Mögel-, protozo- och coelenterat mitokondriell kod och mykoplasma/spiroplasmakoden
Mögel-, protozo- och coelenterate mitokondriell kod och mykoplasma/spiroplasmakoden ( översättningstabell 4 ) är den genetiska koden som används av olika organismer, i vissa fall med små variationer, särskilt användningen av UGA som ett tryptofankodon snarare än ett stoppkodon .
Koden
AAs = FFLLSSSSYY**CCWWLLLLPPPPHHQQRRRRIIIMTTTTNNKKSSRRVVVVAAAADDEEGGGGStartar = --MM--------M------------MMMM---------- -----M------------Base1 = TTTTTTTTTTTTTTTTCCCCCCCCCCCCCCAAAAAAAAAAAAAAAAAAGGGGGGGGGGGGGGGGBase2 = TTTTCCCCAAAAGGGGTTTTCCCCAAAAGGGGTTTTCCCCAAAAGGGGTTTTCCCCAAAAGGGGBase3 = TCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTC
Baser: adenin (A), cytosin (C), guanin (G) och tymin (T) eller uracil (U).
Aminosyror: Alanin (Ala, A), Arginin (Arg, R), Asparagin (Asn, N), Asparaginsyra (Asp, D), Cystein (Cys, C), Glutaminsyra (Glu, E), Glutamin (Gln) , Q), Glycin (Gly, G), Histidin (His, H), Isoleucin (Ile, I), Leucin (Leu, L), Lysin (Lys, K), Metionin (Met, M), Fenylalanin (Phe, F), prolin (Pro, P), serin (Ser, S), treonin (Thr, T), tryptofan (Trp, W), tyrosin (Tyr, Y), valin (Val, V).
Skillnader från standardkoden
| DNA-kodon | RNA-kodon | Denna kod (4) | Standardkod (1) | |
|---|---|---|---|---|
| TGA | UGA | Trp (W) | STOPP = Ter (*) |
Alternativa initieringskodon
- Trypanosoma : UUA, UUG, CUG;
- Leishmania : AUU, AUA;
- Tetrahymena : AUU, AUA, AUG ;
- Paramecium : AUU, AUA, AUG, AUC, GUG, GUA(?).
(Pritchard et al. , 1990)
Systematisk räckvidd
- Bakterier: Koden används i Entomoplasmatales och Mycoplasmatales (Bove et al. 1989). Situationen i Acholeplasmatales är oklar. Baserat på en studie av ribosomala proteingener, hade man kommit fram till att UGA inte kodar för tryptofan i växtpatogena mykoplasmaliknande organismer (MLO) och Acholeplasmataceae (Lim och Sears, 1992) och det verkar bara finnas ett enda tRNA -CCA för tryptofan i Acholeplasma laidlawii (Tanaka et al. 1989). Däremot fann man i en studie av kodonanvändning i fytoplasmas att 30 av 78 analyserade öppna läsramar översattes bättre med denna kod (UGA för tryptofan) än med bakterie-, arkeal- och växtplastidkoden medan resten inte visade några skillnader mellan de två koderna (Melamed et al. 2003). Dessutom kan kodningen av UGA Stop → Trp hittas i en alfa-proteobakteriell symbiont av cikador : Candidatus Hodgkinia cicadicola (McCutcheon et al. 2009). Mycoplasma pneumoniae använder också kodonet UGA för att koda för tryptofan istället för att använda det som ett stoppkodon.
- Svampar: Emericella nidulans , Neurospora crassa , Podospora anserina , Acremonium (Fox, 1987), Candida parapsilosis (Guelin et al. , 1991), Trichophyton rubrum (de Bievre och Dujon, 1992), Dekkera / Brettanomyces ( Hoe , Eenben aliellaces. , 1993), och förmodligen Ascobolus immersus , Aspergillus amstelodami , Claviceps purpurea och Cochliobolus heterotrophus .
- Andra eukaryoter: Gigartinales bland rödalgerna (Boyen et al. 1994), och protozoerna Trypanosoma brucei , Leishmania tarentolae , Paramecium tetraurelia , Tetrahymena pyriformis och troligen Plasmodium gallinaceum (Aldritt et al. , 1989).
- Metazoa: Coelenterata ( Ctenophora och Cnidaria ).
- Övrigt: denna kod används också för kinetoplast- DNA (maxicirklar, minicirklar ). Kinetoplaster är modifierade mitokondrier (eller deras delar).
Se även
Denna artikel innehåller text från United States National Library of Medicine, som är allmän egendom .