Alcanivorax pacificus
| Alcanivorax pacificus | |
|---|---|
| Vetenskaplig klassificering | |
| Domän: | Bakterie |
| Provins: | Pseudomonadota |
| Klass: | Gammaproteobakterier |
| Beställa: | Oceanospirillales |
| Familj: | Alcanivoracaceae |
| Släkte: | Alcanivorax |
| Arter: |
A. pacificus
|
| Binomialt namn | |
|
Alcanivorax pacificus Lai et al. 2011
|
|
Alcanivorax pacificus är en pyrennedbrytande marin gammaproteobacterium . Det är av släktet Alcanivorax , en grupp marina bakterier kända för att bryta ned kolväten . När det ursprungligen föreslogs bestod släktet Alcanivorax av sex urskiljbara arter. Men A. pacificus , en sjunde stam, isolerades från djuphavssediment i västra Stilla havet av Shanghai Majorbio Bio-pharm Technology Co., Ltd. 2011. A. pacificus förmåga att bryta ned kolväten kan användas för att sanera olja -förorenade hav genom biosanering . De genomiska skillnaderna som finns i denna stam av Alcanivorax som skiljer den från det ursprungliga konsortiet är viktiga att förstå för att bättre kunna utnyttja denna bakterie för bioremediering.
Egenskaper
A. pacificus är en icke-rörlig , gramnegativ bacill . Det är oxidas- och katalas -positivt. Den bildar ljusgrå kolonier som är mellan 1 och 2 millimeter i diameter när den odlas på 216L marint agarmedium som innehåller havsvatten, natriumacetat , trypton , jästextrakt , ammoniumnitrat och natriumcitrat . A. pacificus är mesofil och måttligt halofil , växer bäst i en miljö mellan 10-42 grader Celsius som innehåller 0,5-12% NaCl .
Genom
Shanghai Majorbio Bio-pharm Technology Co., Ltd. sekvenserade totalt 5 855 964 parade ändar av A. pacificus med hjälp av Solexa parade sekvenseringsteknologi. Den erhållna typen av stam av A. pacificus är W11-5 T (=MCCC 1A00474 T =CCTCC AB 208236 T =LMG 25514 T ). GC -halten för stam W11-5 T är 62,62 %. Stammen W11-5 T är gjord av 42 kontiger ( N 90 = 19) på 4 137 438 bp.
Resultat från automatisk genannotering, som slutfördes av NCBI Prokaryotic Genomes Automatic Annotation Pipeline (PGAAP), avslöjade att genomet av stam W11-5 T innehåller 3 762 kandidatproteinkodande gener. Av dessa gener tilldelades 2 870 proteiner till ortologa grupper. Dessutom identifierades 41 tRNA-gener för 19 aminosyror och en 16S-23S-5S rRNA- operon .
Särskilt stor uppmärksamhet ägnades åt gener som potentiellt kodade för alkannedbrytning. Man fann gener som kodade för fyra alkanmonooxygenaser med integralmembran, tre cytokrom P450-enzymer och fyra gener som kodar för monooxygenaser från flavinbindande familj. Dessa monooxygenaser är särskilt viktiga, eftersom de står för långkedjig n -alkanhydroxylering.
Mångfald
A. Pacificus är nära besläktad med andra stammar i släktet Alcanivorax . Den delar 16S rRNA -gensekvenslikheter på 93,9, 93,1, 93,1, 93,0, 93,0 och 92,9% med närliggande stammar A. dieselolei B -5 T , A. balearicus MACL04 T , A. hongdengensis A-11-3vensis A - 11-3 ISO4 T , A. borkumensis SK2 T respektive A. jadensis T9 T. Men eftersom gensekvensen för A. Pacificus avviker mer än 3 % från alla andra stammar, är den tillräckligt annorlunda för att representera en ny bakteriestam. En del av denna skillnad härrör från ett 549 nukleotiders fragment av alkanhydroxylasgenen alkB , som amplifierades från strängen W11-5 T. Genen alkB är ett protein som produceras av A. pacificus och andra stammar i släktet Alcanivorax som reverserar skadan av alkylering , processen genom vilken en alkan som saknar ett väte överförs från en molekyl till en annan. Aminosyrasekvenserna som härleds från detta fragment visar att det inte finns en tydlig gruppering mellan arterna av Alcanivorax , eftersom vissa stammar inom detta släkte innehåller flera alkB-sekvenser, vilket placerar dem på olika grenar av det fylogenetiska trädet .
Vidare läsning
- Stackebrandt E, Dworkin M, Falkow S, Rosenberg E, Schleifer K (2006). Prokaryoterna: en handbok om bakteriers biologi (3:e upplagan). Berlin: Springer. ISBN 978-0-387-25496-8 .