A30-Cw5-B18-DR3-DQ2 (HLA Haplotype)

Ytterligare information: HLA DR3-DQ2
HLA-mini.png
Multigen haplotyp, human
HLA-region på kromosom 6
HLA A30-Cw5-B18-DR3-DQ2
Loci Gen Allel Serotyp
Klass I HLA-A A30
HLA-C Cw5
HLA-B B18
HLA-DR HLA-DRB1 DR3
HLA-DRB3 DR52
HLA-DQ HLA-DQA1
HLA-DQB1 DQ2
Knutpunkter
Population Maxima Frekv. Max
Sardinien , Italien 15,0 %
Associerade sjukdomar

Haplotyp (gen) 		Sjukdom(ar)
DQ2.5 Glutenintolerans
DR3-DQ2 Juvenil diabetes , sarkoidos
B8::DQ2 Autoimmun hepatit , Primär biliär cirros , Myasthenia gravis , Dermatitis herpetiformis

HLA A30-Cw5-B18-DR3-DQ2 ( A30 ::DQ2 ) är en multigen haplotyp som sträcker sig över en majoritet av det stora histokompatibilitetskomplexet på human kromosom 6 . En multigen haplotyp är en uppsättning ärvda alleler som täcker flera gener, eller gen-alleler. Långa haplotyper, som A30::DQ2, är i allmänhet resultatet av härkomst av gemensamma härkomster . När haplotyper ökar i storlek, kromosomal rekombination dem i en generationsberoende process.

A30::DQ2 kan skrivas i en utökad form som täcker de viktigaste histokompatibilitetsställena enligt följande:

HLA A *3002 : Cw *0501 : B *1801 : DRB1 *0301 : DQA1 *0501 : DQB1 *0201 .

Det finns flera sammansatta haplotyper, A30-Cw5-B18 och en variant A30-CBL-B18 omfattar A30::B18, det finns också B18-DR3-komponenten och HLA DR3- DQ2.5 . Andra haplotyper såsom Cw5-B16-DR3 eller B8-DR3-DQ2.5 har presenterats i litteraturen.

Ett dussin inflammatoriska sjukdomar i immunsystemet kan tillskriva haplotypen viss risk. Vissa sjukdomar som celiaki associeras främst med vissa gener. Medan andra sjukdomar, som typ 1-diabetes, kan ha flera, mycket olika, gener som tillskriver risk. Ytterligare andra sjukdomar, som myasthenia gravis, har obestämd koppling till haplotypen.

Haplotyper av A30-B18 eller Cw5-B18 har studerats (se allelefrequencies.net och IHWC 1991). Trots att stora områden i norra Afrika inte har studerats av HLA, verkar A30::DQ2 ha sitt ursprung sydväst om nuvarande läge på Sardinien. Gómez-Casado et al. (2000) observerade att haplotypen troligen är av paleo-nordafrikanskt ursprung, och senare studier av Nordafrika stöder detta fynd. Nordiberier delar med sardinierna en hög frekvens av haplotypen. Det finns dock vissa skillnader, kopplingsojämvikt hos sardiner är högst medan den baskiska haplotypen ofta har en annan Cw-allel som indikerar olika ursprung för haplotypen.

Distribution

Typer och frekvenser av A30-Cw5-B18
A Cw B DR DQ
S 30 5 18 3 2 Frekv.
G *3002 *0501 *1801 *0301 *0201 %
s sardiska 17.3
s baskiska 15.2
g Marocko arabiska 3.2
g N . Marocko berber 2.9
s schweiziska 2.9
s spanska 2.7
s N. Afrikansk negroid 2.3
s italienska 2.0
s albanska 1.8
s franska 1.7
g Tunisiska Tunis 1.2
s holländska 0,8
s tysk 0,6
s irländska 0,6
s sardiska Cw 14,0
s baskiska Cw 7.5
g Portugal söder Cw 4.1
g Azorerna (del) Cw 2.6
g Kap Verde SE öarna Cw 2.4
g Kap Verde NW öarna Cw 1.6
s italienska Cw 0,4
g Spanien Murcia 3.5
g Marocko Arabiska Cw 1.5
s Sardinien 15.1
g Portugal söder 8.2
g Portugal Center 2.0
g Södra Irland 1.0
g Tunisien 2.0
s=serotyp, g=genotyp


