GISAID
 | |
| Förkortning | GISAID |
|---|---|
| Bildning | maj 2008 |
| Typ |
Ideell organisation Offentlig-privat partnerskap |
| Syfte | Global hälsa , forskning , utbildning |
| Huvudkontor | München , Tyskland |
Område som betjänas |
Över hela världen |
| Metod | Donationer och bidrag |
Nyckelpersoner |
|
| Hemsida | gisaid.org |
GISAID (Global Initiative on Sharing Avian Influenza Data) är ett globalt vetenskapsinitiativ och primär källa etablerad 2008 som ger öppen tillgång till genomisk data om influensavirus och coronaviruset som är ansvarigt för covid-19 - pandemin. Den 10 januari 2020 gjordes de första helgenomsekvenserna av SARS-CoV-2 tillgängliga på GISAID, vilket möjliggjorde globala svar på pandemin, inklusive utvecklingen av de första vaccinerna och diagnostiska testerna för att upptäcka SARS-CoV-2. Databasen har blivit världens största förråd för SARS-CoV-2-sekvenser. GISAID underlättar genomisk epidemiologi och realtidsövervakning för att övervaka uppkomsten av nya COVID-19-virusstammar över hela planeten.
Sedan dess etablering som ett alternativ till att dela data om fågelinfluensa via konventionella offentliga arkiv, har GISAID erkänts för att stimulera snabbt utbyte av utbrottsdata under H1N1-pandemin 2009, H7N9-epidemin 2013 och COVID - 19 - pandemin i början 2020.
GISAID erkändes för sin betydelse för global hälsa av G20:s hälsoministrar 2017, och 2020 kallade Världshälsoorganisationens chefsforskare Soumya Swaminathan datavetenskapsinitiativet "en game changer".
Ursprung
Förkortningen GISAID nämndes första gången i ett korrespondensbrev som publicerades i tidskriften Nature 2006, och lade fram en första strävan att skapa ett " konsortium" för ett nytt globalt initiativ om delning av A vian I nfluensa D ata , där dess medlemmar skulle släppa data i allmänt tillgängliga databaser upp till sex månader efter analys och validering.
Även om inga väsentliga grundregler för delning fastställdes, undertecknades korrespondensbrevet av över 70 ledande forskare, inklusive sju nobelpristagare , eftersom tillgången till de senaste genetiska data för det högpatogena zoonotiska H5N1 - viruset ofta var begränsad, delvis på grund av Världshälsoorganisationens medlemsländer tvekar att dela med sig av sina virusgenom och sätta äganderätten på spel.
Det skulle ta ytterligare 18 månader innan ett internationellt samförstånd om faktiska regler för GISAID-delningsmekanismen kunde nås bland regeringar och forskare. Således lanserades GISAID officiellt i maj 2008 i Genève i samband med den 61:a världshälsoförsamlingen, som en allmänt tillgänglig databas snarare än ett konsortium som kräver medlemskap.
Närma sig
GISAID-modellen för att stimulera och erkänna de som deponerar data har rekommenderats som modell för framtida initiativ. Större transparens och mer snabb delning av sekvensdata har varit ett mål för många forskare och intressenter. GISAID-plattformen spänner över nationella gränser och vetenskapliga discipliner, med ledare inom områdena veterinärmedicin , humanmedicin , bioinformatik , epidemiologi och immateriella rättigheter . Denna tvärvetenskapliga ansträngning ger nya sätt att kommunicera och dela information, eftersom varje disciplin har olika intressen men också delar liknande mål. Initiativet kom samman på ett sätt som ger kredit till de som skickar in data och gör betydande ansträngningar för att arbeta med och inkludera dem i samarbetsanalyser av virala sekvensdata, "ytterligare tippar vågorna till förmån för samarbete". Föreställningen om att dela inte bara data, utan också fördelarna med resulterande forskning, representerade ett "paradigmskifte" som gör att bidragsgivare från högre och lägre resursmiljöer blir mer jämställda.
Historia
GISAID-initiativet finansierades ursprungligen av Peter Bogner – en strategisk rådgivare och chef för internationell radiosändning – som fungerar som dess grundare och främsta facilitator. Bogner har styrt uppbyggnaden av denna plattform genom att sammanföra världens ledande forskare och intressenter som är aktivt engagerade i att påskynda förståelsen av denna potentiella mänskliga pandemi genom att snabbt dela vetenskapliga data och resultat. I januari 2006 träffade Bogner USA:s hemlandssäkerhetsminister Michael Chertoff vid World Economic Forum i Davos , Schweiz , och fick veta om den amerikanska regeringens beredskapskoncept för att hantera potentialen av en influensapandemi . Oron för ett pandemiscenario ökade.
