OpenMS

OpenMS
Utvecklare Över 65 personer
Initial release 1 juli 2007 ; 15 år sedan ( 2007-07-01 )
Stabil frisättning
2.6.0 / 30 september 2020 ; för 2 år sedan ( 30-09-2020 )
Förvar
Skrivet i C++ (med bindningar till Python )
Operativ system Linux , Windows , MacOS
Storlek 215 MB
Tillgänglig i engelsk
Typ för bioinformatik / masspektrometri
Licens BSD licenser 3-klausul
Hemsida openms .de

OpenMS är ett öppen källkodsprojekt för dataanalys och bearbetning inom masspektrometri och släpps under BSD-licensen med 3 klausuler . Den stöder de vanligaste operativsystemen inklusive Microsoft Windows , MacOS och Linux .

OpenMS har verktyg för analys av proteomikdata , tillhandahåller algoritmer för signalbehandling, funktionssökning (inklusive de-isotoping), visualisering i 1D (spektra eller kromatogramnivå), 2D och 3D, kartkartering och peptididentifiering. Den stöder etikettfri och isotopetikettbaserad kvantifiering (som iTRAQ och TMT och SILAC ). OpenMS stöder även metabolomics- arbetsflöden och riktad analys av DIA/SWATH -data. Dessutom tillhandahåller OpenMS verktyg för analys av tvärbindningsdata , inklusive protein-protein, protein-RNA och protein-DNA-tvärbindning. Slutligen tillhandahåller OpenMS verktyg för analys av RNA-masspektrometridata.

Historia

OpenMS släpptes ursprungligen 2007 i version 1.0 och beskrevs i två artiklar publicerade i Bioinformatics 2007 och 2008 och har sedan dess sett kontinuerliga släpp. 2009 publicerades visualiseringsverktyget TOPPView och 2012 beskrevs arbetsflödeshanteraren och redaktören TOPPAS. beskrevs en komplett etikettfri analyspipeline med hög genomströmning med OpenMS 1.8 och jämfördes med liknande, proprietär programvara (som MaxQuant och Progenesis QI). Författarna drar slutsatsen att "[...] alla tre mjukvarulösningarna ger adekvata och i stort sett jämförbara kvantifieringsresultat; alla har vissa svagheter, och ingen kan överträffa de andra två i alla aspekter som vi undersökte. Prestandan för OpenMS är dock i paritet. med sina två testade konkurrenter [...]".

OpenMS 1.10-versionen innehöll flera nya analysverktyg, inklusive OpenSWATH (ett verktyg för målinriktad DIA-dataanalys ), en metabolomics -funktionssökare och ett TMT -analysverktyg. Dessutom tillkom fullt stöd för TraML 1.0.0 och sökmotorn MyriMatch. OpenMS 1.11-utgåvan var den första utgåvan som innehöll helt integrerade bindningar till Python- programmeringsspråket (kallat pyOpenMS). Dessutom har nya verktyg lagts till för att stödja QcML (för kvalitetskontroll) och för metabolomik exakt massanalys. Flera verktyg förbättrades avsevärt med avseende på minne och CPU-prestanda.

Med OpenMS 2.0, som släpptes i april 2015, tillhandahåller projektet en ny version som har rensats helt från GPL- kod och som använder git (i kombination med GitHub ) för dess versionskontroll och biljettsystem. Andra förändringar inkluderar stöd för mzIdentML, mzQuantML och mzTab medan förbättringar i kärnan möjliggör snabbare åtkomst till data lagrad i mzML och ger ett nytt API för åtkomst av masspektrometrisk data. Under 2016 beskrevs de nya funktionerna i OpenMS 2.0 i en artikel i Nature Methods .

OpenMS utvecklas för närvarande med bidrag från gruppen av Knut Reinert vid Free University of Berlin , gruppen av Oliver Kohlbacher vid universitetet i Tübingen och gruppen av Ruedi Aebersold vid ETH Zürich .

