Information hyperlänkad över proteiner
Information Hyperlinked over Proteins (eller iHOP ) är en textutvinningstjänst online som tillhandahåller ett genstyrt nätverk för åtkomst till PubMed - abstrakt. Tjänsten etablerades av Robert Hoffmann och Alfonso Valencia 2004.
Konceptet bakom iHOP är att genom att använda gener och proteiner som hyperlänkar mellan meningar och sammanfattningar kan informationen i PubMed omvandlas till en navigerbar resurs. Att navigera över sammanhängande meningar inom detta nätverk snarare än att använda konventionella nyckelordssökningar möjliggör stegvis och kontrollerad inhämtning av information. Dessutom kan detta litteraturnätverk läggas över experimentella interaktionsdata för att underlätta den samtidiga analysen av ny och befintlig kunskap. Från och med september 2014 innehåller nätverket som presenteras i iHOP 28,4 miljoner meningar och 110 000 gener från över 2 700 organismer, inklusive modellorganismerna Homo sapiens , Mus musculus , Drosophila melanogaster , Caenorhabditis elegans , Danio regresshio , Schareeciasichia , Schario , Schario , Schario , Schario . coli .
iHOP-systemet har visat att genom att navigera från gen till gen kan avlägsna medicinska och biologiska koncept kopplas samman med endast ett litet antal gener; den kortaste vägen mellan två gener har visat sig involvera i genomsnitt fyra mellanliggande gener.
iHOP-systemarkitekturen består av två separata delar: 'iHOP-fabriken' och webbapplikationen. iHOP-fabriken hanterar PubMed-källdata (text- och gendata) och organiserar den i en PostgreSQL- relationsdatabas. iHOP-fabriken producerar också relevant XML- utdata för visning av webbapplikationen.
iHOP är gratis att använda och licensieras under en Creative Commons BY-ND-licens .