STAXI RNA-motiv

STAXI RNA
Konsensus sekundär struktur för STAXI RNAs
identifierare
Symbol	STAXI
Rfam	RF01728
Övriga uppgifter
RNA -typ	sRNA
Domän(er)	Enterobacteriales
PDB- strukturer	PDBe

Ssbp , Topoisomerase, Antirestriction, XerDC Integrase RNA-motiv ( STAXI RNA-motiv ) är en konserverad RNA -liknande struktur identifierad med hjälp av bioinformatik . STAXI-RNA är belägna nära gener som kodar för proteiner som interagerar med DNA ( Ssbp , topoisomeras , XerDC- integras ) eller är associerade med sådana proteiner (antirestriktionsproteiner, som hämmar restriktionsenzymer ). Denna observation lyfte möjligheten att instanser av STAXI-motivet fungerar som enkelsträngade DNA-molekyler, kanske under DNA-replikation eller DNA-reparation . Å andra sidan innehåller STAXI-motiv ofta terminalslingor som överensstämmer med den stabila UNCG- tetraloopen , men DNA-versionen av denna tetraloop (TNCG) är inte särskilt stabil. STAXI-motivet består av en enkel pseudoknotstruktur som upprepas två eller flera gånger (se diagram).

Ett antal andra RNA identifierades i samma studie, inklusive:

• Bacteroidales-1 RNA-motiv
• Klorobi-1 RNA-motiv
• JUMPstart RNA-motiv
• Lactis-plasmid RNA-motiv
• Ocean-V RNA-motiv
• potC RNA-motiv
• psaA RNA-motiv
• TwoAYGGAY RNA-motiv
• ykkC-yxkD ledare

externa länkar

• Sida för STAXI RNA på Rfam