års borgmästarval i San Diego hölls den 4 april 1899 för att välja borgmästare för San Diego . Edwin M. Capps valdes till borgmästare med en majoritet av rösterna.
En av de största frågorna under kampanjen var det kommunala ägandet av vattensystemet. Capps, stadsingenjören, sågs som vänlig mot San Diego Flume Company, medan Reed fick stöd av Southern California Mountain Water Company.
Den 4 april 1899 valdes Capps till borgmästare med en majoritet på 52,3 procent av rösterna. Reed kom på andra plats med 45,6 procent av rösterna. Helphingstine kom trea med bara 2,1 procent.