Sortase A
| Sortera A- | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| identifierare | |||||||||
| EG nr. | 3.4.22.70 | ||||||||
| Databaser | |||||||||
| IntEnz | IntEnz-vy | ||||||||
| BRENDA | BRENDA inträde | ||||||||
| ExPASy | NiceZyme-vy | ||||||||
| KEGG | KEGG inträde | ||||||||
| MetaCyc | Metabolisk väg | ||||||||
| PRIAM | profil | ||||||||
| PDB- strukturer | RCSB PDB PDBe PDB summa | ||||||||
| |||||||||
Sortas A ( EC 3.4.22.70 , SrtA , SrtA-protein , SrtA-sortas ) är ett enzym . Detta enzym katalyserar en cellväggssorteringsreaktion , i vilken ett ytprotein med en sorteringssignal innehållande ett LPXTG-motiv, klyvs mellan Thr- och Gly-resten.
Detta enzym tillhör peptidasfamiljen C60.
Strukturera
Sortas A har en åttasträngad β-fasveck med en hydrofob klyfta som bildas av β7-β8-strängar. Denna klyfta är omgiven av β3-β4, β2-β3, β6-β7 och β7-β8 loopar. Den katalytiska cysteinresten finns i denna klyfta och accepterar efterföljande bindning av ett nukleofilt medel. β3-β4-slingan innehåller ett kalciumbindningsställe som binder kalcium via koordination till en rest i β6-β7-slingan. Sådan bindning saktar ner rörelsen av β6-β7-loopen, vilket gör att substratet av Sortase kan binda och öka dess aktivitet åtta gånger.
Används inom proteinteknik
Sortase A har använts i stor utsträckning som ett in vitro-verktyg för att posttranslationellt modifiera proteiner vid N- och C-terminalerna med en bifogad etikett. Dessa märkningar inkluderar biotin, fluoroforer, tvärbindare och multifunktionella prober.
I båda fallen är en molekyl konstruerad för att innehålla ett LPXTG-motiv i ena änden och en annan molekyl är konstruerad för att innehålla ett (Gly)n-motiv i en annan ände. Vid klyvning av LPXTG-motivet bildar Sortase en tioestermellanprodukt med den konstruerade molekylen. Denna intermediär löses sedan upp genom nukleofil attack av den (Gly)n-innehållande molekylen för att bilda en fusion mellan de två molekylerna med ett mellanliggande LPXT(Gly)n-motiv.
För att uppnå N-terminal märkning av ett protein är LPXTG-motivet konstruerat för att vara vid märkningens C-terminal. Proteinet är konstruerat för att ha en N-terminal (Gly)n. För att uppnå C-terminal märkning av samma protein är LPXTG-motivet konstruerat för att vara vid proteinets C-terminal. En (Gly)n-molekyl är konstruerad för att innehålla märkningen vid dess C-terminal.
Slutligen kan både N- och C-terminaler av proteiner märkas genom att använda Sortaser med olika substratspecificitet. Till exempel, Sortase A från streptococcus pyogenes, känner igen och klyver LPXTA-motivet och accepterar Ala-baserade nukleofiler. Denna SrtA känner också igen och klyver LPXTG-motivet med reducerad effektivitet. Men Staph. A. Sortas A känner inte igen LPXTA-substrat och är således ortogonala mot LPXTA-sekvensen.
Dessutom har Sortase A också använts för att bitvis skapa proteiner, proteindomäner och peptider.
externa länkar
- Sortase+A vid US National Library of Medicine Medical Subject Headings (MeSH)
