hAT transposon

hAT-transposoner är en superfamilj av DNA-transposoner , eller klass II- transposerbara element , som är vanliga i genomen hos växter, djur och svampar.

Nomenklatur och klassificering

Superfamiljer identifieras genom delad DNA-sekvens och förmåga att svara på samma transposas . Gemensamma egenskaper hos hAT-transposoner inkluderar en storlek på 2,5-5 kilobaser med korta terminala inverterade upprepningar och korta flankerande målställena dupliceringar som genereras under transponeringsprocessen.

HAT-superfamiljens namn kommer från tre av dess medlemmar: luffarelementet från Drosophila melanogaster , Activator- eller Ac - elementet från Zea mays och Tam3 - elementet från Antirrhinum majus . Superfamiljen har delats upp baserat på bioinformatikanalys i minst två kluster definierade av deras fylogenetiska relationer: Ac -familjen och Buster -familjen. På senare tid har en tredje grupp som heter Tips beskrivits.

Familjemedlemmar

HAT-transposon-superfamiljen inkluderar den första upptäckta transposonen, Ac från Zea mays ( majs ), som först rapporterades av Barbara McClintock . McClintock tilldelades Nobelpriset i fysiologi eller medicin 1983 för denna upptäckt. Familjen inkluderar också en undergrupp som kallas rymdinkräktare eller SPIN -element, som har mycket höga kopior i vissa genom och som är bland de mest effektiva kända transposonerna. Även om inget existerande aktivt exempel är känt, kan laboratoriegenererade konsensussekvenser av aktiva SPIN-element generera höga kopietal när de introduceras till celler från ett brett spektrum av arter.

Distribution

hAT-transposoner är brett fördelade över eukaryota genom , men är inte aktiva i alla organismer. Inaktiva hAT-transposonsekvenser är närvarande i däggdjursgenom , inklusive det mänskliga genomet ; de är bland de transposonfamiljer som tros ha funnits i det förfäders ryggradsdjurs genom. Bland däggdjur är genomet av den lilla bruna fladdermus Myotis lucifugus anmärkningsvärt för sitt relativt höga och nyligen förvärvade antal inaktiva hAT-transposoner.

Fördelningen av SPIN- element är ojämn och relaterar inte väl till kända fylogenetiska relationer, vilket ger förslag på att dessa element kan ha spridits genom horisontell genöverföring .

Domesticering

Transposoner sägs vara exapterade eller "domesticerade" när de har fått funktionella roller i värdgenomet. Flera sekvenser som är evolutionärt relaterade till hAT-familjen har exapterats i olika organismer, inklusive Homo sapiens . Ett exempel är ZBED- genfamiljen, som kodar för en grupp regulatoriska proteiner som innehåller zinkfinger .