C5orf24
| C5orf24 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Identifierare | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| , kromosom 5 öppen läsram 24 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| externa ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Wikidata | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C5orf24 (kromosom 5 öppen läsram 24) är ett protein som kodas av C5orf24 -genen (5q31.1) hos människor. C5orf24 är primärt lokaliserad till kärnan och är mycket konserverad med ortologer hos däggdjur , fåglar , reptiler , amfibier och fiskar .
Gen
Human C5orf24 är en proteinkodande gen 26 133 baspar lång (chr5:134,833,603-134,859,735) som består av två exoner och en intron vid lokus 5q31.1 orienterad på plussträngen. Alternativa namn för genen är FLJ37562 och LOC134553. Gener som gränsar till C5orf24 inkluderar DDX46 , RPL34P13 och TXNDC15 . Några transkriptionsfaktorer som förutspås binda till konserverade ställen på promotorregionen (GXP_7545710) är NRF1 , E2F , ZF5 och AHR .
Avskrifter
| Avskriftsvariant | Längd (nt) | Protein Isoform | Längd (aa) |
| 1 ( NM_001135586.1 ) | 5083 | 1 ( NP_001129058.1 ) | 188 |
| 2 ( NM_152409.3 ) | 4896 | 1 ( NP_689622.2 ) | 188 |
| 3 ( NM_001300894.2 ) | 3054 | 2 ( NP_001287823.1 ) | 155 |
Den humana C5orf24 -genen har tre mRNA- transkriptvarianter. Både transkriptvariant 1 och 2 kodar för proteinisoform 1 som är 188 aminosyror lång. Transkriptvariant 1 är det längsta och högsta kvalitetstranskriptet (5083 nukleotider ) med transkriptvariant 2 (4896 nukleotider) som har en mindre 5' UTR- region. Transkriptvariant 3 saknar ett internt segment vilket resulterar i ett alternativt translationsstoppkodon vilket gör att den är den kortaste varianten (3054 nukleotider) som kodar för det mindre proteinet isoform 2 som är 155 aminosyror lång.
Protein
Isoform 1 av UPF0461-proteinet C5orf24 är 188 aminosyror lång kodad av exon 2. Den innehåller två oordnade regioner vid aminosyrapositionerna 1-20 respektive 79-142. Den andra oordnade regionen innehåller en serie interna upprepningar. Det humana prekursorproteinet förutsägs vara 20,1 kDa med en isoelektrisk punkt på cirka 10. Immunblotting visade att den experimentella molekylvikten var cirka 25 kDa. Tre experimentella fosforyleringsställen har rapporterats vid Ser37, Ser121 och Ser180 tillsammans med bevis för ett ubiquitinationsställe vid Lys146. En konserverad nukleär lokaliseringssignal vid aminosyrapositionerna 79 – 83 (KKKK) bekräftades av immunfluorescensexperiment med användning av anti-C5orf24- antikroppar som visar lokalisering till nukleoplasman . Affinitetskromatografi och anti-tag koimmunoprecipitationsexperiment visade att C5orf24 sannolikt interagerar med flera andra proteiner inklusive STK11 , CAB39 , LYK5 , PKNOX1 och PBX1 .
Evolutionshistoria
Ortologer
C5orf24-proteinet finns inte i växter eller svampar men ortologer har hittats i däggdjur, fåglar, reptiler, amfibier, såväl som benfiskar ( Osteichthyes ) och broskfiskar ( Chondrichthyes ). Det finns bevis för en ortolog domän hos käklösa fiskar ( Agnatha ) och ryggradslösa djur . Jämförelse av m-värden (korrigerad avvikelsehastighet) mellan C5orf24 ( NP_001129058.1 ), Cytokrom c (NP_061820.1 ) som har en långsam utvecklingshastighet och fibrinogen alfa ( NP_000499.1 ) som har visat denna snabba utvecklingshastighet protein utvecklades i ganska långsam takt, särskilt när fisksekvenser utesluts.
| C5orf24 | Vetenskapligt namn | Vanligt namn | Taxonomisk grupp | Mediandatum för avvikelse (MYA) | Tillträdesnummer | Sekvenslängd (aa) | Frågeomslag | Sekvensidentitet |
| Däggdjur | Homo sapiens | Mänsklig | primater | 0 | NP_001129058.1 | 188 | 100 % | 100 % |
| Cavia porcellus | Marsvin | Rodentia | 89 | XP_005005246.1 | 188 | 100 % | 98,4 % | |
| Ursus maritimus | Isbjörn | Carnivora | 94 | XP_008689817.1 | 188 | 100 % | 97,9 % | |
| Trichechus manatus latirostris | Florida Manatee | Sirenia | 102 | XP_004384765.1 | 188 | 100 % | 95,7 % | |
| Ornithorhynchus anatinus | Platypus | Monotremata | 180 | XP_007669207.1 | 188 | 100 % | 82,4 % | |
| Fåglar | Calypte anna | Annas kolibri | Apodiformes | 318 | XP_030314921.1 | 188 | 100 % | 86,2 % |
| Strigops habroptila | Kākāpō | Psittaciformes | 318 | XP_030360294.1 | 188 | 100 % | 85,1 % | |
| Reptiler | Pelodiscus sinensis | Kinesisk softshellsköldpadda | Testudiner | 318 | XP_006116108.1 | 188 | 100 % | 85,1 % |
| Python bivittatus | Burmesisk python | Squamata | 318 | XP_007421938.1 | 188 | 100 % | 78,7 % | |
| Amfibier | Rhinatrema bivittatum | Tvåfodrad Caecilian | Gymnophiona | 352 | XP_029439506.1 | 188 | 100 % | 75,5 % |
| Xenopus tropicalis | Tropisk klogroda | Anura | 352 | NP_001072358.1 | 186 | 100 % | 70,7 % | |
| Fiskar | Esox Lucius | Northern Pike | Osteichtyes | 433 | XP_019903474.2 | 204 | 100 % | 56,5 % |
| Scyliorhinus canicular | Småfläckig katthaj | Chondrichthyes | 465 | XP_038651786.1 | 193 | 96 % | 53,8 % |
Paraloger
C5orf24 - genen har inga paraloger .
Bevarande
Flera sekvensanpassningar avslöjade att C5orf24-proteinet har varit mycket konserverat och troligen sitt ursprung i broskfiskar för nästan 465 miljoner år sedan. En serie interna upprepningar i den andra oordnade regionen identifierades dessutom i proteiner som finns i käklösa fiskar och ryggradslösa djur, vilket tyder på att en ortolog domän började ännu längre tillbaka i evolutionens historia.
Klinisk signifikans
Uttryck
C5orf24 uttrycks allestädes närvarande med begränsad vävnadsvariabilitet . Mikroarray -bedömda vävnadsuttrycksmönster visar C5orf24 -nivåer som minskar i pro- inflammatoriska miljöer som hos patienter med tibial muskeldystrofi och barn med fetma .
Genotyp-fenotyp korrelationer
Även om denna gen ännu inte har förståtts väl av forskarvärlden, har vissa genotyp - fenotypkorrelationer fastställts, inklusive uppreglering av C5orf24 hos individer med PTSD och nedreglering hos de med förbättrade symtom, en linjär korrelation mellan metyleringsnivåer av C5orf24 GC-ställen till negativa effektpoäng hos drogmissbrukare , såväl som GWAS- studier som visar att SNPs i C5orf24 är associerade med Parkinsons sjukdom i den kinesiska Han-populationen och Crohns sjukdom .