CXorf66
| CXorf66 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| -identifierare | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| , SGPX, kromosom X öppen läsram 66 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| externa ID:n | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Wikidata | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CXorf66 , även känd som Chromosome X Open Reading Frame 66 , är ett 361aa- protein hos människor som kodas av CXorf66 -genen . Proteinet som kodas förutsägs vara ett transmembranprotein av typ 1 ; dock är dess exakta funktion för närvarande okänd. CXorf66 har ett alias: RP11-35F15.2.
Det finns ett patent för CXorf66 under filen US 8586006 av Institute for Systems Biology and Integrated Diagnostics, Inc.
CXorf66-protein är en potentiell ny cancerbiomarkör .
Gen
CXorf66 finns på kromosom X vid Xq27.1 och är på komplementsträngen. CXorf66-genen är lokaliserad mellan ATP11C ATPase , MIR505 och HNRNPA3P3 . Utöver detta, enligt OMIM, är CXorf66 placerad mellan SOX3 , SPANXB1 och CDR1 .
mRNA
Skarvvarianter
CXorf66 består endast av en känd splitsningsvariant med tre exoner (1-117, 118-271 och 272-1288bp) och två introner . Platser för korsningar förekommer vid 30aa [G] och 81aa [M].
CXorf66 har endast visat sig ha endast ett polyadenyleringsställe .
Protein
Sammansättning
Med 57 seriner och 42 lysiner är CXorf66-proteinet både serin- och lysinrikt . CXorf66 har en molekylvikt på 39,9 kdal och en isoelektrisk punkt på 9,89.
Domäner
CXorf66-protein har en förutsagd signalpeptid från 1-19aa, en topologisk domän från 20-47aa, en transmembrandomän från 48-68aa och en andra topologisk domän från 69-361aa. Ett signalpeptidklyvningsställe förutsägs inträffa mellan 17-18aa. Vid analys av proteinets sammansättning (serin- och lysinrik) och posttranslationella modifieringar (höga nivåer av fosforylering), förutsägs det att den första topologiska domänen [20-47aa] är extracellulär, medan den topologiska domänen [69-361aa ] är cytoplasmisk . En bild kan ses i figur II .
Tre upprepade motiv av DKPV [31-34 och 204-207aa], SEAK [97-100 och 287-290aa] och PKRS [161-164 och 245-248aa] har hittats i det humana CXorf66-proteinet. Dessa upprepningar är bevarade i andra primater som Gorilla gorilla gorilla och Macaca mulatta , men finns inte i andra däggdjur.
SNP
Det finns en naturlig variant av populationen (frekvens 0,436) vid 233aa från prolin till leucin i CXorf66-proteinet, där prolin är den förfäderkodade aminosyran. Inga effekter har observerats med denna missense-mutation .
Interagerande proteiner
Figur III. STRING förutspådde proteininteraktioner för mänsklig CXorf66
Baserat på STRINGs förutsagda proteininteraktion har CXorf66 medelnivåpoäng för att vara bunden till proteinerna som listas i figur III . Det är viktigt att notera att alla listade proteiner inte är experimentellt bestämda.
förordning
Transkription
Promotor
Det finns bara en känd promotor som förutsägs av Genomatix för CXorf66-proteinet på den negativa strängen från 139047554-139048298 som är 745bp lång. När BLAT Search Alignment användes för den genererade CXorf66-promotorn, hämtades många träffar med hög identitet för olika gener på olika kromosomer. Följande är några genererade topprankade sökresultat som delar en hög procent identitet:
| namn | Gen-ID | Göra | Spännvidd (bp) av 745 | Identitet | Kromosom | Strå | Start | Slutet |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| ZBTB8A | 653121 | 282 | 656 | 88,2 % | 1 | - | 32994892 | 32995547 |
| TESK2 | 10420 | 263 | 624 | 90,3 % | 1 | - | 45843093 | 45843716 |
| TBCK | 93627 | 244 | 639 | 91,5 % | 4 | + | 107146630 | 107147268 |
| USP48 | 84196 | 241 | 631 | 89,0 % | 1 | + | 22014725 | 22015355 |
| PTPN22 | 26191 | 227 | 281 | 90,0 % | 1 | - | 114365307 | 114365587 |
| PSPH | 5723 | 220 | 605 | 90,6 % | 7 | - | 56098319 | 56098923 |
Unikt är TESK2 ett testisspecifikt proteinkinas, som korrelerar med förutsagt CXorf66-vävnadsuttryck.
Transkriptionsfaktorer
Genom användningen av Genomatix genererades en tabell över de 20 bästa transkriptionsfaktorerna och deras bindningsställen i CXorf66-promotom (se figur IV ).
Översättning
CXorf66 har två miRNA , hsa-mir-1290 och hsa-miR-4446-5p som förutspås binda till 3' UTR-regionen av mRNA.
