Global mikrobiell identifierare

Den genomiska epidemiologiska databasen för global identifiering av mikroorganismer eller global mikrobiell identifierare är en plattform för lagring av helgenomsekvenseringsdata för mikroorganismer , för identifiering av relevanta gener och för jämförelse av genom för att upptäcka och spåra utbrott av infektionssjukdomar och framväxande patogener . Databasen innehåller två typer av information: 1) genomisk information om mikroorganismer , kopplad till, 2) metadata för dessa mikroorganismer såsom epidemiologiska detaljer. Databasen omfattar alla släkten av mikroorganismer: bakterier , virus , parasiter och svampar . ^{[ citat behövs ]}

Teknologi

För genotypning av mikroorganismer för medicinsk diagnos , eller andra ändamål, kan forskare använda en mängd olika DNA-profileringstekniker , såsom polymeraskedjereaktion , pulsad-field gelelektrofores eller multilocus-sekvenstypning . En komplikation av denna breda variation av tekniker är svårigheten att standardisera mellan tekniker, laboratorier och mikroorganismer, vilket kan övervinnas genom att använda den fullständiga DNA -koden för genomet som genereras genom helgenomsekvensering. För enkel diagnostisk identifiering matas hela genomsekvenseringsinformationen från ett mikrobiologiskt prov in i en global genomisk databas och jämförs med hjälp av BLAST -procedurer med de genomen som redan finns i databasen. Dessutom kan helgenomsekvenseringsdata användas för att återkalkylera till de olika genotypningsmetoderna för sekvensering av hela genomet, så att tidigare insamlad värdefull information inte går förlorad. För den globala mikrobiella identifieraren är den genomiska informationen kopplad till ett brett spektrum av metadata om den specifika mikrobiella klonen och inkluderar viktig klinisk och epidemiologisk information såsom de globala fyndplatserna, behandlingsalternativ och antimikrobiell resistens , vilket gör den till ett allmänt mikrobiologiskt identifieringsverktyg. Detta personlig behandling av mikrobiell sjukdom samt spårningssystem i realtid för global övervakning av infektionssjukdomar för livsmedelssäkerhet och för människors hälsa . ^{[ citat behövs ]}

Initiativet

Initiativet till att bygga databasen uppstod 2011 och då flera förutsättningar var uppfyllda: 1) helgenomsekvensering har blivit moget och seriöst alternativ för andra genotypningstekniker, 2) priset för helgenomssekvensering har börjat falla dramatiskt och i vissa fall under priset på traditionella identifieringar, 3) stora mängder IT- resurser och ett snabbt internet har blivit tillgängligt, och 4) det finns tanken att infektionssjukdomar kan kontrolleras bättre genom en tvärsektoriell och One Health- strategi.

Från och med det andra millenniet startade många mikrobiologiska laboratorier, såväl som nationella hälsoinstitutioner, genomsekvenseringsprojekt för att sekvensera de smittämnen de hade i sina biobanker . Därigenom genererar privata databaser och skickar modellgenom till globala nukleotiddatabaser såsom GenBank vid National Center for Biotechnology Information eller nukleotiddatabasen för EMBL . Detta skapade en mängd genomisk information och oberoende databaser för eukaryota såväl som prokaryota genom. Behovet av att ytterligare integrera dessa databaser och att harmonisera datainsamlingen och att koppla genomdata till metadata för optimalt förebyggande av infektionssjukdomar erkändes allmänt av forskarvärlden. Under 2011 tog flera kontrollcenter för infektionssjukdomar och andra organisationer initiativ till en serie internationella vetenskapliga och politiska möten, för att utveckla en gemensam plattform och för att bättre förstå potentialen i en interaktiv mikrobiologisk genomisk databas. Det första mötet var i Bryssel, september 2011, följt av möten i Washington (mars 2012) och Köpenhamn (februari 2013). Förutom experter från hela världen har mellanstatliga organisationer inkluderats i aktionen, särskilt Världshälsoorganisationen och Världsorganisationen för djurhälsa . ^{[ citat behövs ]}

Utvecklingsplan

En detaljerad färdplan för utvecklingen av databasen sattes upp med följande allmänna tidslinje:

2010 - 2012: Utveckling av pilotsystem.

2011 - 2013: Internationell strukturell uppstart, med bildandet av en internationell kärngrupp, analys av det nuvarande och framtida landskapet för att bygga databasen och diplomatiska ansträngningar för att sammanföra de relevanta grupperna.

2012 - 2016: Utveckling av en robust IT-ryggrad för databasen och utveckling av nya genomanalysalgoritmer och mjukvara.

2017 - 2020: Konstruktion av en global lösning, inklusive skapandet av nätverk och regionala hubbar.

Styrgrupp

Nuvarande medlemmar:

Eric Brown, Food and Drug Administration , USA
Amy Cawthorne, Världshälsoorganisationen , Schweiz
Jørgen Schlundt, Nanyang Technological University , Singapore.
David J. Lipman , National Center for Biotechnology Information , USA.
Alisdair Wotherspoon, Food Standards Agency , Storbritannien.
Pathom Sawanpanyalert, Folkhälsoministeriet , Thailand.
David Heyman, Health Protection Agency , Storbritannien.
Marion Koopmans , Erasmus University Medical Center , Nederländernas nationella institut för folkhälsa och miljö .
Masami T. Takeuchi, livsmedels- och jordbruksorganisationen
Vincenco Caporale, Världsorganisationen för djurhälsa

Tidigare medlemmar:

Steven M. Musser, Food and Drug Administration , USA.
Angelik Tritscher, Världshälsoorganisationen , Schweiz.

Se även

externa länkar