Vitlök vanligt latent virus
| Vitlök vanligt latent virus | |
|---|---|
| Virusklassificering | |
| (orankad): | Virus |
| Rike : | Riboviria |
| Rike: | Orthornavirae |
| Provins: | Kitrinoviricota |
| Klass: | Alsuviricetes |
| Beställa: | Tymovirales |
| Familj: | Betaflexiviridae |
| Släkte: | Carlavirus |
| Arter: |
Vitlök vanligt latent virus
|
Garlic common latent virus ( GarCLV) är ett växtvirus som tillhör släktet Carlavirus som har hittats infektera vitlök globalt. Påvisande av viruset i purjolök och lök har också rapporterats.
Epidemiologi
GarCLV huvudöverföring sker genom förökningsmaterial. Som ett resultat är det ofta utbrett bland vitlöksgrödor. Virusens enstaka infektion i vitlök är vanligtvis symptomfri, men vid blandade infektioner med purjolök gulrandsvirus (LYSV, Potyvirus ) eller lökgult dvärgvirus (OYDV, Potyvirus ) kan det bilda "vitlöksviruskomplex" vilket ökar svårighetsgraden av de andra virusinfektionerna. Övrigt Allium spp. såsom Allium caeruleum , Allium cristophii , Allium cyathophorum , Allium nutans , Allium schoenoprasum , Allium scorodoprasum , Allium senescens subsp. montanum och Allium sphaerocephalon hade också rapporterats vara infekterade av GarCLV.
Genom
Virusets kompletta genom, exklusive poly-(A)-svans, är 8 353 nt långt och innehåller sex öppna läsramar (ORF). ORF 2, 3, 4 är trippelgenblock (TGB) som kodar för rörelseprotein , medan ORF5 är den kodande sekvensen för det virala höljeproteinet (CP).
Fylogeni
Tidigare fylogenetiska analyser baserade på kapsidgenen (CP) antydde att globala GarCLV-isolat var mycket lika och endast kan delas in i två huvudgrupper. De senaste fylogenetiska träden konstruerade med hjälp av kompletta nukleotidsekvenser av var och en av TGB- och CP-genen samlade dock globala isolat tillgängliga i NCBI GenBank i tre stora klader. Isolat i den tredje gruppen har hög genetisk variabilitet sinsemellan och isolat i de två andra grupperna, och tycks också förekomma mer sällan i naturen. Den efterföljande populationsstudien antydde att båda generna var under negativt urvalstryck , med trycket på CP var mer intensivt än på TGB. Som en konsekvens har TGB-genen högre genetiska variationer än CP-genen. De höga variationerna på TGB-gensekvenser minskade sannolikt vitaliteten hos vissa isolat, särskilt de som hör till mycket varierande Clade 3, vilket kan vara en av anledningarna till sällsyntheten av Clade 3-isolat i naturen.