Lista över skärplatser för endonukleas för målsökning
| Legenden om nukleobaser | |
|---|---|
| Koda | Nukleotid representerad |
| A | Adenin (A) |
| C | Cytosin (C) |
| G | Guanin (G) |
| T | Tymin (T) |
| N | A, C, G eller T |
| M | A eller C |
| R | A eller G |
| W | A eller T |
| Y | C eller T |
| S | C eller G |
| K | G eller T |
| H | A, C eller T |
| B | C, G eller T |
| V | A, C eller G |
| D | A, G eller T |
De målsökande endonukleaserna är en speciell typ av restriktionsenzymer som kodas av introner eller inteiner . De verkar på cellulärt DNA i cellen som syntetiserar dem; för att vara exakt, i den motsatta allelen till genen som kodar för dem.
Homing endonukleaser
Listan innehåller några av de mest studerade exemplen. Följande begrepp har beskrivits i detalj:
- Enzym : Accepterat namn på molekylen, enligt den internationellt antagna nomenklaturen. Bibliografiska referenser. (Ytterligare läsning: Homing-endonukleas § Nomenklatur .)
-
SF ( strukturell familj ): Vilken som helst av de etablerade familjerna för denna typ av proteiner, baserat på deras delade strukturella motiv :
H1: LAGLIDADG-familjen –H2: GIY-YIG-familjen –H3: HNH-familjen –H4: His-Cys-boxfamiljen –H5: PD-(D/E)xK –H6: EDxHD. (Ytterligare läsning: Homing endonukleas § Strukturella familjer .) - PDB-kod : Kod som används för att identifiera strukturen av ett protein i PDB -databasen. Om ingen struktur är tillgänglig ges istället en UniProt- identifierare.
- Källa : Organism som naturligt producerar enzymet.
- D : Källans biologiska domän : A: archaea – B: bakterier – E: eukarya .
- SCL : Subcellulärt genom: kloro: kloroplast – chrm: kromosomalt – mito: mitokondriellt – plasmid: annat extrakromosomalt – fag: bakteriofag .
- Igenkänningssekvens : Sekvens av DNA som känns igen av enzymet. Enzymet är specifikt bundet till denna sekvens.
- Skärning : Skärplats och produkter av snittet. Både igenkänningssekvensen och skärstället matchar vanligtvis, men ibland kan skärstället vara dussintals nukleotider bort från igenkänningsstället.
| Enzym | SF | PDB-kod | Källa | D | SCL | Igenkänningssekvens | Skära |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| I-AniI |
H1
|
. | Aspergillus nidulans | E | mito |
5' TTGAGGAGGTTTCTCTGTAAATAA 3' AACTCCTCCAAAGAGACATTTATT
|
5' ---TTGAGGAGGTTTC TCTGTAAATAA--- 3' 3' ---AACTCCTCC AAAGAGACATTTATT--- 5'
|
| Jag-CeuI |
H1
|
. | Chlamydomonas eugametos | E | klor |
5' TAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGA 3' ATTGATATTGCCAGGATTCCATCGCT
|
5' ---TAACTATAACGGTCCTAA GGTAGCGA--- 3' 3' ---ATTGATATTGCCAG GATTCCATCGCT--- 5'
|
| I-ChuI |
H1
|
Chlamydomonas humicola | E | klor |
5' GAAGGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATC 3' CTTCCAAACCGTGGAGCTACAGCCGAGTAG
|
5' ---GAAGGTTTGGCACCTCG ATGTCGGCTCATC--- 3' 3' ---CTTTCCAAACCGTG GAGCTACAGCCGAGTAG--- 5'
|
|
| I-CpaI |
H1
|
