Caldococcus
| Caldococcus | |
|---|---|
| Vetenskaplig klassificering | |
| Domän: | |
| Provins: | |
| Klass: | |
| Beställa: | |
| Släkte: |
Caldococcus
|
| Art | |
| Synonymer | |
|
|
Caldococcus är ett släkte av Archaea i ordningen Desulfurococcales .
Egenskaper
Caldococcus är ett släkte av Archaea som finns i klassen Desulfurococcales . Medlemmar av släktet är strikt anaeroba, hypertermofila kocker som reducerar sulfid och oxiderar svavel. De kan hittas i hypertermiska ventiler och varma källor som de i Yellowstone National Park
Arter
Caldococcus noboribetus
Isocitrate Dehydrogenase Research
Caldococcus noboribetus -gener har muterats för att förstå egenskaperna hos isocitratdehydrogenasets förfädersprotein. De mutanta isocitratdehydrogenasgenerna innehåller antagna förfäderssekvenser som har uttryckts i E. coli- celler. Uttryck av dessa gener resulterade i proteiner med förfäders aminosyrasekvenser, vilket gav bevis för relationer med en hypertermofil universell förfader. Termostabiliteter för de renade enzymerna hade större termisk stabilitet än vildtyps isocitratdehydrogenas. Detta stöder en hypotes att den sista universella gemensamma förfadern var termofil eller hypertermofil. Detta fynd har implikationer för att förstå den evolutionära historien för andra proteiner samt för att konstruera proteins termostabilitet för experimentella eller industriella ändamål.
En gen som kodar för isocitratdehydrogenas (ICDH) klonades från Caldococcus noboribetus och sekvenserades. En aminosyrasekvens av ICDH visade likheter med bakteriella ICDH-gener som finns i både Vibrio- och E. coli -arter. Sekvenser från den senare delade cirka 50% identitet med den arkeala ICDH. Genen uttrycktes i E. coli genom att ligera den till en T7-promotor och den resulterande molekylvikten för genprodukten var cirka 48 000. Denna uppskattning överensstämde med en uppskattning från den härledda aminosyrasekvensen. Genprodukten visade också ett NADP-beroende för att fungera vid 80 °C. ICDH-genen isolerad från C. noboribetus visade en högre termostabilitet än en värdhärledd ICDH. Från denna information är det troligt att denna art skulle kunna ge information om en förfäders hypertermofil. Sådan information skulle hjälpa till att bygga ett komplett fylogenetiskt träd av hypertermofila arkeabakterier.
Caldococcus litoralis
Caldococcus litoralis publicerades som en representant för ett nytt släkte, baserat på en signifikant skillnad på 14 % i GC-innehållet med Thermococcus celer , den enda representanten för Thermococcus celer, den enda representanten för Thermococcus som var känd när studien gjordes 1987. C. litoralis är oregelbundet formade kocker, varierande från 0,7-2,1 µm i storlek. Arten isolerades från heta vulkaniska öppningar vid Hot Beach på Kunashir Island, Japan . Det är en marin och extremt termofil arkebakterie som kan växa vid 55-100 °C, med en optimal temperatur på 88 °C . Den är också kapabel att växa vid pH-värden som sträcker sig från 5,9 -7,0 med ett optimum vid pH 6,4. Under optimala förhållanden är genereringstiden 44 minuter med 6 g pepton per liter och elementärt svavel och en elektronacceptor.
C. litoralis har monopolära filamentösa buntar och är strikt anaerob. Den använder peptider som en kol- och energikälla; det växer i närvaro av elementärt svavel, som det reducerar till H 2 S.
C litoralis är resistent mot vankomycin, kloramfenikol, bensylpenicillin, streptomycin och rifampicin. Dess RNA-polymeras reagerar inte med antikroppar mot Desulfurococcus RNA-polymeras. Den har en GC-halt på 41,0 ± 0,2 mol%. På grund av dess GC-innehåll och dess morfologiska och fysiologiska egenskaper tilldelades det ursprungliga isolatet ett nytt släkte, Caldococcus gen. nov., med typstammen C. litoralis sp. nov.; typen av stam är Z-1301.
Det har föreslagits att C. litoralis omklassificeras som Thermococcus litoralis Z-1301." T. litoralis är en mer nyligen publicerad art som inte var känd vid den tidpunkt då den ursprungliga studien utfördes. Detta förslag stöds av immunoblotting-analyser som indikerar att de två är samma art Ytterligare stöd inkluderar 96 % homologi mellan de två stammarna efter DNA-DNA-hybridisering.
Vidare läsning
Vetenskapliga tidskrifter
- Burggraf S, Huber H, Stetter KO (1997). "Omklassificering av crenarchael-order och familjer i enlighet med 16S rRNA-sekvensdata" . Int. J. Syst. Bakteriol . 47 (3): 657–660. doi : 10.1099/00207713-47-3-657 . PMID 9226896 .
- Aoshima M, Yamagishi A, Oshima T (1996). "Isocitratdehydrogenas av Eubacteria-typ från en arkeon: kloning, sekvensering och uttryck av en gen som kodar för isocitratdehydrogenas från en hypertermofil arkebakterie, Caldococcus noboribetus". Båge. Biochem. Biofys . 336 (1): 77–85. doi : 10.1006/abbi.1996.0534 . PMID 8951037 .
- Aoshima M, Nishibe Y, Hasegawa M, Yamagishi A, Oshima T (1996). "Klonning och sekvensering av en gen som kodar för 16S ribosomalt RNA från en ny hypertermofil arkebakterie NC12". Gene . 180 (1–2): 183–187. doi : 10.1016/S0378-1119(96)00451-9 . PMID 8973365 .
Vetenskapliga böcker
- Huber H, Stetter KO (2001). "Order II. Desulfurococcales ord. nov.". I DR Boone, RW Castenholz (red.). Bergey's Manual of Systematic Bacteriology Volume 1: The Archaea and the deeply branching and phototrophic Bacteria ( 2nd ed.). New York: Springer Verlag . ISBN 978-0-387-98771-2 .