TMEM63A
| TMEM63A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Identifiers | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| , KIAA0792, transmembranprotein 63A, HLD19 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Externa IDs | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Wikidata | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transmembranprotein 63A är ett protein som hos människor kodas av TMEM63A -genen . Det mogna humana proteinet är cirka 92,1 kilodalton (kDa), med ett relativt högt bevarande av massa i ortologer. Proteinet innehåller elva transmembrandomäner och sätts in i lysosomens membran . BioGPS-analys för TMEM63A hos människor visar att genen uttrycks överallt, med de högsta nivåerna av uttryck som finns i T-celler och dendritiska celler .
Gen
Översikt
TMEM63A är belägen på den negativa DNA-strängen av kromosom 1 på plats 1q42.12, spänner över baspar 226.033.237 till 226.070.069. Alias inkluderar KIAA0489 och KIAA0792. Den mänskliga genprodukten är ett mRNA på 4 469 baspar med 25 förutsagda exoner . Det finns 9 förutsagda splitsningsisoformer av genen, varav tre är proteinkodande. Promotoranalys utfördes med hjälp av El Dorado genom mjukvarusidan Genomatix . Den förutsagda promotorregionen spänner över 971 baspar , från 226 070 920 till 226 069 950 på den negativa strängen av kromosom 1 .
Gene grannskap
TMEM63A finns intill EPHX1- genen på den positiva senssträngen av DNA på kromosom 1 , såväl som LEFTY 1-genen på den negativa senssträngen. Andra gener i samma område på kromosom 1 inkluderar SRP9 och LEFTY 3 på den positiva strängen och MIR 6741 och PYCR2 på den negativa strängen.
Uttryck
TMEM63 uttrycks överallt i människokroppen på olika nivåer, och förekommer med den högsta relativa prevalensen i CD 8+ T-celler och CD 4+ T-celler . Måttliga relativa uttrycksnivåer observeras också i hela hjärnan, särskilt i den occipitalloben , parietalloben och bukspottkörteln . Analys av TMEM63A -uttryck i mus med hjälp av BioGPS avslöjade mer varierande uttrycksmönster, där det högsta uttrycket sågs i magen och tjocktarmen . Med hjälp av El Dorado-programmet från Genomatix förutspåddes transkriptionsfaktorreglering, vilket fann att ''TMEM63A'' är starkt reglerat av E2F- cellcykelregulatorer och EGR1 , en faktor som tros vara en tumörsuppressorgen med uttryck i hjärnan . 3' UTR förutsägs vara bunden av det regulatoriska elementet miR-9/9ab .
Protein
Egenskaper och egenskaper
Den mogna formen av det humana TMEM63A-proteinet har 807 aminosyrarester med en isoelektrisk punkt på 6,925. Detta är ganska bevarat över ortologer. En BLAST- anpassning avslöjade att proteinet innehåller tre domäner: RSN1_TM och två domäner med okänd funktion (DUF4463 och DUF221). RSN1_TM förutspås vara involverad i Golgi- vesikeltransport och exocytos . DUF4463 är cytosoliskt och på avstånd homolog med RNA-bindande proteiner . Denna domän kan användas för att bestämma orienteringen av proteinet i membranet, med N -terminalen av proteinet inom lysosomen och C-terminalen belägen i cytosolen .
Post-translationell modifiering har bestämts både experimentellt och med hjälp av bioinformatisk analys. Det finns två troliga ställen för glykosylering på proteinet: N38 och N450. Dessa förutspåddes med hjälp av NetNGlyc-programmet från ExPASy och TMEM63A-aminosyrasekvensen, såväl som den härledda orienteringen av proteinet i membranet. Det finns tre troliga ställen för fosforylering på proteinet: S85, S98 och S735, som förutspåddes med hjälp av NetPhos-programmet.
Proteinet har tre isoformer . Det mogna proteinet betecknas isoform CRA. De andra två isoformerna är X1 och X2, som är 630 aminosyrarester respektive 468 aminosyrarester långa. Isoform X1 saknar N-terminalen av det mogna proteinet, medan isoform 2 saknar C-terminalen .
Interaktioner
Med hjälp av textbaserad information tros TMEM63A potentiellt interagera med sex andra proteiner: EEF1D , FAM163B, CPNE9, TMEM90A, STAC2, HEATR3 och WDR67.
