Tre segrar i de fyra första matcherna för säsongen lyfte Brentford högt i förstadivisionstabellen, men skadan på Fred Corbett och Jack Dewhursts avgång gjorde att klubben tappade tillbaka efter på varandra följande förluster i slutet av september och början av oktober 1905. Molyneux skrev på igen. forwarden Fred Hobson som ersättare för Dewhurst och tillsammans med återhämtade Fred Corbett började paret göra mål regelbundet. Brentfords FA-cupkampanj startade i början av december med en seger i fjärde kvalomgången med 4–0 över Southern League Second Division-kämparna Wycombe Wanderers , ett resultat som placerade Brentford i den egentliga första omgången av FA-cupen för första gången i klubbens historia. Brentford lottades mot Football League Second Division high-flyers Bristol City på Griffin Park och kom tillbaka från ett mål under för att vinna 2–1, med den tidigare City-spelaren Fred Corbett som gjorde båda Bees mål. Det bästa resultatet i klubbens historia hittills uppnåddes utan managern Dick Molyneux, som var instängd i sitt hem med en allvarlig sjukdom.
I tränare Molyneux frånvaro tog tränaren Bob Crone över den dagliga driften av laget och FA-cupens andra omgångslottning ledde till en hemmamatch mot Second Division-klubben Lincoln City den 3 februari 1906, som Brentford sopade åt sidan 3–0 till. gå in i hatten för tredje omgången. Även om den fortfarande allvarligt sjuke Molyneux inte hade lämnat klubben, ersattes han av William Brown i mitten av februari, som tog ansvaret för Brentfords tredje omgångsmatch i FA-cupen på Anfield . Efter en veckas hård träning på Southport- stranden producerade bina en trovärdig prestation i en 2–0-förlust och fick till slut nationell uppmärksamhet. Slutet på cuploppet lämnade Brentford med ligasäsongen att spela ut och trots att de aldrig hamnade under 7:e positionen mellan december och mitten av april, släppte fem förluster från de sex sista matcherna klubben till en 9:e plats. Den tidigare tränaren Dick Molyneuxs kontrakt avbröts i maj och han återvände till Liverpool , där han dog kort efter.
Källa: [ citat behövs ] Regler för klassificering: Systemet med att använda målgenomsnitt för att separera två lag bundna på poäng användes fram till säsongen 1976-77. Poängsystemet: 2 poäng för vinst, 1 poäng för oavgjort och 0 poäng för förlust.