RasMol
 RasMol- banddiagramrendering av TRAF2-trimer PDB:1DOA
| |
| Originalförfattare | Roger A. Sayle |
|---|---|
| Utvecklare | Herbert J. Bernstein |
| Initial release | 1992 |
| Stabil frisättning | 2.7.5.1 / 17 juli 2009
|
| Förvar | |
| Skrivet i | C |
| Operativ system | Unix , Windows |
| Plattform | IA-32 , x86-64 |
| Tillgänglig i | engelsk |
| Typ | Molekylär grafik |
| Licens | GPL |
| Hemsida | |
RasMol är ett datorprogram skrivet för visualisering av molekylär grafik, avsett och används främst för att avbilda och utforska biologiska makromolekylstrukturer, såsom de som finns i Protein Data Bank . Den utvecklades ursprungligen av Roger Sayle i början av 1990-talet.
Historiskt sett var det ett viktigt verktyg för molekylärbiologer eftersom det extremt optimerade programmet gjorde det möjligt för programvaran att köras på (då) blygsamt kraftfulla persondatorer . Innan RasMol körde visualiseringsprogramvara på grafiska arbetsstationer som, på grund av sin kostnad, var mindre tillgängliga för forskare. RasMol fortsätter att vara viktigt för forskning inom strukturbiologi, och har blivit viktigt inom utbildning.
RasMol har en komplex licensversionshistorik . Från och med version 2.7-serien är RasMol -källkoden dubbellicensierad under en GNU General Public License (GPL), eller anpassad licens RASLIC . Från och med version 2.7.5 är en GPL den enda licensen som är giltig för binära distributioner.
RasMol inkluderar ett skriptspråk för att utföra många funktioner som att välja vissa proteinkedjor , ändra färger, etc. Jmol och Sirius programvara har inkorporerat detta språk i sina kommandon.
Protein Data Bank (PDB) filer kan laddas ner för visualisering från medlemmar av Worldwide Protein Data Bank (wwPDB). Dessa har laddats upp av forskare som har karakteriserat strukturen hos molekyler vanligtvis genom röntgenkristallografi , protein-NMR- spektroskopi eller kryo-elektronmikroskopi .
Kommunikation mellan processer
Rasmol kan kommunicera med andra program via Tcl / Tk på Unix- plattformar och via Dynamic Data Exchange (DDE) på Microsoft Windows .
Med ett program för justering av flera sekvenser kan den ansvariga Java-klassen användas fritt i andra applikationer.
Se även
- Lista över molekylära grafiska system
- Jämförelse av programvara för molekylär mekanik modellering
- Molekylär grafik
- Molekylredaktör
- Lista över programvarupaket med gratis och öppen källkod
externa länkar
-
Officiell hemsida
- Ladda ner RasMol (produktionsversioner)
- Källförråd (stabilt)
- Källförråd (utveckling)
- Proteindatabanker och filer
- RasMol utvecklingshistoria