Promotorelement nedströms
Inom molekylärbiologi är ett nedströms promotorelement (DPE) ett kärnpromotorelement . Liksom alla kärnpromotorer spelar DPE en viktig roll i initieringen av gentranskription av RNA-polymeras II . DPE beskrevs först av TW Burke och James T. Kadonaga i Drosophila melanogaster vid University of California, San Diego 1996. Det finns också i andra arter inklusive människor, men inte Saccharomyces cerevisiae .
Tillsammans med initiatormotivet (Inr), ett annat kärnpromotorelement, känns DPE igen av transkriptionsfaktor II D (TFIID) subenheterna TAF6 och TAF9 . Det har visats att DPE-beroende basal transkription i hög grad beror på Inr (och vice versa) och på korrekt avstånd mellan de två elementen.
DPE- konsensussekvensen ansågs ursprungligen vara RGWCGTG, men nyare studier har föreslagit att den är den liknande men mer allmänna sekvensen RGWYV(T). Det är beläget cirka 28–33 nukleotider nedströms om transkriptionsstartstället .
Förekomst
Det har visat sig att DPE är ungefär lika utbrett som TATA-boxen i D. melanogaster . Medan en DPE hittades i många promotorer som inte innehåller en TATA-box, finns det även promotorer som innehåller både en TATA-box och en DPE.
Promotorerna för nästan alla Hox-gener av D. melanogaster , med undantag för de evolutionärt senaste generna, Ubx och Abd-A , innehåller ett DPE-motiv och saknar en TATA-box. Drosophila- promotorer som innehåller DPE-sekvensen inkluderar Abd-B , Antp P2 , bride of sevenless , brown , caudal , E74 , E75 , engrailed , Gsα , labial , nmMHC , ras2 , singed , stellate och white . I andra organismer än D. melanogaster har promotorn för IRF1 -genen för människa och mus befunnits innehålla en DPE-konsensussekvens på lämpligt avstånd från transkriptionsstartstället. Inte heller denna promotor innehåller en TATA-box.
DPE har också rapporterats spela roll i primitiv eukaryot Entamoeba histolytica .