BOLL

För annan användning, se boll (disambiguation) .
BALL projekt
Utvecklare BALL projektteam
Stabil frisättning
1.4.2 / 28 januari 2013 ; 10 år sedan ( 2013-01-28 )
Förhandsgranska release
1.4.79 / 7 augusti 2014 ; för 8 år sedan ( 2014-08-07 )
Förvar paket .debian .org /source /wheezy /ball
Skrivet i C++ , Python
Operativ system Linux , Unix , macOS , Windows
Plattform IA-32 , x86-64
Tillgänglig i engelsk
Typ Programvara ramverk
Licens LGPL
Hemsida ball-project .org

BALL (Biochemical Algorithms Library) är ett ramverk av klass C++ och en uppsättning algoritmer och datastrukturer för molekylär modellering och beräkningsstrukturell bioinformatik , ett Python- gränssnitt till detta bibliotek och ett grafiskt användargränssnitt till BALL, molekylvisaren BALLView .

BALL har utvecklats från en kommersiell produkt till gratis programvara med öppen källkod licensierad under GNU Lesser General Public License ( LGPL). BALLView är licensierad under GNU General Public License (GPL)-licensen.

BALL och BALLView har porterats till operativsystemen Linux , macOS , Solaris och Windows .

Molecule viewer BALLView, även utvecklad av BALL-projektgruppen, är en C++-applikation av BALL som använder Qt och OpenGL med realtidsstrålspåraren RTFact som renderingsbackends . För båda erbjuder BALLView tredimensionell och stereoskopisk visualisering i flera olika lägen och direkt applicering av BALL-bibliotekets algoritmer via dess grafiska användargränssnitt.

BALL-projektet utvecklas och underhålls av grupper vid Saarlands universitet , Mainz universitet och universitetet i Tübingen . Både biblioteket och tittaren används för utbildning och forskning. BALL-paket har gjorts tillgängliga i Debianprojektet .

Nyckelfunktioner

  • Interaktiv molekylär ritning och konformationsredigering
  • Läsa och skriva molekylära filformat (PDB, MOL2, MOL, HIN, XYZ, KCF, SD, AC)
  • Läser sekundära datakällor t.ex. (DCD, DSN6, GAMESS, JCAMP, SCWRL, TRR)
  • Generera molekyler från och matchning av SMILES- och SMARTS-uttryck till molekyler
  • Geometrioptimering
  • Klasser för minimerare och molekylär dynamik
  • Stöd för kraftfält (MMFF94, AMBER, CHARMM) för poängsättning och energiminimering
  • Python-gränssnitt och skriptfunktionalitet
  • Plugin-infrastruktur (3D Space-Navigator)
  • Molekylär grafik (3D, stereoskopisk visning)
  • omfattande dokumentation (Wiki, kodavsnitt, onlineklassdokumentation, buggspårare)
  • omfattande regressionstester
  • BALL projektformat för presentationer och samverkande datautbyte
  • NMR
  • redigerbara genvägar

BALL bibliotek

BALL är ett utvecklingsramverk för strukturell bioinformatik. Att använda BALL som en programmeringsverktygslåda gör det möjligt att avsevärt minska applikationsutvecklingstiden och hjälper till att säkerställa stabilitet och korrekthet genom att undvika ofta felbenägna omimplementering av komplexa algoritmer och ersätta dem med anrop till ett bibliotek som har testats av många utvecklare.

Fil import-export

BALL stöder molekylära filformat inklusive PDB, MOL2, MOL, HIN, XYZ, KCF, SD, AC och sekundära datakällor som DCD, DSN6, GAMESS, JCAMP, SCWRL och TRR. Molekyler kan också skapas med hjälp av BALLs peptidbyggare, eller baserat på SMILES-uttryck.

Allmän strukturanalys

Ytterligare förberedelser och strukturvalidering möjliggörs av t.ex. Kekuliser-, Aromaticity-, Bondorder-, HBond- och Secondary Structure-processorer. Ett fragmentbibliotek härleder automatiskt saknad information, t.ex. ett proteins väte eller bindningar. Ett Rotamer-bibliotek gör det möjligt att bestämma, tilldela och växla mellan ett proteins mest sannolika sidokedjekonformationer. BALLs transformationsprocessorer vägleder genereringen av giltiga 3D-strukturer. Dess urvalsmekanism gör det möjligt att specificera delar av en molekyl med enkla uttryck (SMILES, SMARTS, elementtyper). Detta val kan användas av alla modelleringsklasser som processorer eller kraftfält.

Molekylär mekanik

Implementeringar av de populära kraftfälten CHARMM, Amber och MMFF94 kan kombineras med BALLs minimerings- och simuleringsklasser (brantaste nedstigning, konjugatgradient, L-BFGS och skiftad L-VMM).

Python-gränssnitt

SIP används för att automatiskt skapa Python-klasser för alla relevanta C++-klasser i BALL-biblioteket för att tillåta samma klassgränssnitt. Python-klasserna har samma namn som C++-klasserna, för att underlätta portering av kod som använder BALL från C++ till Python och vice versa.

Python-gränssnittet är helt integrerat i viewer-applikationen BALLView och möjliggör därmed direkt visualisering av resultat beräknade av python-skript. Dessutom kan BALLView styras från skriptgränssnittet och återkommande uppgifter kan automatiseras.

BALLView

BALLView är BALLs fristående applikation för molekylmodellering och visualisering. Det är också ett ramverk för att utveckla molekylära visualiseringsfunktioner.

BALLView erbjuder standardvisualiseringsmodeller för atomer, bindningar, ytor och rutnätsbaserad visualisering av t.ex. elektrostatiska potentialer. En stor del av funktionaliteten i biblioteket BALL kan appliceras direkt på den laddade molekylen i BALLView. BALLView stöder flera visualiserings- och inmatningsmetoder såsom olika stereolägen, rymdnavigator och VRPN-stödda inmatningsenheter.

På CeBIT 2009 presenterades BALLView framträdande som den första kompletta integrationen av strålspårningsteknologi i realtid i ett molekylärt tittare och modelleringsverktyg.

Se även

Vidare läsning

externa länkar

Hämtad från " https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=BALL&oldid=1117294858 "