Blockerade kolumner är inte en del av haplotyper, dock: Om blocket betecknar AB så saknas Cw Om blocket Betecknas AB-DR så saknas Cw
Distribution av Cw5-B18 (inklusive A30-Cw5-B18, Cw5-B18-DR haplotyper som inte är listade som Cw5-B18) i den afroeuropeiska regionen Distribution
av B18-DR3 (inklusive Cw5-B18-DR och B18-DR3-DQ2 haplotyper som inte är listade som Cw5-B18) i den afroeuropeiska regionen

Den fullständiga haplotypen har en ganska begränsad distribution, från Sardinien till norra Spanien, till södra Spanien, Marocko och Tunisien. Spårmängder av A30-B18-DR3 finns i Tyskland, Italien. Men i fallet med tyskarna typades inte Cw-allelen så det är obestämt om haplotypen är av den "baskiska" varianten eller den förfäders "sardiska" typen. Dessutom har A30-serotypen aldrig lösts med hög upplösning på Sardinien gentypning och därför har A*3002 inte bekräftats.


Cw5-B18 Cw5-B18 (Cw*0501:B*1801) verkar vara den äldsta delen av haplotypen, eftersom den finns under sahelen i de regnskogsboende folken i Kamerun och den finns också i Nikoholo Mandenka. Den andra är inte upplysande om dess ursprung eftersom det verkar finnas ett senare genflöde mellan Mandenka och Tuareg Berber. Studier av Rimaibe, Fulbe i Burkino Faso avslöjade inte haplotypen och många områden i Västafrika har inte studerats för CwB-haplotyper. CwB-haplotypen når sin topp på Sardinien tillsammans med resten av haplotypen och kan hittas i högupplösta studier av S. Irish, N. Irish, UK Caucasoids och French. Många äldre studier hade inte upplösningen att detektera haplotypen under en frekvens på 1 procent, men en mängd olika bevis tyder på att den sjunker åt nordost för att spåra nivåer.(Se tabell nedan och karta till höger)


B18-DR3 B-DR-komponenten visar en liknande fördelning, men saknar adekvat testning söderut för att lösa dess sydligaste utsträckning. DR3-DQ2 är mycket vanligt i Väst- och Nordafrika. Och B18 är också förhöjd i N. Afrika och Mellanöstern, med toppnivåer i Italien. Men B18 som finns i Mellanöstern är kopplat till B18-DR11 (DR11 är mycket vanligt i östra Medelhavet). Nivån av B18-DR3 toppar på Sardinien men är också mycket hög i den baskiska regionen i norra Spanien. Detta är ett område i Europa där B18-DR3-nivån skiljer sig relativt från Cw5-B18, eftersom det verkar ha inträffat en sällsynt rekombinationshändelse i utvecklingen av Cw5-B18-DR3 som ledde till att Cw*0501 ersattes med Cw* 1201. Detta kan ha inträffat i nordvästra Iberien. Sardinien saknar denna rekombinant. Nivåer av B18-DR3 i Europa verkar vara kombinationer av haplotypen Cw*0501 och Cw*1201. Albanien har till exempel betydande nivåer av B18-DR3 men saknar Cw5-B18 i betydande mängder. I den holländska och tyska populationen har B-DR-haplotyper genomgått mer intensiva studier som tillåter detektering av haplotyper till mycket låga frekvenser (0,25 % i holländarna och 0,05 % i tyskarna), vilket gör att kanten av B18-DR3-haplotypen i Europa är uppenbar. Områden där skrivning saknar upplösning är Österrike, Slovakien, Tjeckien, etc. Nivåerna som kan detekteras i dessa regioner kan vara högre, liknande nivåer som upptäcktes i Schweiz under tidiga studier.(Se Tabell till vänster och Karta-vänster)


DR3-DQ2 DR3-DQ2-komponenten är inte ovanlig i Europa och delas av den nordvästeuropeiska släkthaplotypen AH8.1 . Dessutom förekommer DR3-DQ2-komponenten inom vissa europeiska grupper med den Afro-Centralasiatiska haplotypen A33-B58.


