C8orf34
| C8orf34 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Identifiers | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| , VEST-1, VEST1, kromosom 8 öppen läsram 34 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| externa ID:n | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Wikidata | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C8orf34 är ett protein som, i Homo sapiens , kodas av C8orf34 -genen. Alias för C8orf34 inkluderar vestibul-1 eller VEST-1. Inom cellen är C8orf34 lokaliserad till kärnan och nukleolerna där det kan spela en roll i regleringen av genuttryck såväl som cellcykeln .
Gen
C8orf34-genen är lokaliserad på positiv-sens sträng av kromosom 8 vid lokus 8q13.2. På NCBI- genomsammansättningen GRCh38.p12 spänner den från 68330373 till 68819023. Den är 635 kbp lång och innehåller 14 exoner . Bland de sju möjliga transkripten för C8orf34 är det längsta 2452 baspar, som kodar för 538 aminosyror .
Gene grannar
Flera genloci ligger nära C8orf34-genen längs kromosom 8. Även om många av dessa är icke-funktionella pseudogener , är några av dessa gengrannar funktionella och proteinkodande. Den proteinkodande genen som ligger närmast C8orf34 är PREX2, en guanin-nukleotidutbytesfaktor för Rac-familjen av G-proteiner . Detta protein är involverat i insulinsignaleringsvägar. Mutationer i och överuttryck av PREX2-genen har observerats i vissa cancerformer.
| Gen | Plats | Fungera | NCBI-gen-ID |
|---|---|---|---|
| PREX2 | 67951918...68237033 | underlättar utbyte av BNP mot GTP på Rac1 (en GTPase) | 80243 |
| LOC105375888 | 68082051...68095535 | okarakteriserad | 105375888 |
| LOC107986951 | 68849606...68858076 | okarakteriserad | 107986951 |
| LOC108004543 | 68973432...68976574 | icke-kodande, känd för att genomgå icke-allelisk homolog rekombination (NAHR) med en annan region | 108004543 |
Genexpression
Inom cellen uttrycks C8orf34 främst i kärnan. C8orf34-proteinet saknar en signalpeptid för att det ska kunna sortera utanför kärnmembranet eller till andra organeller. En analys via PSORT II drog slutsatsen att C8orf34 är lokaliserad till kärnan med 94,1 % tillförlitlighet. Denna nukleära lokalisering antyder att C8orf34-protein kan ha en funktion relaterad till uttrycket och regleringen av gener i kärnan. Alternativt kan det vara involverat i underhållet och skyddet av cellens genetiska material.
C8orf34 uttrycks i ett brett spektrum av vävnader, inklusive njure, mage, tymus, hypofys, öra och hjärna. I hjärnan uttrycks C8orf34 i dentate gyrus , epitalamus och medulla . I mushjärnan uttrycks en ortolog C8orf34 starkt i granulatskiktet av dentate gyrus, de somatosensoriska områdena i hjärnbarken och i amygdala .
Reglering av uttryck
Flera olika transkriptionsfaktorer reglerar uttrycket av C8orf34-genen. Många av dessa transkriptionsfaktorer är relaterade till reglering av cellens progression genom cellcykeln och livslängd, vilket tyder på att C8orf34 utför en funktion relaterad till dessa processer.
| Transkriptionsfaktor | Fungera |
|---|---|
| OKT1 | Involverad i cellcykelregleringen av histon H2B-gentranskription och i transkriptionen av andra cellulära hushållningsgener. |
| STAT3 | Involverad i uttrycket av gener som framskrider cellcykeln från G1- till S-fas . Fungerar som en regulator av inflammatoriskt svar genom att reglera differentiering av naiva CD4+ T-celler till T-hjälpare Th17 eller regulatoriska T-celler (Treg). |
| HSF1 | Induceras snabbt efter temperaturstress och binder värmechockbefrämjande element (HSE). Detta protein spelar en roll i regleringen av livslängden. |
| MZF1 | Uttryckt i hematopoetiska progenitorceller som är engagerade i differentiering av myeloid härstamning. Den innehåller 13 C2H2 zinkfingrar arrangerade i två domäner som är åtskilda av en kort glycin- och prolinrik sekvens. |
Protein
Proteinprodukten från C8orf34-genen är 538 aminosyror lång, med en förutspådd molekylvikt på 59k Da och en isoelektrisk punkt på 5,9. På cellnivå stöder flera bevis slutsatsen att C8orf34 spelar en roll i reglering av genuttryck och reglering av cellcykeln .
