HLA A1-B8 haplotyp
|
|||
| Multigen haplotyp, human | |||
|---|---|---|---|
| HLA-region på kromosom 6 | |||
| klass I, A1-Cw7-B8 | |||
| Smeknamn |
"HL A1,8; HL A1,A8; HLA A1-B8; HLA A*01-B*08, HLA A*01:01-B*08:01" |
||
| Loci | Gen | Allel | Serotyp |
|
HLA-F till HLA-A |
HLA-F | - | |
| HLA-G | - | ||
| HLA-A | *0101 | A1 | |
| HLA-E | HLA-E | - | |
| Cw-B | HLA-C | *0701 | Cw7 |
| HLA-B | *0801 | B8 | |
| Knutpunkter | |||
| Population Maxima | Frekv. Max | ||
| västra Irland | >15,0 % | ||
| Storlek och plats | |||
| Gener | Plats | storlek (kbps) | |
| - | 6 | 6p21.3 | 1400 |
HLA A1-B8 (även: HL A1,8 ; HL A1,A8 ; HLA A1-Cw7-B8 ; HLA A*01-B*08 , HLA A*0101-B*0801 , HLA A*0101-Cw*0701 -B*0801 ; HLA A*01:01-C*07:01-B*08:01) är en multigen haplotyp som täcker MHC klass I- regionen av det mänskliga huvudhistokompatibilitetskomplexet på kromosom 6 . En multigen haplotyp är en uppsättning av ärvda alleler som täcker flera gener, eller gen-alleler; vanliga multigenhaplotyper är i allmänhet resultatet av identitet genom härkomst från en gemensam förfader (har en nyligen gemensam förfader för det segmentet av kromosomen). Kromosomal rekombination fragmenterar multigenhaplotyper när avståndet till den förfadern ökar i antal generationer.
Haplotypen kan skrivas i en utökad form som täcker de viktigaste histokompatibilitetsställena enligt följande:
HLA A *01:01 : Cw *07:01 : B *08:01
Det finns dock många andra gen-alleler inom haplotypen. I Europa finns A1-B8, vanligtvis som en del av HLA A1-B8-DR3-DQ2- haplotypen. Denna haplotyp är 4,7 miljoner nukleotider lång och den näst längsta haplotypen som identifierats i det mänskliga genomet . I Afrika är A1-B8 och Indien associerad med andra gener och andra varianter av A*01 och B*08
Sjukdomsföreningar
Filosofiskt är A1-B8 mer än bara två gen-alleler. Dessa gen-alleler är markörer för en haplotyp, en sträcka av kromosom 6 som innehåller många gen-alleler. I sin naturliga historia genomgick denna haplotyp ett visst atypiskt urval, i slutet av evolutionen blev den de dominerande haplotyperna hos nord- och västeuropeiska förfäder. Idag är dock samlingen av gener förknippad med ökad förekomst av vissa sjukdomar. Trots det faktum att sambanden har varit kända nästan så länge som A1 och "A8" var kända, är rollen av faktorer som påverkar sjukdomen fortfarande inte klarlagd.
A1-B8 och autoimmuna sjukdomar
A1-B8 serotyp associerades med ett antal sjukdomar eftersom "HL-A"-antigener först beskrevs . Bland dessa var celiaki , autoimmun aktiv kronisk hepatit , myasthenia gravis , binjurebarkhyperfunktion- Cushings syndrom , primär biliär cirros .
Men när studiestorlekarna ökade och D-serotyper beskrevs mer detaljerat, flyttade associationen av dessa loci från MHC klass I loci till MHC klass II loci. Bakom detta drag låg HLA A1-B8-DR3-DQ2 haplotypen, en haplotyp som är i akut ojämvikt i kopplingen i den europeiska befolkningen. Denna ojämvikt fick det att framstå som att A1 och andra klass I-gen-alleler var sjukdomsfaktorer, när dessa alleler bara var fästa till ett långt segment av bevarat DNA som hade sjukdomsassocierade gener i andra änden. I minst 2 sjukdomar sträcker sig risken för autoimmun sjukdom bortom klass II-regionen av haplotypen.
Systemisk lupus erythematosus
"HL-A1,8-fenotypen" visade sig vara associerad med svår systemisk lupus erythematosus (SLE) (njur- och centralnervsystemet) hos kaukasiska patienter. Tvåpunkts haplotypanalys mellan TNFB (B*01 allel) och HLA visar att allelen är i kopplingsojämvikt med HLA-A1, Cw7, B8, C4A(Null), DR3, DQ2.5.