A30-B18 Områden där CwB är lågt eller otypat kan innehålla A30-B18. Till exempel indikerade en tidig studie av schweizarna en haplotypfrekvensnivå på 1 procent. A30-B18 har upptäckts i ett antal studier i Afrika, men i Östafrika ersätts Cw-allelen *0501 (Cw5) av Cw7 i Kenya och Cw2 i Sudan. A30-B18 hittas från Senegal till Marocko och når Frankrike. En nyligen genomförd studie av franska departement fann att A30-B18 finns i alla departement i Frankrike, vilket tyder på att den har en äldre utbredning i regionen. Det finns även hos tyskar under 1 procent. Eftersom haplotypen är likgiltig för Cw-allelen är nivån hög i baskien i norra Spanien. A30-B18-frekvenser vid spårnivåer kanske inte indikerar ett gemensamt ursprung med A30::DQ2. Två alleler finns av A30 i Europa, A*3001 och A*3002, varken är vanliga, men A*3002 är vanligare i Västeuropa (tillskrivs A30::DQ2-haplotypen) A*3001 är vanlig i Indien och österut, och B18 är hög i Italien, därför kommer slumpmässig rekombination att producera A30-B18, men detta kan vara av haplotypen A*3001-B18 -DR11 haplotyp.

Ursprung

Typer och frekvenser av A30-Cw5-B18
A Cw B DR DQ
S 30 5 18 3 2 Frekv.
G *3002 *0501 *1801 *0301 *0201 %
s Sardinien Cw 17,0
s baskiska Cw 8.1
g Azorerna (del.) Cw 3.6
g Tunisien Cw 3.0
s spanska Cw 2.8
g Marocko arabiska Cw 2.6
g N. Marocko Berber Cw 2.2
g Kenya Luo Cw 1.9
s Sudan Cw 1.8
s schweiziska Cw 1.5
g Portugal norr Cw 1.1
s italienska Cw 0,4
s tysk Cw 0,16
s sardiska 20.0
s baskiska 5.7
s Sp. Zigenare 3.9
s spanska 3.6
g N. Marocko Berber 3.2
s N. Afr. Negroid 3.4
s Senegal 3.0
g Nikoholo Mandenka 2.8
s franska 1.3
s italienska 1.1
g Bioko Bubi 1.0
g Kamerun, Regnskog 1.1
g Storbritannien kaukasoid 1.1
g N. Irländare 0,9
s N. Amerikansk negroid 0,6
s sardiska 16.4
g Italien Sardinien pop3 12.5
g Sp. baskiska Gipuzkoa 6.1
g Azorerna (del.) 3.6
s baskiska 3.2
s spanska 2.7
s Senegal 2.5
g Sp. Balaeirc öarna 2.2
g Frankrike Korsika 2.0
s Sp. Zigenare 2.0
g Sp. Katalonien Girona 1.7
s italienska 0,6
s=serotyp, g=genotyp


Blockerade kolumner är inte en del av haplotyper, dock: Om block betecknar AB så saknas Cw Om block Betecknat AB-DR så saknas Cw

Arkeologiska bevis tyder på att Sardinien bosattes för cirka 8000 år sedan, även om mänsklig ockupation har noterats för minst 20 000 år sedan. Under den neolitiska perioden drog svart obsidian andra medelhavsmän till ön. De lokala bidragen (italienska halvön via Korsika, Balearerna) och genetiska influenser från östra Medelhavet har utpekats som grundbefolkningar på ön. HLA klass II-typning ( HLA-DRB1 , DQA1 och DQB1 ) av sardinier avslöjade att de föll utanför det europeiska klustret och tenderade att falla i det grekiska och bulgariska klustret. Före denna studie typades klass I loci (se HLA ) som en del av en global maskinskrivningsworkshop som hölls 1991; Dessutom typades 551 familjer som härledde 2202 HLA A,B, Cw Haplotyper 1992. Vid den tiden hade A30-B18 noterats i algeriska berber och i södra Frankrike. Därefter avslöjade studier av Antonio Arniaz-Villena och 4 andra grupper på HLA klass I loci att allelfrekvensmönster i nordvästra Medelhavet klustrade ihop och med folk i Nordafrika och Mellanöstern. I ljuset av HLA distinktionerna av sardiner och den vanliga uppfattningen att ön var bebodd från norr, stämde inte A30-B18-DR3, den vanligaste haplotypen, med många åsikter om sardiska ursprung.

haplotypers unika egenskaper

A30::DQ2 är unik i Europa av flera anledningar. Studien från 1992 fann 6 haplotyper med mycket höga länkojämviktsvärden för den sardiska befolkningen med A30::DQ2 som den högsta frekvensen av dessa 6 haplotyper. Dessutom har A30-cw5-B18 den högsta maximala frekvensen för någon haplotyp i alla människor i Europa, med 15 procent, överskrider den AH8.1-haplotypen i Irland med 4 procent. (Men klass II-typning i västra Irland visade att AH8.1 kunde gå så högt som 15%). Haplotypen och dess underkomponenter är också i kopplingsojämvikt i Iberia (särskilt norra Iberien), Marocko.

