Skyline (mjukvara)

Horisont
Utvecklare	Brendan X. MacLean et al.
Initial release	17 februari 2009 ; för 14 år sedan
Stabil frisättning	21.2
Skrivet i	C#
Operativ system	Windows
Typ	för bioinformatik / masspektrometri
Licens	Apache-licens 2.0
Hemsida	Skyline hemsida

Skyline är en programvara med öppen källkod för målinriktad analys av proteomik och metabolomik . Den körs på Microsoft Windows och stöder rådataformat från flera masspektrometriska leverantörer. Den innehåller ett grafiskt användargränssnitt för att visa kromatografiska data för enskilda peptid- eller småmolekylära analyter.

Skyline stöder flera arbetsflöden inklusive vald reaktionsövervakning (SRM) / multipel reaktionsövervakning (MRM), parallell reaktionsövervakning (PRM), dataoberoende insamling (DIA/SWATH) och riktad databeroende insamling .

Se även

^ MacLean B, Tomazela DM, et al. (2010). "Skyline: en dokumentredigerare med öppen källkod för att skapa och analysera riktade proteomikexperiment" . Bioinformatik . 26 (7): 966–8. doi : 10.1093/bioinformatics/btq054 . PMC 2844992 . PMID 20147306 .
^ Pino L, et al. (2017). "The Skyline ecosystem: Informatics for quantitative mass spectrometri proteomics" . Masspektrometri recensioner . 39 (3): 229–244. doi : 10.1002/mas.21540 . PMC 5799042 . PMID 28691345 .
^ Adams K, et al. (2020). "Skyline for Small Molecules: A Unifying Software Package for Quantitative Metabolomics" . Journal of Proteome Research . 19 (4): 1447–1458. doi : 10.1021/acs.jproteome.9b00640 . PMC 7127945 . PMID 31984744 .
^ Abbatiello S, et al. (2015). "Storskalig interlaboratoriestudie för att utveckla, analytiskt validera och tillämpa högt multiplexerade, kvantitativa peptidanalyser för att mäta cancerrelevanta proteiner i plasma" . Mol Cell Proteomics . 14 (9): 2357–74. doi : 10.1074/mcp.M114.047050 . PMC 4563721 . PMID 25693799 .
^ Sherrod S, et al. (2012). "Etikettfri kvantifiering av proteinmodifieringar genom pseudovald reaktionsövervakning med interna referenspeptider" . Journal of Proteome Research . 11 (6): 3467–79. doi : 10.1021/pr201240a . PMC 3368409 . PMID 22559222 .
^ Schilling B, et al. (2015). "Multiplexad, schemalagd, högupplöst parallellreaktionsövervakning på ett QqTOF-instrument med full avsökning med integrerade databeroende och riktade masspektrometriska arbetsflöden" . Analytisk kemi . 87 (20): 10222–9. doi : 10.1021/acs.analchem.5b02983 . PMC 5677521 . PMID 26398777 .
^ Navarro P, et al. (2016). "En multicenterstudie riktmärker mjukvaruverktyg för etikettfri proteomkvantifiering" . Natur Bioteknik . 34 (11): 1130–1136. doi : 10.1038/nbt.3685 . PMC 5120688 . PMID 27701404 .
^ Schilling B, et al. (2012). "Plattformsoberoende och etikettfri kvantifiering av proteomdata med MS1-extraherade jonkromatogram i skyline: applikation på proteinacetylering och fosforylering" . Mol Cell Proteomics . 11 (5): 202–214. doi : 10.1074/mcp.M112.017707 . PMC 3418851 . PMID 22454539 .

externa länkar

Skyline hemsida

[pmid20147306-1] MacLean B, Tomazela DM, et al. (2010). "Skyline: en dokumentredigerare med öppen källkod för att skapa och analysera riktade proteomikexperiment" . Bioinformatik . 26 (7): 966–8. doi : 10.1093/bioinformatics/btq054 . PMC 2844992 . PMID 20147306 .

[pmid28691345-2] Pino L, et al. (2017). "The Skyline ecosystem: Informatics for quantitative mass spectrometri proteomics" . Masspektrometri recensioner . 39 (3): 229–244. doi : 10.1002/mas.21540 . PMC 5799042 . PMID 28691345 .

[pmid31984744-3] Adams K, et al. (2020). "Skyline for Small Molecules: A Unifying Software Package for Quantitative Metabolomics" . Journal of Proteome Research . 19 (4): 1447–1458. doi : 10.1021/acs.jproteome.9b00640 . PMC 7127945 . PMID 31984744 .

[pmid25693799-4] Abbatiello S, et al. (2015). "Storskalig interlaboratoriestudie för att utveckla, analytiskt validera och tillämpa högt multiplexerade, kvantitativa peptidanalyser för att mäta cancerrelevanta proteiner i plasma" . Mol Cell Proteomics . 14 (9): 2357–74. doi : 10.1074/mcp.M114.047050 . PMC 4563721 . PMID 25693799 .

[pmid22559222-5] Sherrod S, et al. (2012). "Etikettfri kvantifiering av proteinmodifieringar genom pseudovald reaktionsövervakning med interna referenspeptider" . Journal of Proteome Research . 11 (6): 3467–79. doi : 10.1021/pr201240a . PMC 3368409 . PMID 22559222 .

[pmid26398777-6] Schilling B, et al. (2015). "Multiplexad, schemalagd, högupplöst parallellreaktionsövervakning på ett QqTOF-instrument med full avsökning med integrerade databeroende och riktade masspektrometriska arbetsflöden" . Analytisk kemi . 87 (20): 10222–9. doi : 10.1021/acs.analchem.5b02983 . PMC 5677521 . PMID 26398777 .

[pmid27701404-7] Navarro P, et al. (2016). "En multicenterstudie riktmärker mjukvaruverktyg för etikettfri proteomkvantifiering" . Natur Bioteknik . 34 (11): 1130–1136. doi : 10.1038/nbt.3685 . PMC 5120688 . PMID 27701404 .

[pmid22454539-8] Schilling B, et al. (2012). "Plattformsoberoende och etikettfri kvantifiering av proteomdata med MS1-extraherade jonkromatogram i skyline: applikation på proteinacetylering och fosforylering" . Mol Cell Proteomics . 11 (5): 202–214. doi : 10.1074/mcp.M112.017707 . PMC 3418851 . PMID 22454539 .