I november 2006 fick initiativet godkännande av både The Royal Society och Academy of Medical Sciences . I februari 2007 tillkännagavs att GISAID och Swiss Institute of Bioinformatics (SIB) hade undertecknat ett samarbetsavtal. Enligt detta avtal skulle det Genèvebaserade institutet tillhandahålla tjänster för säker lagring och analys av genetiska, epidemiologiska och kliniska data. [ citat behövs ]
I januari 2007 slutade Indonesien att dela alla kliniska H5N1-prover med WHO. I mars 2007 Siti Fadilah Supari , Indonesiens hälsominister, att den indonesiska regeringen stöder bildandet av det globala initiativet för att dela aviär influensadatabas (GISAID) efter ett WHO-möte på hög nivå i Jakarta om ansvarsfull praxis för att dela aviär influensavirus. I april 2007 bekräftade den indonesiska vetenskapsakademin sitt stöd för GISAID och uppgav att den delar samma ideal om fritt utbyte och ansvarsfullt utbyte av information om fågelinfluensa och nya infektionssjukdomar. [ citat behövs ]
2008 antogs GISAID av "WHO Collaborating Centers for Influenza" för inmatning av sekvensdata från prover som tagits emot från National Influenza Centers (NICs) i WHO:s globala influensaövervaknings- och svarssystem . [ citat behövs ]
I april 2010 meddelade Förbundsrepubliken Tyskland under den 7:e internationella ministerkonferensen om fågelinfluensa och pandemisk influensa i Hanoi , Vietnam , att GISAID hade ingått ett samarbetsavtal med den tyska regeringen, vilket gör Tyskland till den långsiktiga värd för GISAID-plattformen. Enligt avtalet kommer Tyskland, representerat av det federala ministeriet för livsmedel, jordbruk och konsumentskydd BMELV , att säkerställa initiativets hållbarhet genom att tillhandahålla de tekniska värdfaciliteterna för GISAID-plattformen och EpiFlu genom sitt federala kontor för jordbruk och livsmedel (BLE) ™ databas, belägen i Bonn . Tysklands federala institut för djurhälsa, Friedrich Loeffler-institutet (FLI) som ligger på Isle of Riems , kommer att säkerställa rimligheten och sammanställningen av vetenskapliga data i GISAID för att uppfylla vetenskapliga standarder.
Den 10 januari 2020 släpptes de första genetiska SARS-CoV-2-sekvenserna av det kinesiska centret för sjukdomskontroll och förebyggande och delades via GISAID. Under 2020 har enorma volymer av SARS-CoV-2-genomsekvenser som provats och analyserats över hela världen lagts till GISAID-databasen, som snabbt delas av laboratorier runt om i världen.
AHF Global Public Health Institute vid University of Miami och GISAID tillkännagav 2022 ett samarbete om genetisk sekvensering, där AHF tillhandahåller finansiering för sekvenseringsprojekt och GISAID som utnyttjar etablerade utbildningsprogram .
Under Indonesiens ordförandeskap för G20 2022 var dess finansminister Sri Mulyani och hälsominister Budi Gunadi Sadikin tillsammans ordförande för G20 Joint Finance Health Task Force och diskuterade med G20-medlemsländerna ett koncept som kallas GISAID+ (plus) för att "förbättra responsen vid hantering av uppkomsten av nya patogener som kan utlösa nästa pandemi som identifieras i världen". GISAID+ skulle vara mer mångsidigt, och inte bara för influensa utan även för appox (monkeypox) och andra patogener. Australiens hälsominister Mark Butler kommenterade "ramar som har varit så viktiga globalt under pandemin, såsom GISAID-initiativet". G20 och partners som GISAID överväger sätt att förbättra genomisk övervakning och hur man delar tillförlitlig data. GISAID:s president bekräftar att den föreslagna utvidgningen av omfattningen kan genomföras, så att icke-influensapatogener som Zika, Chikungunya, dengue, tuberkulos, mpox och andra kan inkluderas i GISAID:s plattform.