När högupplöst typning av A*3002 används ökar ojämvikten. Till skillnad från AH8.1 är många komponenter i A30::DQ2 inte vanliga bland de flesta europeiska folk. Förutom A*3002:Cw*0501:B*1801 haplotyp, är A*3002, A30-allelen som finns i A30-Cw5-B18-haplotypen, sällsynt i Europa. Med undantag för denna A30-cw5-B18 A*3002- allelen vanligast i Afrika söder om Sahara. Frekvensen av denna allel är högst i Zambias Lusaka (23,3 %) och Zimbabwe Harare Shona (14,7 %) men är också hög i Senegal, Kamerun, marockanska berber, Kenya och inhemska sydafrikaner. Utanför regioner där A30-B18 finns i Europa är frekvensen av A*3002 låg till frånvarande. B*1801 är högst i norra Italien men höga frekvenser finns från Nordafrika till Mellanöstern och långt in i Afrika söder om Sahara. Dessutom är den konserverade Cw5-B18-kärnan i haplotypen inte vanlig bland andra européer eller östliga medelhavsmän som istället har Cw7-B18 och Cw*12-B18-haplotyperna. Och medan A*3002-B*1801 finns i Kenya (Cw*0701) inte är den Cw5/Cw*0501 som finns i västra Medelhavet, hittades A30-Cw2-B18 också hos folk med blandad arabisk-negroid härkomst i Sudan; dock hittades inte studiens Cw5-variant. Detta indikerar att A30-B18-haplotyper spontant kan bildas, men A30-Cw5-B18-DR3-DQ2-haplotypen existerar främst bland de inhemska populationerna i västra Medelhavet och superekvatorial-Västafrika.

Undersökningen av den kärnkonserverade regionen av haplotypen Cw5-B18 indikerar att den troligen har sitt ursprung i Afrika. DR3-DQ2-komponenten finns vid höga frekvenser i irländare, men i stark länkojämvikt i AH8.1-haplotypen. Nyligen genomförda studier indikerar att DR3-DQ2 i två grenar av AH8.1 har ett gemensamt ursprung i Afrika för cirka 75 000 år sedan; frekvensmaximum för haplotypen är i regionen Elfenbenskusten och nordvästra delen av Centralafrika. Sammantaget är A30-Cw5-B18-DR3-DQ2:s ursprung bland folk med djupa eurasiska härkomster högst osannolikt, och indikerar att detta haplotypöverflöd på Sardinien är en trolig konsekvens av en grundareffekt eller positivt urval och andra genetiska faktorer. Det finns en påstådd delad härkomst mellan sardinierna och baskerna, men Sardinien ligger proximalt till Nordafrika och har inte Cw-varianten som finns i baskien eller Marocko, medan baskerna med största sannolikhet kan tillskriva sin variant A30::DQ2 till genflöde från nordvästra Marocko.

Motstridiga ursprung

A30-B18 ursprung passar inte bra in i en viss kontrasterande grannsammanfogningsanalys (träd). Träd som placerar sardiner tillsammans med folk från östra Medelhavet har svårt att förklara ursprunget till haplotypen. I Israel är nivån av A*3002 mindre än en procent och i Asien detekteras allelen i vissa delar av Sydasien och kan vara associerad med andra nya migrationer från Afrika. Inom den Egeiska/joniska regionen visar endast Makedonien en avsevärd nivå av A*3002, och Albanien visar nivåer av B18-DR3, vilket indikerar genflöde från väster från den italienska halvön till den östra Joniska kusten. Medan haplotyper har en högre detektionströskel, har Cw5-B18 inte detekterats i något östligt medelhavsfolk; B18-DR3 är också sällsynt till Sardiniens öst förutom i italienarna, schweizarna och albanerna (1,8 %); och DR3-DQ2 är generellt lägst i Europa i nordöstra Medelhavet. Följaktligen, om haplotypen hade ett nyligen gemensamt ursprung i eller med folket i Egeiska havet eller Svarta havet, skulle den behöva ha expanderat från extremt låga frekvenser efter inträde på Sardinien. Studier av Egeiska populationer under det senaste decenniet har avslöjat förekomsten av alleler sällsynta i Eurasien och vanliga hos afrikaner söder om Sahara (Se kartan på sidan för folk som inte effektivt undersökts för HLA i Nordafrika). Även om det finns vissa likheter har dessa sällsynta alleler ofta en punkterad fördelning längs kustområdena som sträcker sig från Anatolien till Svarta havet genom de Egeiska och Joniska regionerna. Detta mönster fortsätter i västra Medelhavet, inklusive Europas Atlantkust (baskiska, Pasiegos-dalen). På grund av skillnaderna minskar dessa sällsynta allelfrekvenser, men när man rör sig västerut minskar dessa afrikanska affiniteter med Afrika söder om Sahara och affiniteten med nordvästra Afrika ökar. Den gemensamma ingrediensen som dessa studier har är kortare avstånd i ett lokalt kluster till "icke-kaukasiska" HLA-källor i de mest angränsande regionerna i Afrika där relevant HLA-typning har slutförts.