Funktioner

OpenMS tillhandahåller en uppsättning av över 100 olika körbara verktyg som kan kedjas samman till pipelines för masspektrometridataanalys (TOPP-verktygen). Den tillhandahåller också visualiseringsverktyg för spektra och kromatogram (1D), masspektrometriska värmekartor (2D m/z vs RT ) samt en tredimensionell visualisering av ett masspektrometriexperiment. Slutligen tillhandahåller OpenMS också ett C++-bibliotek (med bindningar till Python tillgängligt sedan 1.11) för LC/MS-datahantering och analyser tillgängliga för utvecklare för att skapa nya verktyg och implementera sina egna algoritmer med hjälp av OpenMS-biblioteket. OpenMS är fri programvara tillgänglig under 3-klausulen BSD-licens (tidigare under LGPL).

Den tillhandahåller bland annat algoritmer för signalbehandling, funktionssökning (inklusive de-isotoping), visualisering, kartkarta och peptididentifiering. Den stöder etikettfri och isotopetikettbaserad kvantifiering (som iTRAQ och TMT och SILAC ).

TOPPView är en viewer som tillåter visualisering av masspektrometriska data på MS1- och MS2-nivå såväl som i 3D; dessutom visar den också kromatografiska data från SRM -experiment (i version 1.10). OpenMS är kompatibelt med nuvarande och kommande Proteomics Standard Initiative (PSI) format för masspektrometriska data.

Släpps

Version Datum Funktioner
Gammal version, underhålls inte längre: 1.6.0 november 2009 Ny version av TOPPAS, läsning av komprimerade XML-filer, identifieringsbaserad justering
Gammal version, underhålls inte längre: 1.7.0 september 2010 Proteinkvantifiering, protXML-stöd, skapa inkluderings-/exklusionslistor
Gammal version, underhålls inte längre: 1.8.0 mars 2011 Visa identifieringsresultat, QT Clustering-baserad funktionslänkning
Gammal version, underhålls inte längre: 1.9.0 februari 2012 metabolomics- stöd, funktionsdetektering i rådata (profil).
Gammal version, underhålls inte längre: 1.10.0 mars 2013 KNIME- integration, stöd för riktad SWATH-MS-analys, TraML-stöd, SuperHirn-integration, MyriMatch-stöd
Gammal version, underhålls inte längre: 1.11.0 augusti 2013 Stöd för Python -bindningar, prestandaförbättringar, Mascot 2.4-stöd
Gammal version, underhålls inte längre: 2.0 april 2015 mzQuantL, mzIdentML, mzTab, indexerad mzML , Borttagning av GPL -kod, Byt till git , Stöd för Fido, MSGF+, Percolator
Gammal version, underhålls inte längre: 2.0.1 april 2016 snabbare filläsning, förbättrat stöd för mzIdentML och mzTab, elementarflödesanalys, målinriktad analysgenerering, stöd för Comet och Luciphor
Gammal version, underhålls inte längre: 2.1.0 november 2016 Stöd för metabolit SWATH-MS, låga transformationer för RT-anpassning, förbättrad upptäckt av metabola egenskaper
Gammal version, underhålls inte längre: 2.2.0 juli 2017 Snabb funktionslänkning med hjälp av ett KD-träd, RNA-tvärlänkningsstöd, SpectraST-stöd, scanning SWATH-stöd, SQLite- filformat
Gammal version, underhålls inte längre: 2.3.0 januari 2018 Protein-Protein Crosslinking, stöd för Comet, stöd för fraktioner, TMT 11plex, förbättrad konstruktion för Python-bindningar
Gammal version, underhålls inte längre: 2.4.0 oktober 2018 Stöd MaraCluster, Crux, MSFragger, MSstats, SIRIUS, visualisering av jonmobilitet och DIA, biblioteksförbättringar
Gammal version, underhålls inte längre: 2.5.0 februari 2020 Stöd RNA-masspektrometri, QualityControl-arbetsflöde, utökat OpenSWATH-stöd, ProteomicsLFQ
Gammal version, underhålls inte längre: 2.6.0 september 2020 PyOpenMS hjulbyggen , databaslämplighetsverktyg, SLIM-märkningsstöd
Aktuell stabil version: 2.7.0 juli 2021 Förbättrat stöd för NOVOR och MSFragger och för SIRIUS 4.9.0, export av mzQC-format i QCCalculator, förbättrad läsning och skrivning av NIST MSP-filer
Framtida release: 3.0.0 H2 2022
Legend:
Gammal version
Äldre version, fortfarande underhållen
Senaste versionen
Senaste förhandsversionen
Framtida release