Databas för SARS-CoV-2-genom
GISAID har världens största förråd av SARS-CoV-2-sekvenser. Från att initialt dela de första kompletta genomsekvenserna av SARS-CoV-2 den 10 januari 2020, i mitten av april 2021, nådde GISAID:s SARS-CoV-2-databas över 1 200 000 inlämningar, ett bevis på forskarnas hårda arbete i över 170 olika länder. Bara tre månader senare hade antalet uppladdade SARS-CoV-2-sekvenser fördubblats igen, till över 2,4 miljoner. I slutet av 2021 innehöll databasen över 5 miljoner genomsekvenser; i december 2021 hade över 6 miljoner sekvenser skickats in; i april 2022 hade 10 miljoner sekvenser ackumulerats; och i januari 2023 hade antalet nått 14,4 miljoner.
Under det första året av COVID-19-pandemin skickades de flesta av SARS-CoV-2-helgenomsekvenserna som genererades och delades globalt via GISAID. När SARS-CoV-2 Omicron-varianten upptäcktes i Sydafrika, genom att snabbt ladda upp sekvensen till GISAID, kunde National Institute for Communicable Diseases där ta reda på att Botswana och Hong Kong också hade rapporterat fall med samma gensekvens.
Styrning
GISAID:s styrningsstruktur ger flera organisatoriska organ som verkar oberoende av varandra, i syfte att skydda sig mot partiskhet i beslutsfattande. GISAID:s administrativa angelägenheter övervakas av en styrelse som förväntas minimera potentiella intressekonflikter som rör GISAID:s finansieringskällor. Den vetenskapliga övervakningen av initiativet kommer från dess vetenskapliga rådgivande råd som består av chefer för ledande folkhälsolaboratorier inklusive alla sex WHO Collaborating Centers for Influenza, och chefer för djurhälsoreferenslaboratorier för forskning om fågelinfluensa för World Organization for Animal Health och FN:s livsmedels- och jordbruksorganisation . Denna förvaltningsstruktur är avsedd att förbättra de funktionella kapaciteterna hos EpiFlu™-databasen som hanteras av GISAID:s Database Technical Group, sammansatt av experter inom virussekvensering och bioinformatik , som representerar användargemenskapen för att interagera med programvara och utvecklare av verktyg för analys.
Tillgång och immateriella rättigheter
Till skillnad från offentliga databaser som GenBank och EMBL måste användare av GISAID få sin identitet bekräftad och samtycka till ett databasåtkomstavtal som styr hur GISAID-data kan användas. Dessa användarvillkor förhindrar användare från att dela data med andra användare som inte har godkänt användarvillkoren. Användarvillkoren kräver att användare av data måste erkänna datageneratorerna i publicerat arbete, och även göra ett rimligt försök att samarbeta med datageneratorer och involvera dem i forskning och analys som använder deras data. [ citat behövs ]
En svårighet som GISAID:s dataåtkomstavtal försöker ta itu med är att många forskare fruktar att dela influensasekvensdata skulle kunna underlätta förskingring av den genom immateriella anspråk från vaccinindustrin och andra, vilket hindrar tillgången till vacciner och andra föremål i utvecklingsländer, antingen genom höga kostnader eller genom att förhindra tekniköverföring . Medan de flesta experter av allmänt intresse håller med GISAID om att influensasekvensdata bör offentliggöras, och detta är föremål för enighet av många forskare, tillhandahåller vissa informationen först efter att ha lämnat in patentanspråk medan andra har sagt att tillgången till den endast bör ske på villkoret att inga patent eller andra immateriella anspråk lämnas in, vilket var kontroversiellt med Human Genome Project . GISAIDs dataåtkomstavtal tar upp detta direkt för att främja delning av data. GISAID:s rutiner föreslår dessutom att de som har tillgång till EpiFlu-databasen konsulterar ursprungsländerna för genetiska sekvenser och forskarna som upptäckte sekvenserna. Som ett resultat har GISAID-licensen ändrat området för analys av viral sekvensdata. [ citat behövs ]
Se även
Vidare läsning
- "Inte en perfekt vetenskap" (ljud) . På media . WNYC . 28 maj 2021 . Hämtad 30 maj 2021 .
externa länkar
-
Officiell hemsida
- "Fågelinfluensa" . AlertNet. Reuters Foundation. Arkiverad från originalet den 5 juni 2006 . Hämtad 12 februari 2007 .
-
Butler, Declan (4 januari 2006). "Mashup-fil" . Mashups blandar data till globala tjänster . Beta . Vol. 439. Naturen. s. 6–7. doi : 10.1038/439006a . PMID 16397468 . S2CID 4421798 .
Fågelinfluensautbrott under början av 2006 från WHO och FAO till Google Earth
- "Bästa praxis för att dela influensavirus och sekvensdata" . Styrelsens dokument. WHO. Januari 2007. Arkiverad från originalet den 8 februari 2007.
