Transproteomisk rörledning
| Utvecklare | Institutet för systembiologi |
|---|---|
| Initial release | 10 december 2004 |
| Stabil frisättning | 5.0.0 / 11 oktober 2016
|
| Skrivet i | C++ , Perl , Java |
| Operativ system | Linux , Windows , OS X |
| Typ | för bioinformatik / masspektrometri |
| Licens | GPL v. 2.0 och LGPL |
| Hemsida | TPP Wiki |
Trans -Proteomic Pipeline ( TPP ) är en öppen källkod för dataanalys för proteomik utvecklad vid Institute for Systems Biology (ISB) av Ruedi Aebersold- gruppen under Seattle Proteome Center. TPP inkluderar PeptideProphet, ProteinProphet, ASAPRatio, XPRESS och Libra.
Programvarukomponenter
Sannolikhetstilldelning och validering
PeptideProphet utför statistisk validering av peptid-spektra-matchningar (PSM) med hjälp av sökmotorernas resultat genom att uppskatta en falsk upptäcktsfrekvens (FDR) på PSM-nivå. Den initiala PeptideProphet använde en passning av en Gauss-fördelning för korrekta identifieringar och en passning av en gammafördelning för den felaktiga identifieringen. En senare modifiering av programmet möjliggjorde användningen av ett mål-decoy-tillvägagångssätt, med antingen en blandningsmodell med variabel komponent eller en semi-parametrisk blandningsmodell. I PeptideProphet kommer att specificera en lockbetestagg att använda blandningsmodellen för variabel komponent medan val av en icke-parametrisk modell kommer att använda den semi-parametriska blandningsmodellen.
ProteinProphet identifierar proteiner baserat på resultaten av PeptideProphet.
Mayu utför statistisk validering av proteinidentifiering genom att uppskatta en False Discovery Rate (FDR) på proteinnivå.
Spektralbibliotekshantering
SpectraST-verktyget kan generera spektrala bibliotek och söka datauppsättningar med hjälp av dessa bibliotek.