ykkC-yxkD ledare
| ykkC-yxkD-ledare | |
|---|---|
 Förutspådd sekundär struktur och sekvenskonservering av ykkC-yxkD-
| |
| identifierare | |
| Symbol | ykkC-yxkD |
| Rfam | RF00442 |
| Övriga uppgifter | |
| RNA -typ | Cis-reg; riboswitch |
| Domän(er) | Bakterie |
| SÅ | SO:0000233 |
| PDB- strukturer | PDBe |
ykkC/yxkD-ledaren är en konserverad RNA-struktur som finns uppströms om ykkC- och yxkD-generna i Bacillus subtilis och relaterade gener i andra bakterier. Funktionen av denna familj är oklar i många år även om det har föreslagits att den kan fungera för att slå på utflödespumpar och avgiftningssystem som svar på skadliga miljömolekyler. Thermoanaerobacter tengcongensis - sekvensen AE013027 överlappar den för purin riboswitch, vilket tyder på att de två riboswitcharna kan fungera tillsammans för att reglera uppströmsgenen som kodar för TTE0584 ( Q8RC62), en medlem av permeasfamiljen .
Nelson et al. visade att denna riboswitch känner av och svarar på guanidin och den döptes om till Guanidine-I riboswitch . Dessutom visade de att bakterier är kapabla att endogent producera guanidin och riboswitchen kontrollerar gener vars produkter är involverade i modifiering eller pumpning av guanidin som en giftig förening från bakterier. Kristallstrukturer av riboswitchen bunden till liganden har också bestämts.
Mini -ykkC RNA-motivet är ett förmodat cis -regulatoriskt element som uppenbarligen reglerar gener liknande de som regleras av Guanidin-I riboswitch ( ykkC/yxkD-ledare). Emellertid är mini-ykkC RNA-motivet enklare i struktur och har färre mycket konserverade nukleotidpositioner än ykkC-yxkD-ledaren. Trots detta binder var och en av dess två stam-loop-strukturer direkt fritt guanidin. Därför representerar mini-ykkC RNA-motiv en distinkt klass av guanidinavkännande RNA som kallas Guanidine-II riboswitch . Dess kristallstruktur bestämdes också.
ykkC - III RNA-motivet är ett distinkt kandidat -cis -regulatoriskt RNA som verkar reglera gener relaterade till de föregående motiven. Även om strukturen för ykkC -III-RNA inte liknar ykkC/yxkD-RNA, har båda en strukturkomplexitet som ledde till förslaget att de representerar riboswitch. ykkC -III-motivet har en stelt konserverad ACGA-sekvens inom sig som liknar en mindre rigid konserverad ACGA- eller ACGG-sekvens som finns i mini- ykkC RNA, men det är okänt om denna observation relaterar till ett biologiskt förhållande . Biokemisk validering har presenterats för att visa att detta motiv är en tredje klass av guanidin-riboswitch som kallas Guanidin-III-riboswitch .