Domäner
C8orf34 har en domän med titeln "Dimerization-anchoring domain of cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit" som sträcker sig över resterna 94 till 133. Proteiner med denna domän är subenheter av ett multimert proteinkinas . Den negativt laddade regionen i mitten av proteinet kan indikera platsen för en koordination med en metalljon, en vanlig struktur i proteiner som interagerar med DNA, inklusive zinkfingerproteiner .
Post-translationella modifieringar
C8orf34-proteinet genomgår få modifieringar efter translation . C8orf34-protein klyvs inte efter translation. Det finns åtta platser längs proteinet som är troliga kandidater för glykosylering och 27 troliga platser för fosforylering . Det finns fyra förutsagda SUMOyleringsställen i C8orf34. Var och en av dessa posttranslationella modifieringar förväntas ha viss effekt på proteinet. O-glykosylering kan påverka sorteringen av ett protein och proteinets konformation. I vissa fall kan glykosylering spela en roll vid vidhäftning och immunologiska processer. Fosforylering av aminosyrarester kan tjäna till att aktivera eller deaktivera den funktionella domänen av C8orf34. SUMOyleringsställen är rester som SUMO-proteiner (small ubiquitin-like modifier) kan binda för att modifiera proteinets funktion. SUMO-proteiner kan modifiera proteiner för att utföra många funktioner, inklusive nukleär-cytosolisk transport, transkriptionell reglering, fortskridande genom cellcykeln och till och med apoptos .
Strukturera
Den sekundära strukturen av C8orf34 förutspås bestå mestadels av fria slumpmässiga spolar med alfaspiraler som den dominerande organiserade strukturen. Alfaspiraler är ett vanligt motiv i proteiner som reglerar genuttryck och kan stödja denna funktion i C8orf34. Strukturförutsägelse- och analysapplikationen Phyre2 rapporterade att en del av C8orf34 har nära strukturell likhet med jästmetyltransferaset H3K4, ett enzym som påverkar genuttrycket genom att katalysera metylering av DNA.
Fungera
Mjukvarubaserade förutsägelser och experimentella resultat ger flera möjligheter när det gäller funktionen av C8orf34. Den höga frekvensen av alfaspiraler kan indikera några saker om C8orf34:s funktion. Alfa-spiraler finns vanligtvis i DNA-bindande motiv av proteiner, inklusive helix-turn-helix-motiv och zinkfingermotiv. Eftersom C8orf34 är lokaliserat till kärnan, stödjer närvaron av alfa-helixar ytterligare möjligheten att den är involverad i genreglering och uttryck. Proteinkinasdimeriseringsdomänen inom C8orf34 i kombination med dess närvaro i kärnan kan indikera att det är en typ av histonkinas .
Homologi
C8orf34 har förts över evolutionära händelser och har observerats uttryckas som ett ortologt protein i flera djurklader . Det finns inga observerade paraloger för C8orf34 i det mänskliga genomet som ett resultat av en gendupliceringshändelse .
Ortologer
Ortologer av C8orf34 finns i många arter. C8orf34 verkar ha dykt upp först i cnidarians , med havsanemoner som håller sin mest avlägsna ortolog. En ortolog som i struktur och funktion mest liknade mänsklig C8orf34 uppstod troligen i akvatiska kordater , eftersom det verkar finnas en högre identitetsnivå som börjar med hajar. Det finns ingen liknande homolog av C8orf34 i leddjur . Den här kladden kan ha utvecklats till att inte längre behöva C8orf34 för vilken funktion den än tjänade. Alternativt kan artropodarter ha ett substitut för C8orf34 som utför en liknande funktion.
