.NET Bio

.NET Bio
Originalförfattare	Microsoft Research
Utvecklare	Outercurve Foundation
Förvar	github .com /dotnetbio /bio
Skrivet i	C#
Operativ system	Linux , macOS , Windows
Plattform	.NET Framework , Mono
Typ	Bioinformatik och genomikbibliotek _
Licens	Apache-licens 2.0
Hemsida	web .archive .org /web /20130522040708 /http: //research .microsoft .com /en-US /projects /bio /mbf .aspx

.NET Bio är ett bioinformatik- och genomikbibliotek med öppen källkod skapat för att möjliggöra enkel inläsning, lagring och analys av biologiska data. Den designades för .NET Standard 2.0 och var en del av Microsoft Biology Initiative inom eScience-divisionen.

Historia

.NET Bio byggdes och släpptes ursprungligen av Microsoft Research under namnet Microsoft Biology Foundation (MBF) och packades senare om och släpptes av Outercurve Foundation som ett helt offentligt och öppen källkodsprojekt under Apache License 2.0 .

Förmågor

Biblioteket består av en uppsättning objektorienterade klasser skrivna i C# för att utföra vanliga bioinformatiska uppgifter som:

Läs och skriv standardinriktning och sekvensorienterade datafiler som FASTA och GenBank .
Få tillgång till webbtjänster online som NCBI BLAST för att söka i kända databaser efter sekvensfragment.
Algoritmer för lokala och globala anpassningar.
Algoritmer för sekvensmontering , inklusive en parallell DeNovo-assemblerimplementering.

Även om biblioteket i sig är skrivet i C# , kan det användas från vilket .NET- kompatibelt språk som helst och har exempel på olika användningsområden, inklusive från IronPython -skript.

Se även

externa länkar