Post-translationella modifieringar
Ett N-glykosyleringsställe har förutspåtts av Expasys NetNGlyc vid NGSS [24aa] med ett sekundärt ställe också möjligt vid NGTN [21aa]. Med användning av NetPhos har totalt 48 fosforyleringsställen förutspåtts (41 seriner , 2 treoniner och 5 tyrosiner ), som alla förekommer efter den förutsagda transmembrandomänen, vilket tyder på cytoplasmatisk topologi. Med användning av YinOYang har många O-GlcNAc- ställen förutspåtts. Allt som inkluderar hög potential inträffar efter 48-68aa transmembranregionen. En SUMOplot-analys utförd av Homo sapiens CXorf66-protein upptäckte en hög sannolikhet för ett sumoyleringsmotiv vid position K241, tillsammans med låga sannolikhetsmotiv vid K316 och K186. Med sumoylering som spelar en roll i olika cellulära processer som nukleär-cytosolisk transport och transkriptionsreglering, förväntas det att CXorf66 modifieras av ett SUMO-protein efter translation.
Subcellulär lokalisering
Genom att använda PSORT II finns det en nukleär lokaliseringssignal av PYKKKHL vid 268aa. Denna signal kan ses vara bevarad hos andra primatarter; finns dock inte hos andra däggdjur. Utöver detta, efter SDSC:s Biology Workbenchs SAPS kNN-prediktion, har CXorf66-proteinet för människor och mushomologen 47,8 % sannolikhet att hamna i kärnområdet i en cell. För mer avlägsna homologer, som Bos taurus, som inte har nukleära lokaliseringssignaler, har CXorf66 en sannolikhet på 34,8% att hamna i den extracellulära, inklusive cellväggsregionen, eller plasmamembranregioner. För att se flera homologer och deras nukleära lokaliseringssignaler, se figur V.
Homologi
CXorf66 har inga kända paraloger hos människor; CXorf66 har emellertid bevarat homologer i hela däggdjursriket . Mycket konserverad hos primater har en märkbar snabb utveckling observerats för CXorf66, se figur VI , som förklarar det större antalet ortologer hos däggdjur, snarare än hos ryggradslösa djur, fåglar och reptiler.
| CXorf66-protein | Arter | Datum för avvikelse (MYA) | ncbi tillträdesnummer | frågeomslag | E-värde | Identitet |
|---|---|---|---|---|---|---|
| CXorf66 homolog | Schimpans (Pan troglodytes) | 6.3 | XP_001139133.1 | 100 % | 0 | 98 % |
| CXorf66 homolog | Gorilla (Gorilla gorilla gorilla) | 8.8 | XP_004065002.1 | 100 % | 0 | 98 % |
| LOC631784 isoform X1 | Mus (Mus musculus) | 92,3 | XP_006528296.1 | 98 % | 2E-41 | 34 % |
| CXorf66-liknande isoform X1 | Råtta (Rattus norvegicus) | 92,3 | XP_001068529.2 | 84 % | 6E-32 | 32 % |
| CXorf66 homolog | Ko (Bos taurus) | 94,2 | XP_005200949.1 | 96 % | 2.00E-46 | 35 % |
| CXorf66 homolog | Vit noshörning (Ceratotherium simum simum) | 94,2 | XP_004441715.1 | 100 % | 8.00E-86 | 48 % |
| CXorf66 homolog | Häst (Equus caallus) | 94,2 | XP_005614614.1 | 96 % | 8.00E-58 | 44 % |
| Neurofilament medium polypeptid | Zebrafink (Taeniopygia guttata) | 296 | XP_002197538.1 | 44 % | 2.00E-08 | 30 % |
| Triadinliknande, partiell | Alligator (Alligator mississippiensis) | 296 | XP_006271227.1 | 53 % | 2.00E-12 | 23 % |
| LOC590028 | Sjöborre (Strongylocentrotus purpuratus) | 742,9 | XP_794743.3 | 45 % | 2.00E-05 | 35,40 % |
| Alfa-L-fukosidas | Streptococcus mitis | 2535,8 | WP_001083113.1 | 47 % | 7.00E-38 | 22 % |
Uttryck
Från Unigenes EST cDNA Tissue Abundance display och Protein Atlas, har CXorf66 måttligt höga expressionsnivåer i testiklar, förutom högre expressionsnivåer i fostervävnad i jämförelse med andra utvecklingsstadier. CXorf66-protein har också en anmärkningsvärd låg närvaro i både kontrollendometriums total -RNA och endometrios total-RNA. CXorf66 har beskrivits ha en anmärkningsvärd närvaro i plasma och blodplättar . Baserat på PaxDb-data har CXorf66 befunnits rankas i topp 5 % för en studie av human plasma och i topp 25 % för en annan studie utförd med humana trombocyter. Utöver detta har det funnits en märkbar 60–100 % CXorf66-proteinnärvaro i både icke-sviktande och dilaterad kardiomyopati septumvävnad. Dessutom har CXorf66 en ~75% proteinnärvaro i perifera mononukleära blodceller .
CXorf66-proteinnärvaro i dilaterad kardiomyopati-septumvävnad
CXorf66-proteinnärvaro i mononukleära celler i perifert blod
CXorf66-proteinnärvaro i endometrios totalt RNA
externa länkar
- Human CXorf66- genomplacering och CXorf66- gendetaljersida i UCSC Genome Browser .