Minst 7 mutationer i ALX3-genen är kända för att orsaka frontonasal dysplasi . Mutationerna eliminerar ALX3-proteinets funktion, vilket resulterar i minskad förmåga att binda till DNA. Förlusten av regulatorisk funktion resulterar i okontrollerad cellproliferation och migration under fosterutvecklingen . En speciell form av sjukdomen, kallad frontonasal dysplasi typ 1, uppvisar onormal utveckling av strukturer i mitten av ansiktet. Den vanligaste missbildningen av denna defekt är en spalt i näsan , läpparna och gommen .
ALX3 upptäcktes först av en grupp forskare, ledda av Hopi Hoekstra, en biolog från Harvard University, som undersökte hur randmönster bildas hos djur. De undersökte Rhabdomys pumiliom , allmänt känd som den afrikanska randiga musen på grund av de omväxlande färgade ränderna som observerades på dess rygg. En av medlemmarna i teamet, Ricardo Mallarino, upptäckte att ränderna bildades under embryogenes hos mössen. Melanocyter, de specialiserade cellerna som producerar pigmenten i huden, var inte aktiva i områden där de ljusare ränderna observerades. De undersökte sedan generna som är aktiva i dessa områden med hjälp av RNA-sekvensering. De upptäckte att ALX3 uttrycktes i de ljusa hårområdena men inte i de mörka hårområdena. De fann att alla möss uttryckte genen på buken men bara den afrikanska randiga musen uttryckte den på ryggen, därav varför remsorna visas. Protein-DNA-bindning utfördes sedan för att bestämma var ALX3-proteinet binder på DNA:t. ALX3 binder till promotorn och undertrycker MITF, vilket gör att transkription kan ske vid framställning av melanocyter. Fler tester utfördes för att bekräfta funktionen av ALX3 i de afrikanska randiga mössen. Genen observerades i andra gnagare som de nordamerikanska jordekorren och ansågs vara ansvarig för liknande resultat. Skillnaderna i evolution mellan arterna hindrade inte likheterna i uttrycket av genen. Detta fick teamet att tro att ALX3 kan ha samma effekt på däggdjur. Ytterligare studier måste dock slutföras för att bekräfta att ALX3 är ansvarig för detsamma hos andra däggdjur.