Typ 1 diabetes
Medan typ 1-diabetes visar en utökad association på HLA A1-B8-DR3-DQ2-haplotypen, verkar associationen inte sträcka sig utanför HLA-B-lokuset. En nyligen genomförd studie av DR3-DQ2/DR4-DQ8-fenotypen fann att A1-cw7-B8 faktiskt var lägre än förväntat jämfört med andra AB-typer, vilket indikerar att riskassocierade gener finns mellan B8 och DR3. A*0101 verkar förändra risken för typ 1-diabetes men inte Cw7-B8. Exemplet med typ 1-diabetes visar den inneboende svårigheten med att använda enbart länkanalys för att chifferrisk.
A1-B8 och allergisk sjukdom
Vid allergisk sjukdom visade sig A1,B8 associera med allergiska reaktioner hos nyfödda. A1, B8 visade sig ökad hos barn med bronkialastma och lågt IgA. En del av denna reaktion kan emellertid tillskrivas kopplingen av HLA A1-B8-DR3-DQ2-haplotypen till den IgA-lösa fenotypen. Ett fastare samband hittades med atopier . A1,B8 fanns oftare vid hösnuva komplicerad av astma eller atopi jämfört med bara hösnuva. Ytterligare astmatiska patienter med negativa hudtester tenderade mot högre A1,B8 serotyper.
A1-B8 och infektionssjukdomar
HIV
I mitten av 1980-talet uppträdde sambandet med A1-B8-DR3 och HIV-progression kort efter upptäckten av viruset. A1-B8 associerade med snabbare progression till seropositivitet, och var starkt associerad med en snabb minskning av T4-celler och utveckling av HIV-relaterade symtom inom fyra år efter infektion. De starkaste associationerna sågs med A1-Cw7-B8 haplotyp. C4 (komplement 4) producerar en nollallel på lokus C4AQ. Detta locus i en del av HLA A1-B8-DR3-DQ2 haplotypen (markörer är A1, CW7, B8, BfS, C4AQ0, C4B1, DR3, DQ2) därför drog en studie slutsatsen att C4AQ0 kunde förklara den ökade smittsamheten till HIV. Haplotypen var ytterligare kopplad till falsk tumörsplenomegali, CD8-lymfocytos och högt IgG.
Viral hepatit
Ett samband sågs mellan viral hepatit och HLA-A1. Men sambandet mellan A1 och autoimmun hepatit utan antiviral antikropp var starkare än med kronisk aktiv hepatit med antiviral titer. Sambandet med viral hepatit visades senare och patienter med antinukleära antikroppar var mer benägna att ha A1-B8-DR3. För närvarande pekar studier på association proximalt till Cw*0702-B*0801 loci.
Frekvenser
| Irland | 14.4 | 1 | ||
| slovakiska | 11.9 | 1 | ||
| Norra Irland | 11.5 | 1 | 1 | |
| svenska | 11.5 | 1 | ||
| holländska Nederländerna | 9.8 | |||
| jugoslaviska | 9.7 | 1 | ||
| brittisk | 9.7 | 1 | ||
| ungerska | 9.4 | 1 | ||
| CEPH Frankrike | 8.5 | 1 | 1 | |
| tysk | 8.3 | 1 | ||
| tjeckiska | 7.8 | 1 | ||
| schweiziska | 6.7 | 3 | ||
| Belgien | 5.5 | 2 | ||
| Österrike | 4.5 | 2 | ||
| Toskanska Italien | 4.3 | |||
| Ukraina | 4.3 | 3 | ||
| Italien | 4.2 | 1 | ||
| baskiska | 4.2 | |||
| portugisiska | 4.2 | 2 | ||
| putsa | 4.0 | |||
| Uganda | 3.7 | 1 | ||
| Uralisk | 3.1 | 3 | ||
| spanska | 2.8 | 4 | ||
| [1] | Rumänien | 2.8 | ||
| Albanien | 2.5 | |||
| grekisk | 2.3 | |||
| [2] | Norra Grekland | 2.1 | ||
| Kreta | 1.9 | |||
| Luo Kenya | 1.7 | 2 | ||
| Nandi Kenya | 1.4 | 2 | ||
| Oman Arabien | 1.4 | |||
| japanska | 0,1 | |||
| 1 Cw*0701 (Eur.), ²Cw*0704 (Afr.) | ||||