TBP-associerad faktor
| TBP-associerad faktor (TAF6) | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
 drosophila dtafii42/dtafii62 (som TAF6/TAF9) heterotetramer, HFD-
| |||||||||
| identifierare | |||||||||
| Symbol | TAF | ||||||||
| Pfam | PF02969 | ||||||||
| Pfam klan | CL0012 | ||||||||
| InterPro | IPR004823 | ||||||||
| SCOP2 | 1bh9 / SCOPe / SUPFAM | ||||||||
| |||||||||
De TBP-associerade faktorerna ( TAF ) är proteiner som associerar med det TATA-bindande proteinet vid transkriptionsinitiering. Det är en del av transkriptionsinitieringsfaktorn TFIID multimert proteinkomplex . Det utgör också många andra faktorer, inklusive SL1 . De förmedlar bildningen av transkriptionspreinitieringskomplexet , ett steg som föregår transkription av DNA till RNA med RNA-polymeras II .
TAF har en signatur N-terminal histonliknande folddomän (HFD). Denna domän är inblandad i den parvisa interaktionen mellan specifika TAF:er.
Fungera
TFIID
TFIID spelar en central roll i att förmedla promotorsvar på olika aktivatorer och repressorer . Den binder tätt till TAFII-250 och interagerar direkt med TAFII-40. TFIID är sammansatt av TATA-bindande protein (TBP) och ett antal TBP-associerade faktorer (TAFS).
TAF är en del av TFIID-komplexet och interagerar med följande:
- Specifika transkriptionsaktivatorer
- Basala transkriptionsfaktorer
- Andra TAFII
- Specifika DNA-sekvenser, till exempel nedströmspromotorelementet eller genspecifik kärnpromotorsekvens
På grund av sådana interaktioner bidrar de till transkriptionsaktivering och till promotorselektivitet.
Vissa par av TAF interagerar med varandra för att bilda "lober" i TFIID. Par kända eller föreslagna att existera i TFIID inkluderar TAF6-TAF9, TAF4-TAF12, TAF11-13, TAF8-TAF10 och TAF3-TAF10.
SL1
Selektiv faktor 1 består av det TATA-bindande proteinet och tre TAF (TATA box-bindande protein-associerad faktor) subenheter ( TAF1A , TAF1B och TAF1C ). Dessa TAF:er har inte en histonliknande veckdomän.
Andra komplex
TAF är en del av SAGA (SPT-ADA-GCN5 acetylas) och relaterade samaktiveringskomplex. Sådana komplex acetylerar histonsvansar för att aktivera gener. Människan har tre SAGA-liknande komplex: PCAF , TFTC (TBP-fritt TAF-innehållande komplex) och STAGA ( SPT3 - TAF9 - GCN5L acetylas). PCAF (GCN5) och KAT2A (GCN5L) är två humana homologer av jästen Gcn5.
TAF8, TAF10 och SPT7L bildar ett litet TAF-komplex som kallas SMAT.
Strukturera
Den N-terminala domänen av TAF har en histonliknande proteinveckning. Den innehåller två korta alfaspiraler och en lång central alfaspiral.
Mänskliga gener
- TAF1 (TAFII250)
- TAF2 (CIF150)
- TAF3 (TAFII140)
- TAF4 (TAFII130/135)
- TAF4B (TAFII105)
- TAF5 (TAFII100)
-
TAF6 (TAFII70/80)
- TAF6L (PAF65A)
- TAF7 (TAFII55)
- TAF8 (TAFII43)
- TAF9 (TAFII31/32)
- TAF9B (TAFII31L)
- TAF10 (TAFII30)
- TAF11 (TAFII28)
- TAF12 (TAFII20/15)
- TAF13 (TAFII18)
- TAF15 (TAFII68)
Blandade signaturer
TAF-domäner är utspridda över många digitala signaturer:
|
|
|
|
|
|
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||