C8orf82

Kromosom 8 öppen läsram 82 är ett protein som kodas hos människor av C8orf82- genen .

Gen

C8orf82 är en gen belägen på minussträngen av kromosom 8 i arten Homo sapiens på lokus 8q24. Genen är 3 400 baser lång och innehåller 3 exoner.

mRNA

Det mRNA som produceras av C8orf82-genen är 1 979 baspar långt med en kodande sekvens som börjar vid bas 159 och slutar vid bas 809. Enligt NCBI-genen finns det inga alternativa transkript eller isoformer . AceView listar flera alternativa transkript och isoformer, vars existens är osäker.

Homologi

C8orf82 är bevarad bland ryggradslösa djur , fiskar , reptiler , däggdjur och protister . C8orf82 visade sig inte vara konserverad bland bakterier , arkéer , växter , svampar eller trichoplax . Domänen med okänd funktion DUF4505 verkar vara välbevarad bland de flesta ortologer .

Ortologer

Nedan finns en tabell över ortologer som erhållits med Blast.

Vanligt namn	Släkt & art	Datum för avvikelse från människor (MYA)	Tillträdesnummer	Sekvenslängd (AA)	Sekvensidentitet till människor	Sekvenslikhet med människor
Schimpans	Pan troglodyter	6.6	NP_001233407	216	98 %	98 %
Liten brun fladdermus	Myotis lucifugus	97,5	XP_006107626	157	91 %	92 %
Vildsvin	Sus scrofa	97,5	XP_013851838	269	53 %	56 %
pilgrimsfalk	Falco peregrinus	320,5	XP_013149891	205	70 %	76 %
Burmesisk python	Python bivittatus	320,5	XP_007436434	201	64 %	75 %
Schlegels japanska gecko	Gekko japonicus	320,5	XP_015273778	214	65 %	74 %
Crested ibis	Nipponia nippon	320,5	XP_009466919	168	66 %	72 %
Klippduva	Columba livia	320,5	XP_013226589	159	59 %	67 %
Kiwi fågel	Apteryx australis mantelli	320,5	XP_013800585	318	55 %	64 %
Grön sköldpadda	Chelonia mydas	320,5	XP_007063392	188	52 %	64 %
Blind grottfisk	Astyanax mexicanus	429,6	XP_007255700	217	63 %	75 %
Svart torsk	Notothenia coriiceps	429,6	XP_010788219	237	61 %	71 %
Fårhuvudsmygga	Cyprinodon variegatus	429,6	XP_015227424	166	57 %	65 %
Sjöborre	Strongylocentrotus purpuratus	747,8	XP_784244	265	54 %	72 %
Swallowtail fjäril	Papilio polytes	847	XP_013133745	166	52	72
Honungsbi	Apis mellifera	847	XP_393829.2	220	50 %	64 %
Kvalster	Metaseiulus occidentalis	847	XP_003744318	211	42 %	60 %
Svamp	Amphimedon queenslandica	936	XP_003384611	215	47 %	62 %
Protozoer	Tetrahymena thermophila	1724.7	XP_001015777.2	208	30 %	46 %
Protist	Thecamonas trahens	???	XP_013760738	237	32 %	44 %

Evolutionshistoria

C8orf82 tillhör inte en specifik genfamilj och har inga andra kända alternativa splitsningsisoformer. Detta gäller även för dess mest avlägsna förfader.

Jämförelse av C8orf82s % av aminosyraförändringar över tiden med cytokrom c och fibrinogen. Genereras med hjälp av data från ortologtabell.

Grafen ovan visar hur beteendet hos C8orf82s procent av aminosyraförändringar över tiden liknar det för fibrinogen och skiljer sig mycket från cytokrom c, vilket indikerar en mycket långsam förändringshastighet över tiden.

Nedan finns en graf som visar den procentuella identitetsförändringen för ortologerna som listas i ortologtabellen baserat på ortologernas avvikelsedatum .

C8orf82:s ortologs procentuella identitet förändras över tid baserat på datum för divergens.

Protein

C8orf82-genen kodar för proteinet som kallas UPF0598-protein C8orf82 eller bara C8orf82.

Generella egenskaper

Proteinet är 216 aminosyror långt och innehåller en domän med okänd funktion DUF4505. Denna domän med okänd funktion är också känd som pfam14956. Proteinet har en molekylvikt på 23,8 kDa och en isoelektrisk punkt på 9,36.

Kompositionsegenskaper

Isoleucin (0,5%) och lysin (1,4%) inom C8orf82 visade sig förekomma i lägre frekvenser jämfört med andra normala humana proteiner, medan prolin (9,7%) och arginin (10,6%) hade något högre förekomstfrekvenser.

Post-translationella modifieringar

Förutspådda posttranslationella modifieringar baserade på ExPASy- tester inkluderar fosforyleringsställen vid flera seriner , treoniner och tyrosiner . Dessutom upptäcktes också tyrosinsulfatering , sumoylering , O-länkad glykosylering , O-ß-GlcNAc-bindningsställen och ett NES - motiv .

En konceptuell översättning av UPF0598-protein C8orf82 som visar modifieringar efter translation och sekundär struktur.

Subcellulär lokalisering

C8orf82 förutspås vara lokaliserad inom mitokondrierna med hjälp av PSORT II-analys. Resultaten av en k -NN-förutsägelse tillskrev 60,9 % till mitokondriell lokalisering och 26,1 % till nukleär lokalisering.

Interagerande proteiner

ETFA har visat sig interagera med C8orf82 genom att använda masspektrometri med hög genomströmning affinitetsrening .

Uttryck

Med användning av antikroppsfärgning visade de flesta normala celler måttlig cytoplasmatisk och nukleär immunreaktivitet . Stark färgning observerades i placenta trofoblaster . Lymfoida vävnader , gliaceller och myocyter var svagt färgade eller negativa. En färgningsanalys gjordes också på cancerceller och resultaten var följande; en majoritet av maligna celler visade svag till måttlig positivitet. Många fall av maligna karcinoider och lymfom var negativa. I alla dessa tester användes endast en enda antikropp (CAB034331).

Microarray -data har visat att C8orf82 uttrycks överallt.

Microarray-data för C8orf82 i normala mänskliga vävnader.

En EST-profil för C8orf82 visar också allmänt förekommande uttryck.

EST-profil för C8orf82 hämtad från Unigene.