Det finns andra haplotyper som har liknande ursprung (t.ex. A2-Cw7-B58-DR16-DQ5.2) och tillsammans representerar dessa haplotyper cirka 30 procent av sardiska haplotyper efter genfrekvens, vilket indikerar potentialen för ett betydande och tidigt afrikanskt bidrag till Sardinien. Trots de antagna kopplingarna mellan Sardinier och Västeuropa har dessa haplotyper spridit sig dåligt in i Europa, med nivåer i Tyskland på 0,16 procent för A30-B18-DR3, 2 magnituder lägre än på Sardinien. Detta står i kontrast till AH8.1 en förfäders haplotyp för Västeuropa som har en mode inom Irland, men haplotypen finns på höga nivåer hos skandinaver, baskiska, schweiziska, ungrare, ukrainare, slovenier, etc. Argumentet om urval skulle kunna användas för att förklara dessa skillnader, men båda haplotyperna innehåller den DR3-DQ2 sjukdomsassocierade haplotypen.

Felkällor

De tidiga studierna av arkeologi och genetik Sardinien kan ha plågats av felaktiga antaganden. Till exempel kan de arkeologiska banden med Europa ha överbetonats med tanke på de dåliga arkeologiska studierna i Nordafrika. Nyligen genomförda arkeologiska studier i Afrika avslöjar framstegen för keramiktraditioner och djurhållning i Sahel före eller samtida med början av sydvästra Asiens neolitiska period. Dessutom, om afrikanska bidrag till Sardinien till stor del var en konsekvens av ett litet antal grundare före holocen, med tanke på höjda havsnivåer och låg befolkningstäthet, kanske inte arkeologiska observationer representerar tidig ockupation eller kulturella mönster. Möjligheterna för migrationer ökade i takt med att befolkningen i Sahara inträffade under holocenets klimatoptimum (9 000 till 5 000 år f.Kr.), men på senare tid har det skett en förflyttning av N. Afrikas ursprungsbefolkningar av invandrare från Phonecia , Egeiska havet , Italien, Arabien. I motsats till Nordafrika har de expansiva trenderna inom Europa under holocen skett en markant omfördelning av afrikanska ursprungsbefolkningar under slutet av holocen.

Grupperingen av genetiska associationer med nordvästra afrikaner och östra Medelhavsområden måste ses mot bakgrund av dålig provtagning i nordöstra Afrika, Tchad och många andra områden i Afrika. När det gäller de olika resultaten av grannanslutningsträden i olika studier är ett problem att A30-B18 är en viktig komponent, och ändå lyckades de flesta studier fram till 2002, inklusive gentypningsstudier, inte uppnå en fullständig typning av HLA- Ett lokus. De senaste studierna av korsikaner och sardiner (2002 och 2003) skrev en del HLA-A med hög upplösning men många, inklusive A30, skrevs med låg upplösning. Detta är ett vanligt problem som skapar falska antaganden över ett brett område av molekylär antropologi. Antagandet är att eftersom två alleler är nära besläktade bör de ha liknande distributioner. Men en jämförelse av fördelningen av A*3001 och A*3002 indikerar att A*3001 är vitt spridd med en bimodal fördelning (Indien och Västafrika) och dess utbredning inkluderar regionala populationer i periferin av den gamla världen, medan A*3002 är spridd över Öst- och nordvästra Afrika och västra Medelhavet, med frekvenser som sjunker snabbt och rör sig öst till väst längs nordöstra Indiska oceanen från södra Arabien. Följaktligen blandade den tidiga analysen två alleler tillsammans som en enda allel, en som hade en global fördelning och den andra som hade en mer västafrikansk/västra medelhavsfördelning.

Anteckningar

Referenser och tabellnoteringar

Vidare forskning

Hämtad från " https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=A30-Cw5-B18-DR3-DQ2_(HLA_Haplotype)&oldid=1129375648 "