Halostagnicola larsenii
| Halostagnicola larsenii | |
|---|---|
| Vetenskaplig klassificering | |
| Domän: | |
| Rike: | |
| Provins: | |
| Klass: | |
| Beställa: | |
| Familj: | |
| Släkte: | |
| Binomialt namn | |
|
Halostagnicola larsenii Castillo et al. 2006
|
|
| Typ stam | |
| Stam XH-48 ; CECT 7116; CGMCC 1,5338; DSM 17691; JCM 13463 | |
Halostagnicola larsenii är en icke-rörlig, aerob , gramnegativ , stavformad arkeon . Det är en halofil , neutrofil , kemo-organotrof och isolerades från prover tagna från en saltsjö i Kina. Namnets etymologi kommer från hals, halos grekiska för salt, stagnum latin för en bit stående vatten, -cola latin för invånare eller bosatt, och Larsenii uppkallad efter den norske mikrobiologen Helge Larsen, som var en pionjär inom forskning om halofiler .
Upptäckt
september 2003 tog forskare från University of Sevilla, Spanien , prover av sediment från en sjö i Inre Mongoliet, Kina . Sjön Xilinholt är en extremt salt sjö, vilket ger de optimala tillväxtförhållandena för Halostagnicola larsenii . Proverna odlades i en 20% saltlösning. Näringsagarplattor användes för att odla proverna. Mediet innehöll natriumklorid och optimerades vid ett pH av 7,5. H. larsenii växer optimalt vid 15 % NaCl, 37 ° Celsius och pH 7-8. Den kan inte växa vid temperaturer över 50 ° Celsius. Ytterligare karakterisering av arten utfördes och det föreslogs av Castillo et al., att stam XH-48 skulle identifieras som en ny art inom Halostagnicola- filumen .
Karakterisering
Morfologi
Morfologin bestämdes med användning av faskontrastoptik med ett Olympus BX41-mikroskop. Celler av Halostagnicola larsenii XH48 är 0,5-1,0 mikrometer breda och 1,0-3,0 mikrometer långa. Celler av H. larsenii är pleomorfa och visar stav-, kvadrat- eller skivformade celler. Detta återspeglar stammens förmåga att ändra storlek och form som svar på förändringar i miljön, såsom salthalt. Kolonimorfologin hos H. larsenii är cirkulär, slät, ogenomskinlig och rosa till färgen. Polära eterlipider som finns i dess membran inkluderar fosfatidylglycerol och fosfatidylglycerometylfosfat. Dessa lipider extraherades med kloroform och metanol . Tester visade att denna organism är oxidaspositiv och katalasnegativ .
Ämnesomsättning
Halostagnicola larsenii är en halofil , neutrofil , kemo-organotrof och använder syre som sin terminala elektronacceptor. H. larsenii kan använda en mängd olika kolhydrater såsom fruktos , glycerol , laktos , glukos , arabinos , acetat , ribos , stärkelse , maltos , galaktos , ribos , xylos , glutamat och propionat som substrat för tillväxt. Tillväxtsubstrat bestämdes genom användning av isoleringsmediet , som innehöll substratet som testades tillsammans med jästextrakt . Dessutom genomgår H. larsenii assimilatorisk nitratreduktion till nitrit till ammoniak . Denna process skiljer sig från nitratreduktion eftersom den sker aerobt och använder ferrodoxin som en elektrondonator .
Antibiotikaresistens
H. larsenii är resistent mot följande antibiotika: ampicillin , kloramfenikol , erytromycin , gentamicin , nalidixinsyra , neomycin , penicillin G , rifampicin , streptomycin och tetracyklin . Organismen är känslig för bacitracin och novobiocin . Antibiotikakänslighet och -resistens bestämdes med användning av agardiffusionstestet i vilket pappersskivor mättade med antibiotika placerades på agarplattor.
Ekologi
Halostagnicola larsenii upptäcktes ursprungligen i en saltsjö i Inre Mongoliet , Kina . Det har också isolerats från havsvatten i stengropen på västkusten av Maharashtra , Indien . Vanligtvis haloarchaea som H. larsenii miljöer med hög salthalt för tillväxt och kan hittas i sedimenten i vattenmiljöer som sötvattensjöar .
Genomik
sekvenserades det fullständiga genomet av H. larsenii med hjälp av Illumina dye sequencing HiSeq 2000 av Iain Anderson som en del av Archaeal Tree of Life Project som stöds av Joint Genome Institute . Genomet består av 2,79 Mega-baser på en cirkulär kromosom med fyra cirkulära plasmider . Genomet inkluderar 4 246 gener varav 4 171 är proteinkodande gener, 19 är pseudogener , 6 rRNA- gener och 49 tRNA- gener. GC -innehållet i genomet är 61%.
I en studie från 2008 av Castillo, et al., isolerades kromosomalt DNA med Marmur -metoderna för enkel cellstörning genom detergentlys , nukleinextraktion med ett organiskt lösningsmedel och DNA-återvinning genom etanolutfällning . 16S ribosomala RNA- gensekvensen av H. larsenii studerades med hjälp av ARB-programvara . Grannsammanfogningsmetoden - gensekvensanalys och bestämma fylogenetiska samband. De närmast angränsande arterna Natrialba aegypitaca och Natrialba asiatica hade en genomlikhet på 94,5 % respektive 93,3 %. Den viktigaste skillnaden mot Natrialba är att H. larsenii saknar nyckelbaserna 403G och 560G.