HLA-DQ4
|
HLA-DQ4 ( MHC klass II , DQ cellyteantigen) |
|||
|
|||
| Illustration av HLA-DQ med gliadinpeptid i bindningsfickan. | |||
| Cis-haplotyp | Haplotyp | ||
| isoform, | undertyp | DQA1 | DQB1 |
| DQ a3p 4,1 _ | DQ4.3a | *0401 | |
| DQ a3p 4,2 _ | DQ4.3b | *0303 | *0402 |
| DQ a4p 4,2 _ | DQ4.2 | *0402 | |
HLA-DQ4 (DQ4) är en serotypundergrupp inom HLA-DQ (DQ) serotyper. Serotypen bestäms av antikroppsigenkänning av β4- underuppsättning av DQ β-kedjor. β-kedjan av DQ kodas av HLA-DQB1- lokuset och DQ4 kodas av HLA-DQB1 *04- allelgruppen. Denna grupp innehåller för närvarande 2 vanliga alleler, DQB1 *0401 och DQB1 *0402 . HLA-DQ4 och HLA-DQB1*04 är nästan synonyma i betydelse. DQ4 β-kedjor kombineras med α-kedjor, kodade av genetiskt länkade HLA-DQA1- alleler, för att bilda cis - haplotypisoformerna . Dessa isoformer, med smeknamnen DQ4.3 och DQ4.4, kodas också av generna DQA1 *0303 respektive DQA1 *0401 .
Serotyp
| DQB1* | DQ4 | DQ3 | Prov |
| allel | % | % | storlek (N) |
| 71 | 10 | 176 | |
| 86 | 2 | 1085 | |
| Rött indikerar nivån av "falsk" reaktion i icke-DQ4 serotyper | |||
Alleler
DQB1*0401
DQB1*0402
Haplotyper
DQ4.3
DQA1*0303:DQB1*0401 är kopplad till DRB1*0405 och är vanlig på västra Stillahavskanten, från Indonesien till Japan och inlandsområden i östra Asien. I Japan ger det känslighet för ungdomsdiabetes troligen via DR4-genen.
DQA1*0303:DQB1*0402 finns främst i nordöstra Asien och västra Stillahavskanten. Det liknar DQA1*0303:DQB1*0402.
DQ4.2
DQA1*0401:DQB1*0402 har en trimodal global distribution. De högsta frekvenserna finns i höglandsregionerna i den nya världen, med en topp i NW Mexiko och i Anderna . Det finns också på höga nivåer i Namibia och Botswana . Mellan dessa två populationer är det måttligt högt i Ainu i norra Japan.
DQ4 och sjukdom
DQ4 är associerat med:
- juvenil diabetisk retinopati
DR8-DQ4 haplotypen är associerad med
- papillära sköldkörtelkarcinom
- juvenil idiopatisk artrit via DR8 allel,
- kronisk klamydiainfektion ,
- möjligen pemfigus
DR4-DQ4(DRB1*0405:DQB1*0401) är associerad med:
- autoimmun pankreatit,
- ungdomsdiabetes typ 1 ,
- reumatoid artrit på japanska.
Haplotypen DQA1*0303:DQB1*04 är associerad med:
- Crohns sjukdom på japanska.
Andra sjukdomar som nämns är lungödem på hög höjd , Vogt–Koyanagi–Haradas sjukdom (DRB1*0405, se ovanstående tabell för japanska), HIV-resistens i USA och hemofili A (anti-FVIII-hämmaresvar).
