HITS-CLIP

Högkapacitetssekvensering av RNA isolerat genom tvärbindande immunoutfällning ( HITS-CLIP ) är en variant av CLIP för genomomfattande kartläggning av protein – RNA -bindningsställen eller RNA-modifieringsställen in vivo . HITS-CLIP användes ursprungligen för att generera genomomfattande protein-RNA-interaktionskartor för det neuronspecifika RNA-bindande proteinet och splitsningsfaktorn NOVA1 och NOVA2; sedan dess har ett antal andra splitsningsfaktorkartor genererats, inklusive de för PTB, RbFox2, SFRS1, hnRNP C och till och med N6-Methyladenosine (m6A) mRNA-modifieringar.

HITS-CLIP av det RNA-bindande proteinet Argonaute har utförts för identifiering av mikroRNA-mål genom att avkoda mikroRNA -mRNA- och protein-RNA-interaktionskartor i mushjärna, och därefter i Caenorhabditis elegans , embryonala stamceller och vävnadsodlingsceller.

Som en ny modifiering av HITS-CLIP utvecklades m6A-CLIP för att exakt kartlägga N6-Methyladenosine(m6A)-platser i mRNA genom UV-tvärbindning av m6A-antikropp till mål-RNA. Nyligen, förbättrad bioinformatik tillämpad på Argonaute HITS-CLIP möjliggör identifiering av bindningsställen med enstaka nukleotidupplösning.

Liknande metoder

• PAR-CLIP , för att identifiera bindningsställena för cellulära RNA-bindande proteiner (RBP) och mikroRNA-innehållande ribonukleoproteinkomplex (miRNP) i vävnadsodlingsceller.
• iCLIP , för en grundlig amplifiering av cDNA-biblioteket, inklusive trunkerade cDNA, vilket också möjliggör ett ytterligare sätt att identifiera tvärbindningsställen.

externa länkar

• CLIPSim-MC : CLIPSim-MC är ett verktyg som använder CLIP-seq-data för att hitta miRNA /MRE-parningar med en Monte-Carlo-baserad metod.
• starBase-databas : en databas för att utforska miRNA-mRNA, miRNA- lncRNA , miRNA-sncRNA, miRNA- circRNA , miRNA- pseudogen , protein- lncRNA , protein-RNA- interaktioner och ceRNA -nätverk från HITS-CLIP ( CLIP-Seq , PAR-CLIP) , iCLIP , CLASH ) data och TargetScan , PicTar, RNA22, miRanda och PITA mikroRNA-målplatser.
• clipz : en pipeline för att analysera korta RNA-avläsningar från HITS-CLIP-experiment.
• dCLIP : dCLIP är ett Perl-program för att upptäcka differentiella bindningsregioner i två jämförande CLIP-Seq (HITS-CLIP, PAR-CLIP eller iCLIP) experiment.