HomoloGene

HomoloGene , ett verktyg från United States National Center for Biotechnology Information (NCBI), är ett system för automatiserad detektion av homologer (likhet hänförlig till härkomst från en gemensam förfader) bland de kommenterade generna i flera fullständigt sekvenserade eukaryota genom.

HomoloGene-bearbetningen består av proteinanalysen från ingående organismer. Sekvenser jämförs med blastp, matchas sedan och sätts i grupper, med hjälp av ett taxonomiskt träd byggt från sekvenslikhet, där närmare besläktade organismer matchas först, och sedan läggs ytterligare organismer till trädet. Proteininriktningarna mappas tillbaka till deras motsvarande DNA-sekvenser, och sedan kan avståndsmått som molekylära avstånd Jukes och Cantor (1969) , Ka/Ks-förhållande beräknas.

Sekvenserna matchas genom att använda en heuristisk algoritm för att maximera poängen globalt, snarare än lokalt, i en tvådelad matchning (se fullständig tvådelad graf ). Och sedan räknar den ut den statistiska signifikansen för varje match. Cutoffs görs per position och Ks-värden ställs in för att förhindra att falska " ortologer" grupperas ihop. "Paraloger" identifieras genom att hitta sekvenser som är närmare inom arter än andra arter.

Denna resurs upphörde att göra uppdateringar 2014.