| Organism | Vetenskapligt namn | NCBI anslutning | Identitet % | Seq Längd | Beräknad tid för divergens (MYA) |
|---|---|---|---|---|---|
| Mänsklig | Homo sapiens | NP_443190.2 | 100,00 % | 538 | 0,00 |
| Gorilla | Gorilla gorilla gorilla | XP_004047177.2 | 99,44 % | 538 | 9.06 |
| Schimpans | Pan troglodyter | NP_001186058.1 | 99,26 % | 538 | 6,65 |
| Hund | Canis lupus familiaris | NP_001182595.1 | 91,59 % | 451 | 96,00 |
| Mus | Mus musculus | NP_001153841.1 | 90,71 % | 462 | 90.00 |
| Chinchilla | Chinchilla lanigera | XP_013373625.1 | 90,48 % | 456 | 90.00 |
| Katt | Felis catus | XP_019678323.2 | 88,13 % | 537 | 96,00 |
| Häst | Equus caballus | XP_023504264.1 | 86,43 % | 534 | 96,00 |
| Trettonfodrad markekorre | Ictidomys tridecemlineatus | XP_021580557.1 | 85,53 % | 538 | 90.00 |
| Kyckling | Gallus gallus | XP_025003758.1 | 83,73 % | 620 | 312,00 |
| Amerikansk Alligator | Alligator mississippiensis | XP_019354134.1 | 82,20 % | 678 | 312,00 |
| Vitstrupsparv | Zonotrichia albicollis | XP_026647522.1 | 79,78 % | 657 | 312,00 |
| Västerländsk klös groda | Xenopus tropicalis | XP_002935369.2 | 77,23 % | 621 | 352,00 |
| Vanlig lådsköldpadda | Terrapene mexicana triunguis | XP_026503128.1 | 77,21 % | 414 | 312,00 |
| Australisk spökhaj | Callorhinchus milii | XP_007885522.1 | 70,80 % | 709 | 473,00 |
| Zebrafisk | Danio rerio | XP_005162763.1 | 70,65 % | 626 | 435,00 |
| Lampskal | Lingula anatina | XP_013381780.1 | 30,73 % | 517 | 797,00 |
| C. teleta | Capitella teleta | ELU06153.1 | 29,00 % | 516 | 797,00 |
| Östra Oytster | Crassostrea virginica | XP_022341487.1 | 26,91 % | 500 | 797,00 |
| Exaiptasia (havsanemon) | Exaiptasia pallida | XP_020895362.1 | 26,65 % | 548 | 824,00 |
Proteininteraktioner
Jäst två hybridexperiment har avslöjat att C8orf34 interagerar med ett antal proteiner utanför kärnan . Proteinet har visat sig interagera med ubiquitin C , ett prekursorprotein till polyubiquitin, som fungerar för att leda olika effekter i cellcykeln beroende på resterna det konjugerar till. C8orf34 har också visat interaktioner med MTUS2 (mikrotubuliassocierad tumörsuppressorkandidat 2). Det finns inte mycket information tillgänglig om denna proteinkandidat, men den är sannolikt involverad i tumörhämmande funktioner och cellcykelreglering. C8orf34 interagerar också med MCM7 (mini kromosom underhållskomplex komponent 7), en del av ett proteinkomplex som fungerar i initieringen av eukaryot genomreplikation under cellcykeln. C8orf34s interaktioner med dessa proteiner stödjer slutsatsen att det är involverat i transkriptionsreglering och cellcykelprogression.
Klinisk signifikans
Studier har fastställt att C8orf34 har samband med flera sjukdomar. Mutationer inom C8orf34 är associerade med risk för diarré och neutropeni hos patienter som får kemoterapi. En translokation som orsakar en fusion av C8orf34-genen med MET- protoonkogenen har hittats i vävnadsprov från patienter med papillärt njurkarcinom . En japansk patentansökan citerar för närvarande ett förfarande som påstås kunna skanna efter mutationer i C8orf34 som en metod för att upptäcka en medfödd sjukdom som orsakar hörselnedsättning.