BioRuby
 | |
 Ett BioRuby-skal på Rails
| |
| Stabil frisättning | 2.0.2 / 31 december 2020
|
|---|---|
| Förvar | |
| Skrivet i | Rubin |
| Typ | Bioinformatik |
| Licens | GPL |
| Hemsida | |
BioRuby är en samling Ruby- kod med öppen källkod , som omfattar klasser för beräkningsmolekylär biologi och bioinformatik . Den innehåller klasser för DNA- och proteinsekvensanalys , sekvensanpassning , biologisk databasanalys, strukturbiologi och andra bioinformatiska uppgifter. BioRuby släpps under GNU GPL version 2 eller Ruby-licens och är ett av ett antal Bio*-projekt, designat för att minska kodduplicering.
Under 2011 introducerade BioRuby-projektet Biogem-programvarupluginsystemet, med två eller tre nya plugins till varje månad.
BioRuby hanteras via BioRuby-webbplatsen och GitHub- förrådet.
Historia
BioRuby
BioRuby-projektet startades första gången 2000 av Toshiaki Katayama som en Ruby-implementering av liknande bioinformatikpaket som BioPerl och BioPython . Den första versionen av version 0.1 uppdaterades ofta av bidragsgivare både informellt och vid organiserade "hackathon"-evenemang; i juni 2005 finansierades BioRuby av IPA som ett Exploratory Software Project, som kulminerade med lanseringen av version 1.0.0 i februari 2006. Mellan 2009 och 2012 var BioRuby i fokus för ett antal Google Summer of Code- projekt för att förbättra kodbasen . BioRuby version 2.0.0 släpptes 2019.
Biogem
Biogem tillhandahåller en uppsättning verktyg för bioinformatiker som vill koda en applikation eller ett bibliotek som använder eller utökar BioRubys kärnbibliotek, samt dela koden som en pärla på rubygems.org. Alla pärlor som publiceras via Biogem-ramverket listas också på biogems.info.
Syftet med Biogem är att främja ett modulärt tillvägagångssätt för BioRuby-paketet och förenkla skapandet av moduler genom att automatisera processen för att sätta upp katalog-/filställningar, ett git-förråd och släppa onlinepaketdatabaser.
Populära Biogems
| # | Biogem | Beskrivning | Version |
|---|---|---|---|
| 1 | bio | Bioinformatikbibliotek | 1.4.3.0001 |
| 2 | biologisk mångfald | Parser av vetenskapliga namn | 3.1.5 |
| 3 | Enkel kalkylbladsextraktor | Grundläggande extraktion av kalkylarksinnehåll med Apache poi | 0.13.3 |
| 4 | Bio pärla | Programvarugenerator för Ruby | 1,36 |
| 5 | Bio samtools | Pärm av samtools för Ruby | 2.1.0 |
| 6 | t2 server | Stöd för interaktion med taverna 2-servern | 1.1.0 |
| 7 | bio ucsc api | Ruby ucsc api | 0.6.2 |
| 8 | entrez | http-förfrågan till entrez e-utilities | 0.5.8.1 |
| 9 | bio gadget | Gadget för bioinformatik | 0.4.8 |
| 10 | sekvensserver | Sprängsökning på ett enkelt sätt! | 0.8.7 |