Alphatorquevirus
| Alphatorquevirus | |
|---|---|
| Virus klassificering | |
| (orankad): | Virus |
| Rike : | incertae sedis |
| Rike: | incertae sedis |
| Provins: | incertae sedis |
| Klass: | incertae sedis |
| Beställa: | incertae sedis |
| Familj: | Anelloviridae |
| Släkte: | Alphatorquevirus |
Alphatorquevirus är ett släkte av virus i familjen Anelloviridae , i grupp II i Baltimore-klassificeringen . Det omfattar många arter av viruset tidigare känt som TTV, transfusionsöverfört virus eller vridmoment tenovirus, SENV, SANBAN och andra. Släktet innehåller 26 arter.
Taxonomi
Släktet innehåller följande arter:
- Torque teno chlorocebus virus 1
- Torque teno chlorocebus virus 2
- Torque teno chlorocebus virus 3
- Torque teno chlorocebus virus 5
- Torque teno virus 1
- Torque teno virus 2
- Torque teno virus 3
- Torque teno virus 4
- Torque teno virus 5
- Torque teno virus 6
- Torque teno virus 7
- Torque teno virus 9
- Torque teno virus 10
- Torque teno virus 13
- Torque teno virus 14
- Torque teno virus 15
- Torque teno virus 17
- Torque teno virus 18
- Torque teno virus 19
- Torque teno virus 20
- Torque teno virus 21
- Torque teno virus 24
- Torque teno virus 25
- Torque teno virus 26
- Torque teno virus 29
- Torque teno virus 31
Historia
TTV, för transfusion överfört virus eller vridmoment teno-virus rapporterades första gången hos en japansk patient 1997 av forskaren T. Nishizawa. Viruset är extremt vanligt, även hos friska individer – så mycket som 100 % förekommande i vissa länder och hos cirka 10 % av blodgivarna i Storbritannien och USA. Även om det inte verkar orsaka symtom på hepatit på egen hand, finns det ofta hos patienter med leversjukdom. För det mesta tros TTV-infektion vara asymptomatisk .
Inledningsvis hittades i japanska patienter med hepatit av okänd orsak, TTV upptäcktes i olika populationer utan bevisad patologi, inklusive blodgivare. Detta nya virus upptäcktes ursprungligen 1997 med hjälp av representationsdifferensanalys (RDA) i plasma från en japansk patient (initial TT) med posttransfusionshepatit. En sekvens (N22) på 500 nukleotider (nt) karakteriserades först och utökades ytterligare till cirka 3700 nt (TA278-klon). Vid den tiden antydde sekvensanalys att TTV var relaterad till familjen Parvoviridae . I slutet av 1998 visade två oberoende studier närvaron av ytterligare en GC-rik region på cirka 120 nt, vilket ledde till upptäckten av TTV-genomets cirkulära natur (~3800 nt). Detta fynd fastställde förhållandet mellan TTV och familjen Circoviridae .
Etymologi
Till en början döptes viruset till TTV efter en patient med TT-initialer. Senare antogs namnet torque (halsband) teno (från latin tenuis - "tunn") virus eftersom det bevarade den ursprungliga förkortningen.
Viral spridning
Det stora antalet epidemiologiska studier gjorde det möjligt att tydligt peka ut den globala spridningen av viruset ( Afrika , Nord- och Sydamerika , Asien , Europa , Oceanien ) i landsbygds- och stadsbefolkningar. Trots att kopplingen mellan TTV-infektion och en given patologi inte har visats, föreslogs hypotesen om ett samband mellan virusmängd och värdens immunstatus. Dessutom, även om det först misstänks överföras endast genom blodtransfusion, föreslår den globala spridningen av viruset i populationer och dess upptäckt i olika biologiska prover (plasma, saliv, avföring, etc...) kombinerade spridningssätt, och i synnerhet sprids med salivdroppar. Sexuell överföring har också föreslagits.
Besläktade virus har hittats hos schimpanser, apor, afrikanska apor, tupaior, kycklingar, grisar, kor, får och hundar.
Vertikal överföring har rapporterats hos grisar.
Genom
TTV:s genom är ett cirkulärt, enkelsträngat DNA -stycke med negativ känsla , cirka 3,8 kb långt; det är ett virus utan hölje med ett virion på cirka 40 nm i diameter. Även om den har viss likhet med medlemmar av gruppen Circoviridae , saknar den sekvenshomologi med några kända virus. Den klassificeras under familjen Anelloviridae .
Dess genom innehåller 2 stora öppna läsramar , som kodar för 770 och 202 aminosyror , såväl som flera mindre ORF. Den genomiska regionen -154/-76 innehåller en kritisk promotor.
Isolat har klassificerats i fem huvudklader numrerade 1 till 5. TTV genogrupp 3 inkluderar också de 8 virusstammarna som kallas SENV-A till H.
Klinisk
Dessa virus tros för närvarande inte orsaka sjukdom hos människor. Infektion med dessa virus tenderar att leda till livslång viremi och deras eventuella samband med sjukdom är fortfarande under utredning. Högre virusmängder än vanligt har associerats med allvarliga idiopatiska inflammatoriska myopatier, cancer och lupus.
Undersökning av fekala prover hos 135 brasilianare med gastroenterit visade tecken på viruset hos 121 (91%). Förekomsten av flera genotyper var vanlig.
Närvaron av detta virus vid akut lungskada och exacerbationer av idiopatisk lungfibros har rapporterats.
Ökad virusmängd i fall av medfödda mannosbindande lektinbrister har rapporterats.
Ett möjligt fall av aplastisk anemi med hepatit har rapporterats.
Ett fall av hepatit efter transplantation har rapporterats.
Ett samband med huvud/halscancer har föreslagits.
TTV-virusmängd har visats öka hos patienter med immunsuppression. Ökade nivåer av TTV har observerats, till exempel vid sepsis .
Eftersom TTV är allestädes närvarande och viral replikation korrelerar med immunstatus, har TTV studerats som en lovande markör för att bedöma global funktionell immunkompetens hos transplanterade mottagare.
Replikering
Inte mycket är känt om TTV:s replikering, men baserat på cirkovirala djurstudier verkar en dubbelsträngsreplikationsstruktur vara nödvändig. Vissa studier har beskrivit närvaron av dubbelsträngat TTV-DNA i olika vävnader och organ, vilket tyder på en aktiv replikation i dessa lokaliseringar. Dessa fynd minimerar också den hypotetiska implikationen av TTV vid leversjukdomar. Inga andra data finns för närvarande tillgängliga för TLMV (TTV-liknande minivirus – den stam som infekterar människor).
externa länkar
- ICTV Virus Taxonomy 2009 [1]
- UniProt Taxonomy [2]
- Anellovirus vid US National Library of Medicine Medical Subject Headings (MeSH)
- ICTVdb
- ViralZone : Alphatorquevirus