Chlamydomonas pallidostigmata | E | klor |
5' CGATCCTAAGGTAGCGAAATTCA 3' GCTAGGATTCCATCGCTTTAAGT
|
5' ---CGATCCTAAGGTAGCGAA ATTCA--- 3' 3' ---GCTAGGATTCCATC GCTTTAAGT--- 5'
|
|
| I-CpaII |
H1
|
Chlamydomonas pallidostigmata | E | klor |
5' CCCGGCTAACTCTGTGCCAG 3' GGGCCGATTGAGACACGGTC
|
5' ---CCCGGCTAACTC TGTGCCAG--- 3' 5' ---GGGCCGAT TGAGACACGGTC--- 3'
|
|
| I-CreI |
H1
|
. | Chlamydomonas reinhardtii | E | klor |
5' CTGGGTTCAAAACGTCGTGAGACAGTTTGG 3' GACCCAAGTTTTGCAGCACTCTGTCAAACC
|
5' ---CTGGGTTCAAAACGTCGTGA GACAGTTTGG--- 3' 3' ---GACCCAAGTTTTGCAG CACTCTGTCAAACC--- 5'
|
| I-DmoI |
H1
|
. | Desulfurococcus mobilis | A | chrm |
5' ATGCCTTGCCGGGTAAGTTCCGGCGCGCAT 3' TACGGAACGGCCCATTCAAGGCCGCGCGTA
|
5' ---ATGCCTTGCCGGGTAA GTTCCGGCGCGCAT--- 3' 3' ---TACGGAACGGCC CATTCAAGGCCGCGCGTA--- 5'
|
| H-DreI |
H1
|
. | Hybrid: I-DmoI och I-CreI | A E |
5' CAAAACGTCGTAAGTTCCGGCGCG 3' GTTTTGCAGCATTCAAGGCCGCGC
|
5' ---CAAAACGTCGTAA GTTCCGGCGCG--- 3' 3' ---GTTTTGCAG CATTCAAGGCCGCGC--- 5'
|
|
| Jag-HmuI |
H3
|
. | Bacillus subtilis fag SP01 | B | fag |
5' AGTAATGAGCCTAACGCTCAGCAA 3' TCATTACTCGGATTGCGAGTCGTT
|
Nicking-endonukleas : * 3' ---TCATTACTCGGATTGC GAGTCGTT--- 5'
|
| Jag-HmuII |
H3
|
Bacillus subtilis fag SP82 | B | fag |
5' AGTAATGAGCCTAACGCTCAACAA 3' TCATTACTCGGATTGCGAGTTTGTT
|
Nicking endonukleas : * 3' ---TCATTACTCGGATTGCGAGTTGTTN 35 NNNN--- 5'
|
|
| I-LlaI |
H3
|
Lactococcus lactis | B | chrm |
5' CACATCCATAACCATATCATTTTT 3' GTGTAGGTATTGGTATAGTAAAAA
|
5' ---CACATCCATAA CCATATCATTTTT--- 3' 3' ---GTGTAGGTATTGGTATAGTAA AAA--- 5'
|
|
| I-MsoI |
H1
|
. | Monomastix sp. | E |
5' CTGGGTTCAAAACGTCGTGAGACAGTTTGG 3' GACCCAAGTTTTGCAGCACTCTGTCAAACC
|
5' ---CTGGGTTCAAAACGTCGTGA GACAGTTTGG--- 3' 3' ---GACCCAAGTTTTGCAG CACTCTGTCAAACC--- 5'
|
|
| PI-PfuI |
H1
|
. | Pyrococcus furiosus Vc1 | A |
5' GAAGATGGGAGGAGGGACCGGACTCAACTT 3' CTTCTACCCTCCTCCCTGGCCTGAGTTGAA
|
5' ---GAAGATGGGAGGAGGG ACCGGACTCAACTT--- 3' 3' ---CTTCTACCCTCC TCCCTGGCCTGAGTTGAA--- 5'
|
|
| PI-PkoII |
H1
|
. | Pyrococcus kodakarensis BAA-918 | A |
5' CAGTACTACGGTTAC 3' GTCATGATGCCAATG
|
5' ---CAGTACTACG GTTAC--- 3' 3' ---GTCATG ATGCCAATG--- 5'
|
|
| I-PorI |
H3
|
Pyrobaculum organotrophum | A | chrm |
5' GCGAGCCCGTAAGGGTGTGTACGGG 3' CGCTCGGGCATTCCCACACATGCCC
|
5' ---GCGAGCCCGTAAGGGT GTGTACGGG--- 3' 3' ---CGCTCGGGCATT CCCACACATGCCC--- 5'
|
|
| I-PpoI |
H4
|
. | Physarum polycephalum | E | plasmid |
5' TAACTATGACTCTCTTAAGGTAGCCAAAT 3' ATTGATACTGAGAGAATTCCATCGGTTTA
|
5' ---TAACTATGACTCTCTTAA GGTAGCCAAAT--- 3' 3' ---ATTGATACTGAGAG AATTCCATCGGTTTA--- 5'
|
| PI-PspI |
H1
|
Pyrococcus sp. | A | chrm |
5' TGGCAAACAGCTATTATGGGTATTATGGGT 3' ACCGTTTGTCGATAATACCCATAATACCCA
|
5' ---TGGCAAACAGCTATTAT GGGTATTATGGGT--- 3' 3' ---ACCGTTTGTCGAT AATACCCATAATACCCA--- 5'
|
|
| I-ScaI |
H1
|
Saccharomyces capensis | E | mito |
5' TGTCACATTGAGGTGCACTAGTTATTAC 3' ACAGTGTAACTCCACGTGATCAATAATG
|