Se även

  1. ^ OpenMS releaser
  2. ^ a b c    Röst HL, Sachsenberg T, Aiche S, Bielow C, Weisser H, Aicheler F, Andreotti S, Ehrlich HC, Gutenbrunner P, Kenar E, Liang X, Nahnsen S, Nilse L, Pfeuffer J, Rosenberger G, Rurik M, Schmitt U, Veit J, Walzer M, Wojnar D, Wolski WE, Schilling O, Choudhary JS, Malmström L, Aebersold R, Reinert K, Kohlbacher O (2016). "OpenMS: en flexibel mjukvaruplattform med öppen källkod för masspektrometridataanalys" ( PDF) . Nat. Metoder . 13 (9): 741–8. doi : 10.1038/nmeth.3959 . PMID 27575624 . S2CID 873670 .
  3. ^    Sturm, M.; Bertsch, A.; Gröpl, C.; Hildebrandt, A.; Hussong, R.; Lange, E.; Pfeifer, N.; Schulz-Trieglaff, O.; Zerck, A.; Reinert, K.; Kohlbacher, O. (2008). "OpenMS – ett ramverk för öppen källkod för masspektrometri" . BMC Bioinformatik . 9 : 163. doi : 10.1186/1471-2105-9-163 . PMC 2311306 . PMID 18366760 .
  4. ^   Kohlbacher, O.; Reinert, K.; Gropl, C.; Lange, E.; Pfeifer, N.; Schulz-Trieglaff, O.; Sturm, M. (2007). "TOPP--the OpenMS proteomics pipeline" . Bioinformatik . 23 (2): e191–e197. doi : 10.1093/bioinformatics/btl299 . PMID 17237091 .
  5. ^   Sturm, M.; Kohlbacher, O. (2009). "TOPPView: En öppen källkodsvisare för masspektrometridata". Journal of Proteome Research . 8 (7): 3760–3763. doi : 10.1021/pr900171m . PMID 19425593 .
  6. ^   Junker, J.; Bielow, C.; Bertsch, A.; Sturm, M.; Reinert, K.; Kohlbacher, O. (2012). "TOPPAS: En grafisk arbetsflödesredigerare för analys av High-Throughput Proteomics Data". Journal of Proteome Research . 11 (7): 3914–3920. doi : 10.1021/pr300187f . PMID 22583024 .
  7. ^   Weisser, H.; Nahnsen, S.; Grossmann, J.; Nilse, L.; Quandt, A.; Brauer, H.; Sturm, M.; Kenar, E.; Kohlbacher, O.; Aebersold, R.; Malmström, L. (2013). "En automatiserad pipeline för etikettfri kvantitativ proteomik med hög genomströmning". Journal of Proteome Research . 12 (4): 1628–44. doi : 10.1021/pr300992u . PMID 23391308 .
  8. ^ "OpenMS 1.10 släppt" . Hämtad 4 juli 2013 .
  9. ^ "pyopenms 1.11: Python Package Index" . Hämtad 27 oktober 2013 .
  10. ^ "OpenMS 1.11 släppt" . Hämtad 27 oktober 2013 .
  11. ^    Röst HL, Schmitt U, Aebersold R, Malmström L (2015). "Snabb och effektiv XML-dataåtkomst för nästa generations masspektrometri" . PLOS ETT . 10 (4): e0125108. Bibcode : 2015PLoSO..1025108R . doi : 10.1371/journal.pone.0125108 . PMC 4416046 . PMID 25927999 .
  12. ^ Reinert grupp
  13. ^ Kohlbacher grupp
  14. ^ "Aebersold-gruppen" . Arkiverad från originalet 2011-07-20 . Hämtad 2013-07-01 .

externa länkar

Hämtad från " https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=OpenMS&oldid=1137033235 "