APOBEC3F

APOBEC3F
Tillgängliga strukturer PDB Human UniProt-sökning: Lista över PDB-id-koder
Identifierare
	, A3F, ARP8, BK150C2.4.MRNA, KA6, apolipoprotein B mRNA-redigerande enzym katalytisk subenhet 3F
Externa IDs
Genplacering ( Human ) Chr. Band Start Slutet
RNA uttrycksmönster Bgee Mänsklig Mus (ortolog) BioGPS n/a
Genontologi Molekylär funktion Cellkomponent Biologisk process Källor: Amigo / QuickGO
Ortologer Arter Mänsklig Mus Entrez Ensembl UniProt RefSeq (mRNA) RefSeq (protein) Plats (UCSC) PubMed -sökning
Wikidata
Visa/redigera människa

DNA dC->dU-redigerande enzym APOBEC-3F är ett protein som hos människor kodas av APOBEC3F - genen .

Denna gen är en medlem av cytidindeaminasgenfamiljen . Det är en av sju relaterade gener eller pseudogener som finns i ett kluster , som tros vara ett resultat av genduplicering, på kromosom 22 . Medlemmar av klustret kodar för proteiner som är strukturellt och funktionellt relaterade till det C till U RNA -redigerande cytidindeaminaset APOBEC1 . Man tror att proteinerna kan vara RNA-redigerande enzymer och ha roller i tillväxt eller cellcykelkontroll. Alternativt splitsade transkriptvarianter som kodar för olika isoformer har identifierats.

Human APOBEC3F är en annan värdfaktor som blockerar replikation av humant immunbristvirus typ 1. Zheng YH, Irwin D, Kurosu T, Tokunaga K, Sata T, Peterlin BM. J Virol. 2004 Jun;78(11):6073-6. doi: 10.1128/JVI.78.11.6073-6076.2004.

externa länkar

• Mänskligt APOBEC3F- genomplacering och APOBEC3F- geninformationssida i UCSC Genome Browser .

Vidare läsning

•   Wedekind JE, Dance GS, Sowden MP, Smith HC (2003). "Messenger RNA-redigering hos däggdjur: nya medlemmar i APOBEC-familjen som söker roller i familjeföretaget". Trender Genet . 19 (4): 207–16. doi : 10.1016/S0168-9525(03)00054-4 . PMID 12683974 .
•   Franca R, Spadari S, Maga G (2006). "APOBEC-deaminaser som cellulära antivirala faktorer: en ny naturlig värdförsvarsmekanism". Med. Sci. Monit . 12 (5): RA92–8. PMID 16641889 .
•    Prashar Y, Weissman SM (1996). "Analys av differentiell genuttryck genom visning av 3'-änds restriktionsfragment av cDNA" . Proc. Natl. Acad. Sci. USA . 93 (2): 659–63. Bibcode : 1996PNAS...93..659P . doi : 10.1073/pnas.93.2.659 . PMC 40108 . PMID 8570611 .
•   Bonaldo MF, Lennon G, Soares MB (1997). "Normalisering och subtraktion: två metoder för att underlätta genupptäckt" . Genome Res . 6 (9): 791–806. doi : 10.1101/gr.6.9.791 . PMID 8889548 .
•   Dunham I, Shimizu N, Roe BA, et al. (1999). "DNA-sekvensen av human kromosom 22" . Naturen . 402 (6761): 489–95. Bibcode : 1999Natur.402..489D . doi : 10.1038/990031 . PMID 10591208 .
•    Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH, et al. (2003). "Generering och initial analys av mer än 15 000 fullängds human- och mus-cDNA-sekvenser" . Proc. Natl. Acad. Sci. USA . 99 (26): 16899–903. Bibcode : 2002PNAS...9916899M . doi : 10.1073/pnas.242603899 . PMC 139241 . PMID 12477932 .
•    Zheng YH, Irwin D, Kurosu T, et al. (2004). av humant immunbristvirus typ 1." J. Virol . 78 (11): 6073–6. doi : 10.1128/JVI.78.11.6073-6076.2004 . PMC 415831 . PMID 15141007 .
•    Wiegand HL, Doehle BP, Bogerd HP, Cullen BR (2004). "En andra human antiretroviral faktor, APOBEC3F, undertrycks av HIV-1 och HIV-2 Vif-proteinerna. " EMBO J . 23 (12): 2451–8. doi : 10.1038/sj.emboj.7600246 . PMC 423288 . PMID 15152192 .
•   Liddament MT, Brown WL, Schumacher AJ, Harris RS (2004). "APOBEC3F-egenskaper och hypermutationspreferenser indikerar aktivitet mot HIV-1 in vivo" . Curr. Biol . 14 (15): 1385–91. doi : 10.1016/j.cub.2004.06.050 . PMID 15296757 .
•    Collins JE, Wright CL, Edwards CA, et al. (2005). "En genomannoteringsdriven metod för att klona det mänskliga ORFeome" . Genome Biol . 5 (10): R84. doi : 10.1186/gb-2004-5-10-r84 . PMC 545604 . PMID 15461802 .
•    Gerhard DS, Wagner L, Feingold EA, et al. (2004). "Status, kvalitet och expansion av NIHs fullängds cDNA-projekt: Mammalian Gene Collection (MGC)" . Genome Res . 14 (10B): 2121–7. doi : 10.1101/gr.2596504 . PMC 528928 . PMID 15489334 .
•   Haché G, Liddament MT, Harris RS (2005). "Den retrovirala hypermutationsspecificiteten för APOBEC3F och APOBEC3G styrs av den C-terminala DNA-cytosin-deaminasdomänen" . J. Biol. Chem . 280 (12): 10920–4. doi : 10.1074/jbc.M500382200 . PMID 15647250 .
•    Kimura K, Wakamatsu A, Suzuki Y, et al. (2006). "Diversifiering av transkriptionsmodulering: storskalig identifiering och karakterisering av förmodade alternativa promotorer av mänskliga gener" . Genome Res . 16 (1): 55–65. doi : 10.1101/gr.4039406 . PMC 1356129 . PMID 16344560 .
•   Zennou V, Bieniasz PD (2006). "Jämförande analys av den antiretrovirala aktiviteten av APOBEC3G och APOBEC3F från primater" . Virologi . 349 (1): 31–40. doi : 10.1016/j.virol.2005.12.035 . PMID 16460778 .
•    Tian C, Yu X, Zhang W, et al. (2006). "Skillnadskrav för konserverade tryptofaner i humant immunbristvirus typ 1 Vif för selektiv suppression av APOBEC3G och APOBEC3F" . J. Virol . 80 (6): 3112–5. doi : 10.1128/JVI.80.6.3112-3115.2006 . PMC 1395459 . PMID 16501124 .
•   Stenglein MD, Harris RS (2006). "APOBEC3B och APOBEC3F hämmar L1-retrotransposition genom en DNA-deamineringsoberoende mekanism" . J. Biol. Chem . 281 (25): 16837–41. doi : 10.1074/jbc.M602367200 . PMID 16648136 .
•    Wichroski MJ, Robb GB, Rana TM (2006). "Humana retrovirala värdrestriktionsfaktorer APOBEC3G och APOBEC3F lokaliseras till mRNA-bearbetningskroppar" . PLOS Pathog . 2 (5): e41. doi : 10.1371/journal.ppat.0020041 . PMC 1458959 . PMID 16699599 .