Fungera
Funktionen av TMEM63A är inte känd, även om en studie fann att den var i en region som troligen reglerades av mir-200a , kopplad till epitelial homeostas. En annan fann att det var i ett kvantitativt egenskapslokus kopplat till haloperidol -inducerad katalepsi .
Evolutionshistoria
Paraloger
TMEM63A har två paraloger: TMEM63B, som är belägen på 6p21.1, och TMEM63C, som ligger på C14orf171. Justering mellan dem visar att TMEM63C är närmare besläktad med TMEM63B än TMEM63A. En BLAST-inriktning visade homologi av TMEM63A och TMEM63B med proteiner som är lika avlägset besläktade som växter, medan TMEM63C var homolog endast så avlägset som i drosophila . Detta indikerar att TMEM63C sannolikt avvek från de två tidigt hos ryggradslösa djur .
Ortholog utrymme
TMEM63A har ett stort ortologutrymme, med homologer närvarande i organismer som är lika avlägset besläktade som växter.
| Släkt och art | Vanligt namn | Klass | Anslutning | Procent identitet |
|---|---|---|---|---|
| Otolemur garnettii | Bush baby | Mammalia | XP_003791028.1 | 91 % |
| Vicugna pacos | Alpacka | Mammalia | XP_006198896.1 | 92 % |
| Mus musculus | Mus | Mammalia | NP_659043.1 | 90 % |
| Trichechus manatus latirostris | Västindisk manatee | Mammalia | XP_004375949.1 | 89 % |
| Canis lupus familiaris | Hund | Mammalia | NP_001274088.1 | 89 % |
| Myotis davidii | Fladdermus med öron | Mammalia | XP_006761379.1 | 80 % |
| Pelodiscus sinensis | Kinesisk softshell sköldpadda | Sauropsida | XP_006118107.1 | 71 % |
| Alligator sinensis | Kinesisk alligator | Reptilia | XP_006016630.1 | 70 % |
| Ficedula albicollis | Krage flugsnappare | Aves | XP_005043078.1 | 69 % |
| Gallus gallus | Röd djungelfågel | Aves | XP_419384.3 | 68 % |
| Xenopus tropicalis | Västerländsk klös groda | Amfibier | NP_001072343.1 | 65 % |
| Ictalurus punctatus | Kanal havskatt | Actinopterygii | AHH42519.1 | 54 % |
| Culex quinquefasciatus | Södra husmygga | Insecta | XP_001861445.1 | 34 % |
| Clonorchis sinensis | Kinesisk leverslyng | Trematoda | GAA53916.1 | 23 % |
| Oryza sativa | Asiatiskt ris | Liliopsida | NP_001065504.1 | 20 % |
Vidare läsning
- Gregory SG, Barlow KF, McLay KE, et al. (2006). "DNA-sekvensen och den biologiska annoteringen av human kromosom 1" . Naturen . 441 (7091): 315–21. Bibcode : 2006Natur.441..315G . doi : 10.1038/nature04727 . PMID 16710414 .
- Gerhard DS, Wagner L, Feingold EA, et al. (2004). "Status, kvalitet och expansion av NIHs fullängds cDNA-projekt: Mammalian Gene Collection (MGC)" . Genome Res . 14 (10B): 2121–7. doi : 10.1101/gr.2596504 . PMC 528928 . PMID 15489334 .
- Ota T, Suzuki Y, Nishikawa T, et al. (2004). "Fullständig sekvensering och karakterisering av 21 243 humana cDNAs i full längd" . Nat. Genet . 36 (1): 40–5. doi : 10.1038/ng1285 . PMID 14702039 .
- Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH, et al. (2003). "Generering och initial analys av mer än 15 000 fullängds-cDNA-sekvenser för människor och mus" . Proc. Natl. Acad. Sci. USA . 99 (26): 16899–903. Bibcode : 2002PNAS...9916899M . doi : 10.1073/pnas.242603899 . PMC 139241 . PMID 12477932 .
- Suzuki Y, Yoshitomo-Nakagawa K, Maruyama K, et al. (1997). "Konstruktion och karakterisering av ett fullängdsanrikat och ett 5'-ändsanrikat cDNA-bibliotek". Gene . 200 (1–2): 149–56. doi : 10.1016/S0378-1119(97)00411-3 . PMID 9373149 .
- Maruyama K, Sugano S (1994). "Oligo-capping: en enkel metod för att ersätta lockstrukturen för eukaryota mRNA med oligoribonukleotider". Gene . 138 (1–2): 171–4. doi : 10.1016/0378-1119(94)90802-8 . PMID 8125298 .