5' ---TGTCACATTGAGGTGCACT AGTTATTAC--- 3' 3' ---ACAGTGTAACTCCAC GTGATCAATAATG--- 5'
|
|
| I-SceI |
H1
|
. | Saccharomyces cerevisiae | E | mito |
5' AGTTACGCTAGGGATAACAGGGTAATATAG 3' TCAATGCGATCCCTATTGTCCCATTATATC
|
5' ---AGTTACGCTAGGGATAA CAGGGTAATATAG--- 3' 3' ---TCAATGCGATCCC TATTGTCCCATTATATC--- 5'
|
| PI-SceI |
H1
|
. | Saccharomyces cerevisiae | E |
5' ATCTATGTCGGGTGCGGAGAAAGAGGTAATGAAATGGCA 3' TAGATACAGCCCACGCCTCTTTCTCCATTACTTTACCGT
|
5' ---ATCTATGTCGGGTGC GGAGAAAGAGGTAATGAAATGGCA--- 3' 3' ---TAGATACAGCC CACGCCTCTTTCTCCATTACTTTACCGT--- 5'
|
|
| I-SceII |
H1
|
Saccharomyces cerevisiae | E | mito |
5' TTTTGATTCTTTGGTCACCCTGAAGTATA 3' AAAACTAAGAAACCAGTGGGACTTCATAT
|
5' ---TTTTGATTCTTTGGTCACCC TGAAGTATA--- 3' 3' ---AAAACTAAGAAACCAG TGGGACTTCATAT--- 5'
|
|
| I-SecIII |
H1
|
Saccharomyces cerevisiae | E | mito |
5' ATTGGAGGTTTTGGTAACTATTTATTACC 3' TAACCTCCAAAACCATTGATAAATAATGG
|
5' ---ATTGGAGGTTTTGGTAAC TATTTATTACC--- 3' 3' ---TAACCTCCAAAACC ATTGATAAATAATGG--- 5'
|
|
| I-SceIV |
H1
|
Saccharomyces cerevisiae | E | mito |
5' TCTTTTCTCTTGATTAGCCCTAATCTACG 3' AGAAAAGAGAACTAATCGGGATTAGATGC
|
5' ---TCTTTTCTCTTGATTA GCCCTAATCTACG--- 3' 3' ---AGAAAAGAGAAC TAATCGGGATTAGATGC--- 5'
|
|
| I-SceV |
H3
|
Saccharomyces cerevisiae | E | mito |
5' AATAATTTTCTTCTTAGTAATGCC 3' TTATTAAAAGAAGAATCATTACGG
|
5' ---AATAATTTTCT TCTTAGTAATGCC--- 3' 3' ---TTATTAAAAGAAGAATCATTA CGG--- 5'
|
|
| I-SceVI |
H3
|
Saccharomyces cerevisiae | E | mito |
5' GTTATTTAATGTTTTAGTAGTTGG 3' CAATAAATTACAAAATCATCAACC
|
5' ---GTTATTTAATG TTTTAGTAGTTGG--- 3' 3' ---CAATAAATTACAAAATCATCA ACC--- 5'
|
|
| I-SceVII |
H1
|
Saccharomyces cerevisiae | E | mito |
5' TGTCACATTGAGGTGCACTAGTTATTAC 3' ACAGTGTAACTCCACGTGATCAATAATG
|
Okänd ** | |
| I-Ssp6803I |
H5
|
. | Synechocystis sp. PCC 6803 | B |
5' GTCGGGCTCATAACCCGAA 3' CAGCCCGAGTATTGGGCTT
|
5' ---GTCGGGCT CATAACCCGAA--- 3' 3' ---CAGCCCGAGTA TTGGGCTT--- 5'
|
|
| I-TevI |
H2
|
. | Escherichia coli fag T4 | B | fag |
5' AGTGGTATCAACGCTCAGTAGATG 3' TCACCATAGT TGCGAGTCATCTAC
|
5' ---AGTGGTATCAAC GCTCAGTAGATG--- 3' 3' ---TCACCATAGT TGCGAGTCATCTAC--- 5'
|
| I-TevII |
H2
|
Escherichia coli fag T4 | B | fag |
5' GCTTATGAGTATGAAGTGAACACGTTATTC 3' CGAATACTCATACTTCACTTGTGCAATAAG
|
5' ---GCTTATGAGTATGAAGTGAACACGT TATTC--- 3' 3' ---CGAATACTCATACTTCACTTGTG CAATAAG--- 5'
|
|
| I-TevIII |
H3
|
Escherichia coli fag RB3 | B | fag |
5' TATGTATCTTTTGCGTGTACCTTTAACTTC 3' ATACATAGAAAACGCACATGGAAATTGAAG
|
5' ---T ATGTATCTTTTGCGTGTACCTTTAACTTC--- 3' 3' ---AT ACATAGAAAACGCACATGGAAATTGAAG--- 5'
|
|
| PI-TliI |
H1
|
Thermococcus litoralis | A | chrm |
5' TAYGCNGAYACNGACGGYTTYT 3' ATRCGNCTRTGNCTGCCTAARA
|
5' ---TAYGCNGAYACNGACGG YTTYT--- 3' 3' ---ATRCGNCTRTGNC TGCCTAARA--- 5'
|
|
| PI-TliII |
H1
|
Thermococcus litoralis | A | chrm |
5' AAATTGCTTGCAAACAGCTATTACGGCTAT 3' TTTAACGAACGTTTGTCGATAATGCCGATA
|
Okänd ** | |
| I-Tsp061I |
H1
|
. | Thermoproteus sp. IC-061 | A |
