HLA-Cw*16
|
större histokompatibilitetskomplex (människa), klass I, Cw*16
|
||
| Alleler |
Cw*1601 Cw*1602 |
|
| Struktur (se HLA-C ) | ||
| Identifierare |
1601 1602
|
|
| Symbol(er) | HLA-C [ permanent död länk ] | |
| EBI-HLA | Cw* | |
| Cw* | ||
| Delad data | ||
| Ställe | chr.6 6p21.31 | |
HLA-Cw*16 (Cw*16) är en HLA - C - allelgrupp . Serotypen identifierar de vanligare HLA-Cw*16-genprodukterna. Denna allelgrupp finns oftast i Västafrika, men en enda haplotyp av Cw16 finns i Västeuropa med ovanligt höga frekvenser. Det finns ingen användbar serologi för Cw*16.
Alleler
| frekv | ||
| ref. | Befolkning | (%) |
| Bandiagara ( Mali ) | 28.3 | |
| Fulani ( Burkina Faso ) | 21.4 | |
| Mossi (Burkina Faso) | 17.9 | |
| Niokholo Mandinka ( Senegal ) | 16.8 | |
| Gipuzkoa baskiska ( Spanien ) | 16.6 | |
| Rimailbe (Burkina Faso) | 16,0 | |
| Ibiza (Spanien) | 11.4 | |
| Bubi (Bioko, Eq, Guinea) | 10.5 | |
| Lusaka (Zambia) | 10,0 | |
| Girona ( Katalonien , Spanien) | 9.8 | |
| Kenya | 8.4 | |
| Shona (Harare, Zimbabwe) | 8,0 | |
| Tunisien | 7.2 | |
| Mallorca och Menorca (Spanien) | 7.1 | |
| Östra Andalusien (Spanien) | 6.7 | |
| Beti ( Kamerun ) | 6,0 | |
| sydöstra Frankrike | 5.1 | |
| E. Andalusien Gypsy (Spanien) | 5.1 | |
| Norra Irland | 5.0 | |
| sudanesiska | 5.0 | |
| Kampala ( Uganda ) | 4.9 | |
| Bamileke (Kamerun) | 4.5 | |
| Luo ( Kenya ) | 4.5 | |
| Nandi (Kenya) | 4.4 | |
| Kaukasier ( Storbritannien ) | 4.1 | |
| Sawa (Kamerun) | 3.8 | |
| Marathas ( Mumbai , Indien ) | 3.7 | |
| Centrala Portugal | 3.7 | |
| Korsika ( Frankrike ) | 3.5 | |
| Nador M. Berber ( Marocko ) | 3.2 | |
| Bergamo ( Italien ) | 3.0 | |
| Genève ( Schweiz ) | 2.7 | |
| Tbilisi (Georgien) | 1.9 | |
| Kurder (Georgien) | 1.7 | |
| Mbenzele (C.African Rep.) | 1.5 | |
| Sindhi (Pakistan) | 1.5 | |
| Guraiat & Hail ( Saudiarabien ) | 1.2 | |
| Baloch ( Iran ) | 1.0 | |
| Natal Tamil ( Sydafrika ) | 1.0 | |
| (Siraya) Taiwan | 1.0 | |
| Västra Frankrike | 0,5 | |
| Libanon | 0,5 | |
| Teheran ( Iran ) | 0,4 | |
| Kalkon | 0,4 | |
| Amman, Jordanien) | 0,3 | |
| Lakota Sioux (USA) | 0,3 | |
| Yupik Eskimo (USA) | 0,2 |
Cw*1601
Även om Cw*1601 troligen inte utvecklades i västra Afrika , har den verkligen sett en expansion och det är en region där det mesta av haplotypdiversiteten ses. Eftersom frekvenstabellen för Cw*1601 avslöjar att högsta frekvenser för en given latitud norr, mer eller mindre, följer den 0:e meridianen från Västafrika till Storbritannien , undantaget, en antinod, i västra Frankrike , vilket indikerar en förskjutning i dessa regioner eller kärnan i Cw*16-bärande migration längs den östra regionen. Det finns en sekundär nod i baskerna i Spanien , men givet mycket liten haplotypdiversifiering (se A29-Cw*16-B44 haplotyp, denna sida) indikerar detta att detta är resultatet av asymmetrisk expansion eller urval inom baskiska för allelen. Mandinka i Senegal är släkt med Bandiagara i Mali eftersom det maliska imperiet bosatte Senegal. Bubi finns på öarna utanför Ekvatorialguineas kust (Klicka på kartan för att förstora till full storlek för att se öar )
Andra alleler och haplotyper följer ett liknande mönster. DR7-DQ2, DR3-DQ2 och A*2901 följer ett liknande mönster av uppenbart genflöde från Afrika till Västeuropa. Även om migrationen för DR3-DQ2 verkar vara associerad med B8 och troligen inträffade i den tidiga AMH- bosättningen i Europa.
Haplotyper
A29-Cw*16-B44
| frekv | ||
| ref. | Befolkning | (%) |
|
A29-Cw16-B44 (A*2902:Cw*1601:B*4403) |
||
| Baskiska, Gipuzkoa (Spanien) | 10.3 | |
| Baskiska, San Sebastion (Spanien) | 7.5 | |
| Pasiegos-dalen (Spanien) | 5.4 | |
| Baskiska, Arratia (Spanien) | 5.3 | |
| Cornish (Gr. Storbritannien) | 5.3 | |
| spanska | 5.0 | |
| Huate Corse (Frankrike) | 4.3 | |
| Paris, Frankrike) | 3.9 | |
| portugisiska | 3.5 | |
| franska | 3.4 | |
| irländska | 3.4 | |
| S. African (Indig.) | 2.7 | |
| N. Irländare | 2.8 | |
| dansk | 2.2 | |
| Tunisien | 2.0 | |
| Wales | 2.0 | |
| Toscana | 1.7 | |
| holländska | 1.4 | |
| tysk | 1.3 | |
| Regnskog (Kamerun) | 1.3 | |
A29-Cw16-B44 (A*2902:Cw*1601:B*4403) verkar ha sitt ursprung i Västafrika där Cw*16-frekvensen är högst och har genomgått mer kopplingsjämvikt. Cw*16 minskar långsamt norrut och snabbare mot öster och nordost, med den högsta frekvensen/latituden norr i allmänhet längs östra Spanien in i de brittiska Ilsena, en del flyter uppför kanalen men haplotypfrekvensen sjunker i det inre av Europa.
Denna haplotyp kan i allmänhet utökas från A- till -DQ som A29 - Cw16 - B44 - DR7 - DQ2.2 :
A *2901 : Cw *1601 : B *4403 : DRB1 *0701 : DQA1 *0201 : DQB1 *0202
Och Cw16-komponenten är i stark kopplingsojämvikt med DR7-DQ2.2-komponenten, vilket tyder på att sedan haplotyperna introducerades i Europa har det inte funnits tillräckligt med tid för jämvikt, vilket stödjer dess senaste introduktion i Europa. Denna speciella haplotyp stöder teorier om migration som är fler än de som stöds av mtDNA- eller Y-kromosomal information, många sådana "mindre" migrationer är uppenbara med HLA-haplotyper, vilket tyder på en mycket större komplexitet för den mänskliga befolkningen än vad haploida loci visar .