DQ4 distribution
| DQ | DR - DQ | DR | DQ | Frekv | ||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Serotyp | haplotyp | B1 | A1 | B1 | % | rang | ||
| DQ4 | DR4 - DQ4 | 0405 | 0303 | 0401 | 14. | 3 | ² | |
| 0410 | 0303 | 0402 | 1. | 9 | 11 | |||
| DR8 - DQ4 | 0802 | 0401 | 0402 | 1. | 3 | 15 | ||
| DQ5 | DR1 - DQ5 | 0101 | 0101 | 0501 | 6. | 4 | 5 | |
| DR14 - DQ5 | 1401 | 0104 | 0502 | 1. | 1 | 17 | ||
| 1401 | 0104 | 0503 | 0. | 8 | 18 | |||
| 1405 | 0104 | 0503 | 1. | 6 | 13 | |||
| DQ6 | DR8 - DQ6 | 0803 | 0103 | 0601 | 9. | 3 | 4 | |
| DR13 - DQ6 | 1302 | 0102 | 0604 | 6. | 0 | 6 | ||
| DR15 - DQ6 | 1502 | 0103 | 0601 | 12. | 9 | ³ | ||
| 1501 | 0102 | 0602 | 6. | 0 | 7 | |||
| DQ7 | DR11 - DQ7 | 1101 | 0505 | 0301 | 1. | 8 | 12 | |
| DR12 - DQ7 | 1201 | 0505 | 0301 | 2. | 7 | 9 | ||
| 1202 | 0601 | 0301 | 1. | 3 | 15 | |||
| DR14 - DQ7 | 1403 | 0503 | 0301 | 1. | 4 | 14 | ||
| DQ8 | DR4 - DQ8 | 0403 | 0301 | 0302 | 1. | 9 | 10 | |
| 0406 | 0301 | 0302 | 3. | 4 | 8 | |||
| DR8 - DQ8 | 0802 | 0401 | 0302 | 0. | 7 | 19 | ||
| DQ9 | DR9 - DQ9 | 0901 | 0302 | 0303 | 16. | 0 | 1 | |
Tabellen till vänster visar värdena för japanska (värden konverterade från fenotypfrekvenser till haplotypfrekvenser för konsekvensens skull) DR-DQ-typer. Denna tabell presenteras här på grund av mångfalden av DQ4-typer i den japanska befolkningen som inte setts någon annanstans. DQ4 är vanligtvis sällsynt över hela världen, men där det dyker upp oftare är något av intresse. Noden för DQ4 är med haplotypen DQA1*0401:DQB1*0402 (DQ4.24 för denna sida) i nordvästra Mexiko och höglandsregionen i västra Sydamerika och når 40 % haplotypfrekvenser i det området. Utanför den inhemska amerikanska befolkningen är DQ4.24 förhöjd till 10% i Ainu i Hokkaidō, Japan. Det finns ett antal andra AB-haplotyper som tyder på ett samband mellan Ainu och de mesoamerikanska och andinska populationerna samt Lakota Sioux har alla DQ4-nivåer högre än Ainu. Kopplingen av DQ4 i Asien verkar vara tyngst med DR8 (DR*0801, DR*0802, DR*0804) för DQ4.24 och frekvensen är förhöjd från Ryukyu-öarna till Okhotsk, Ulchi, Negidal, Tofalar med cirka 10 % faller av i Mansi på 4% och punktnivåer däremellan. Haplotypdiversiteten hos DQB1*0402 verkar vara centrerad kring Amurfloden/japanska ökedjan, och mångfalden hos DQB1*0401 följer ungefär ett liknande mönster. DQ4.24 är också hög hos svenskarna men detta kan bero på genflödet från öst till väst som kan spåras på andra HLA-loci.
Eftersom DQA1*0401:DQB1*0402 finns i !Kung, antar man rimligen att den utvecklades i Afrika och migrerade med en av flera potentiella vågor, förmodligen den tidigaste. Att spåra migrationsvägen är överdrivet svårt, men det verkar som om en möjlig andra expansionsnod i Centralasien och inte den västra Stillahavsområdet/österrikisk-indiska rutten postulerade som den tidiga mänskliga distributionen. De vanligaste haplotyperna i !Kung (till exempel Cw-B) som också förekommer i Eurasien verkar ha associerats med den tidigaste migrationen och tyder på en kustvandring; men de relativt höga frekvenserna i Ainu- och Amurbassängen antyder en migration genom Transbaikal som är förenlig med arkeologi från omkring 18 kya. Man förväntar sig med en sådan rutt att koreanska skulle vara högre än japanska och japanska högre Ryukyuanerna fortfarande högre än taiwanesiska aboriginer. Från väster är genfrekvenserna i Levanten- och Svartahavsregionen på "diffusiva" nivåer medan det finns fickor med ökad frekvens i Zoroastrians i Yadz-regionen (DQA1*0401 och DQB1*0402). Således är DR8-DQ4.24-haplotypen förmodligen en av västerländskt ursprung.
DR4-DQA1*0303:DQB1*040X kan hittas vid höga frekvenser i PNG-höglandsgrupper men inte DQ4.24. DR*0405 och DR*410 hittas specifikt associerade med dessa DQ-typer och det finns en viss mångfald av haplotyp. Så att det verkar som om närvaron av DQA1*03:DQB1*04 är av ursprung i västra Stillahavsområdet i japanska och proximala sibirier, men tyvärr finns det ingen aktuell typning av dessa haplotyper i Taiwans ursprungsbefolkning. Förekomsten i Indonesien kan vara resultatet av retrograd genflöde som kan etableras av andra HLA-typer såväl som mtDNA.