Bioinformatisk skördare

Bioinformatisk skördare
Utvecklare	Urban Liebel, Björn Kindler
Stabil frisättning	4 / 24 maj 2011 ; för 11 år sedan
Operativ system	Webbaserat
Typ	Bioinformatikverktyg
Hemsida	harvester .kit .edu [ permanent död länk ]

Bioinformatic Harvester var en bioinformatisk meta- sökmotor skapad av European Molecular Biology Laboratory och sedan värd och vidareutvecklad av KIT Karlsruhe Institute of Technology för gener och proteinrelaterad information. Harvester fungerar för närvarande för information baserad på människor , mus , råtta , zebrafisk , drosophila och arabidopsis thaliana . Harvester korslänkar >50 populära bioinformatiska resurser och tillåter korssökningar. Harvester serverar tiotusentals sidor varje dag till forskare och läkare. Sedan 2014 är tjänsten nere.

Hur Harvester fungerar

Harvester samlar in information från protein- och gendatabaser tillsammans med information från så kallade "prediktionsservrar". Förutsägelseserver tillhandahåller t.ex. onlinesekvensanalys för ett enda protein. Harvesters sökindex är baserat på IPI- och UniProt- proteininformationsinsamlingen. Samlingarna består av:

~72.000 människor, ~57.000 mus, ~41.000 råtta, ~51.000 zebrafiskar, ~35.000 arabidopsis-proteinsidor, som tvärbinder ~50 stora bioinformatiska resurser.

Harvester tvärbinder flera typer av information

Textbaserad information

Från följande databaser:

UniProt , en av de största proteindatabaserna
SOURCE, praktisk översikt av geninformation
Simple Modular Architecture Research Tool (SMART)
SOSUI , förutsäger transmembrandomäner
PSORT , förutsäger proteinlokalisering
HomoloGene , jämför proteiner från olika arter
gfp-cdna , proteinlokalisering med fluorescensmikroskopi
Internationellt proteinindex (IPI)

Databaser rika på grafiska element

Dessa databaser samlas inte in, utan är tvärlänkade och visas via iframes . En iframe är ett fönster på en HTML- sida för en inbäddad vy av och interaktiv åtkomst till den länkade databasen. Flera sådana iframes kombineras på en enda Harvester-proteinsida. Detta möjliggör samtidig bekväm jämförelse av information från flera databaser.

NCBI- BLAST , en algoritm för att jämföra biologiska sekvenser från NCBI
Ensembl , automatisk genanteckning av EMBL- EBI och Sanger Institute
FlyBase är en databas över modellorganismen Drosophila melanogaster
GoPubMed är en kunskapsbaserad sökmotor för biomedicinska texter
iHOP , information hyperlänkad över proteiner via gen/proteinsynonymer
Mendelian Inheritance in Man -projektet katalogiserar alla kända sjukdomar
RZPD , tyska resurser Centrum för genomforskning i Berlin/Heidelberg
STRING , sökverktyg för hämtning av interagerande gener/proteiner, utvecklat av EMBL , SIB och UZH
Zebrafisk informationsnätverk
LOCATE subcellulär lokaliseringsdatabas (mus)

Åtkomst från extern applikation

Genom webbläsare , arbetsutkast till sammansättningar för genom UCSC
Google Scholar
Mitocheck
PolyMeta, metasökmotor för Google, Yahoo, MSN, Ask, Exalead, AllTheWeb, GigaBlast

Vad man kan hitta

Harvester tillåter en kombination av olika söktermer och enstaka ord.

Sökexempel:

Gennamn: "golga3"
Gen-alias: "ADAP-S ADAS ADHAPS ADPS" (ett gennamn räcker)
Gene-Ontologies: "Enzymkopplad receptorproteinsignalväg"
Unigene -Kluster: "Hs.449360"
Go-kommentar: "intra-Golgi transport"
Molekylär funktion: "proteinkinasbindning"
Protein: "Q9NPD3"
Proteindomän: "SH2 sar"
Proteinlokalisering: "endoplasmatiskt retikulum"
Kromosom: "2q31"
Sjukdomsrelevant: använd ordet "sjukdomslänk"
Kombinationer: "golgi diseaselink" (hittar alla golgiproteiner associerade med en sjukdom)
mRNA : "AL136897"
Ord: "cancer"
Kommentar: "högt uttryckt i hjärtat"
Författare: "Merkel, Schmidt"
Publikation eller projekt: " cDNA- sekvenseringsprojekt"

Se även

Litteratur

Liebel U, Kindler B, Pepperkok R (augusti 2004). " "Harvester": en snabb metasökmotor för mänskliga proteinresurser" . Bioinformatik . 20 (12): 1962–3. doi : 10.1093/bioinformatics/bth146 . PMID 14988114 .
Liebel U, Kindler B, Pepperkok R (2005). "Bioinformatisk "Harvester": en sökmotor för genomomfattande proteinresurser för människor, mus och råttor". Meth. Enzymol . Metoder inom enzymologi. 404 : 19–26. doi : 10.1016/S0076-6879(05)04003-6 . ISBN 9780121828097 . PMID 16413254 .

Anteckningar och referenser

externa länkar

Officiell webbplats ^{[ permanent död länk ]} Bioinformatic Harvester V vid KIT Karlsruhe Institute of Technology
"Harvester42 på KIT - integrerar 50 allmänna sökmotorer" . Arkiverad från originalet 2013-01-06 . Hämtad 2013-01-06 .