5' CTTCAGTATGCCCCGAAAC 3' GAAGTCATACGGGGCTTTG
|
5' ---CTTCAGTAT GCCCCGAAAC--- 3' 3' ---GAAGT CATACGGGGCTTTG--- 5'
|
|
| I-Vdi141I |
H1
|
. | Vulcanisaeta distributa IC-141 | A |
5' CCTGACTCTCTTAAGGTAGCCAAA 3' GGACTGAGAGAATTCCATCGGTTT
|
5' ---CCTGACTCTCTTAA GGTAGCCAAA--- 3' 3' ---GGACTGAG AGAATTCCATCGGTTT--- 5'
|
* : Nicking-endonukleas : Dessa enzymer skär bara en DNA-sträng och lämnar den andra strängen orörd. ** : Okänd skärplats : Forskare har ännu inte kunnat fastställa det exakta skärstället för dessa enzymer.
Se även
- Lista över skärplatser för restriktionsenzym .
- Homing endonukleas .
- Restriktionsenzym .
- Introner och inteiner .
- Intragenomisk konflikt: Homing av endonukleasgener .
- I-CreI homing endonukleas .
- Isoschizomer .
- Detaljerade artiklar om vissa restriktionsenzymer: EcoRI , HindIII , BglII .
Informationskällor
Databaser och listor över restriktionsenzymer:
-
Mycket omfattande databas med restriktionsenzymer som stöds av New England Biolabs. Den innehåller all slags biologisk, strukturell, kinetisk och kommersiell information om tusentals enzymer. Inkluderar även relaterad litteratur för varje molekyl: Roberts RJ, Vincze T, Posfai J, Macelis D. "REBASE" . Hämtad 2010-01-07 .
Restriktionsenzymdatabas.
-
Databas av inteins, värd av New England Biolabs. Perler FB. "InBase" . Arkiverad från originalet 2010-08-02 . Hämtad 2010-02-05 .
Intein-databasen och registret
. -
Detaljerad information för biokemiska experiment: "Enzymfinnare" . Arkiverad från originalet 2010-01-08 . Hämtad 2010-01-07 .
New England Biolabs enzymsökare.
- Alfabetisk lista över enzymer och deras restriktionsplatser: "GenScript Restriction Enzyme webbsida" . Arkiverad från originalet 2009-07-04 . Hämtad 2010-01-07 .
-
Allmän information om restriktionsställen och biokemiska förhållanden för restriktionsreaktioner: "Restriction Enzymes Resource" . Arkiverad från originalet 2002-02-03 . Hämtad 2010-01-07 .
Webbsida för Promega restriktionsenzymer.
Databaser över proteiner:
-
Databas över proteinstrukturer, löst i atomär upplösning: "PDB" . Research Collaboratory for Structural Bioinformatics (RCSB). Arkiverad från originalet 2015-04-07 . Hämtad 2010-01-25 .
RCSB Protein Data Bank.
-
Databaser över proteiner: Swiss Institute of Bioinformatics (SIB) ; European Bioinformatics Institute (EBI) . "UniProtKB/Swiss-Prot & TrEMBL" . Hämtad 2010-01-25 .
Swiss-Prot är en kurerad proteinsekvensdatabas som strävar efter att tillhandahålla en hög nivå av annotering (såsom beskrivningen av ett proteins funktion, dess domänstruktur, post-translationella modifieringar, varianter, etc.), en minimal nivå av redundans och hög grad av integration med andra databaser. TrEMBL är ett datorkommenterat tillägg av Swiss-Prot som innehåller alla översättningar av EMBL -nukleotidsekvensposter som ännu inte är integrerade i Swiss-Prot.