972 ) och även en komponent av en ABC-transportör (gen VC0620 ). Dessa interaktioner förutspåddes och bekräftades sedan med hjälp av en DNA-mikroarray .
MicX identifierades genom en bioinformatisk screening av V. cholerae som tidigare förutspåtts. Nivåer av transkription av detta sRNA jämfördes under flera förhållanden: det visade sig uttryckas på alla testade medier ; rikare medier något reducerad transkription; repression av vissa sigmafaktorer (δS och δE ) förändrade inte transkriptionen men den reducerades dramatiskt i frånvaro av Hfq -protein . Denna observation är i enlighet med andra sRNA-expressionsmönster.
MicX RNA-genen överlappar med VCA0943 - en gen som kodar för en maltostransportörpermeas - men ribonukleaset RNAase E bearbetar MicX-transkriptet för att skapa en aktiv och stabil form som endast innehåller VCA0943 3' UTR .
Se även
Vidare läsning
- Gottesman S (2004). "De små RNA-regulatorerna av Escherichia coli: roller och mekanismer*" . Årlig översyn av mikrobiologi . 58 : 303-328. doi : 10.1146/annurev.micro.58.030603.123841 . PMID 15487940 .
- Schlüter JP, Reinkensmeier J, Daschkey S, Evguenieva-Hackenberg E, Janssen S, Jänicke S, Becker JD, Giegerich R, Becker A (april 2010). "En genomomfattande undersökning av sRNA i den symbiotiska kvävefixerande alfa-proteobacterium Sinorhizobium meliloti" . BMC Genomics . 11 : 245. doi : 10.1186/1471-2164-11-245 . PMC 2873474 . PMID 20398411 .
- Sittka A, Sharma CM, Rolle K, Vogel J (juli 2009). "Djup sekvensering av Salmonella RNA associerad med heterologa Hfq-proteiner in vivo avslöjar små RNA som en viktig målklass och identifierar RNA-bearbetningsfenotyper. " RNA-biologi . 6 (3): 266–275. doi : 10.4161/rna.6.3.8332 . PMID 19333007 .