YIF1A

YIF1A
Identifiers
	, 54TM, FinGER7, YIF1, YIF1P, Yip1 interagering factor homolog A, membran trafficking protein
Externa IDs
Genplacering ( Human ) Chr. Band Start Slutet
Genplacering ( Mus ) Chr. Band Start Slutet
RNA uttrycksmönster Bgee Mänsklig Mus (ortolog) BioGPS
Genontologi Molekylär funktion Cellkomponent Biologisk process Källor: Amigo / QuickGO
Ortologer Arter Mänsklig Mus Entrez Ensembl UniProt RefSeq (mRNA) RefSeq (protein) Plats (UCSC) PubMed -sökning
Wikidata
Visa/redigera människa Visa/redigera mus

Protein YIF1A är en Yip1-domänfamilj proteiner som hos människor kodas av YIF1A -genen .

Gen

YIF1A (Yip1 interagerande faktor homolog A) är också känd som YIF1, YIF1P, FinGER7 och 54TM. Den har 4 591 baspar med 8 exoner, och den är belägen på minussträngen av kromosom 11, vid 11q13.2, hos människor.

Initiativtagare

Det finns fyra förutsagda promotorer för YIIF1A. Den förutsagda promotorregionen med högsta konfidens är GXP_50494 och har 1252 baspar långa; den sträcker sig förbi den första exonen av YIF1A. Denna promotor är belägen på minussträngen av kromosom 11.

Transkriptionsfaktorer

Promotorn för YIF1A-transkriptvariant 1 innehåller många transkriptionsfaktorbindningsställen. Transkriptionsfaktorer som förutsägs binda till promotorregionen inkluderar följande.

• Akut myeloid leukemi 1 protein, RUNX1 (runt-relaterad transkriptionsfaktor 1)
• Zinkfingerprotein 263, ZKSCAN12 (zinkfingerprotein med KRAB- och SCAN-domän 12)
• E2F-transkriptionsfaktor 1
• EGR1, tidig tillväxtrespons 1
• GATA-bindande faktor 1
• Transkriptionsfaktor CP2-liknande 1 (LBP-9)
• X-box-bindande protein RFX1
• Östrogensvarselement (ER alfa), IR3-ställen
• Laktotransferrin och deltalaktoferrin, tillväxthämmande protein 12
• TGFB-inducerbart tidig tillväxtsvarsprotein 1 (KLF10)

Uttryck

Uttrycket av YIF1A är högst i tolvfingertarmen och levern . Det uttrycks också vid måttliga nivåer i vävnader inklusive tjocktarmen, äggstocken, bukspottkörteln, mjälten och matstrupen, och uttrycks vid lägre nivåer i en mängd andra vävnader. NCBI GeoProfile-data tillhandahåller vävnadsuttrycksgrafen för YIF1A hos människor; det indikerar också att YIF1A uttrycks vid måttligt till måttligt lågt i alla andra vävnader.

mRNA

Schematisk illustration av YIF1A, med domäner och modifieringar efter översättning.

YIF1A har isoformerna 1 och 2, med exonerna 8 respektive 7. De två transkripten genomgår alternerande splitsning och översätts till proteiner med 293 respektive 241 aminosyror.

RNA-bindande proteiner

Den 5'-otranslaterade regionen har förutsagda ställen för bindning av RBXM, EIF4B och FUS . Den 3'-otranslaterade regionen har förutsagda ställen för bindning av ELAVL1 , som är AU-rika element och reglerar mRNA-stabilitet.

Protein

Den längsta proteinisoformen av YIF1A är 293 aminosyror lång. Den har en observerad molekylvikt på ungefär 32,0 kDa med en förutspådd isoelektrisk punkt på ungefär 8,98.

Sammansättning

YIF1 är ett mycket normalt protein när det gäller mängden aminosyra det innehåller. Sammansättningen av varje aminosyrarest liknar dess genomsnittliga relativa sammansättning bland humana proteiner. Det finns inga laddningskluster, körningar eller mönster. Det finns en repetitiv struktur för protein YIF1A vid [201-204 och 288-291] TFHL.

Domän och motiv

YIF1A har en konserverad domän, pfam03878 (AA 57 →287). Inom domänen finns det 5 transmembrana domäner, 3 icke-cytosoliska domäner och 3 cytosoliska domäner. Det har antagits att det finns en möjlig roll i transporten mellan det endoplasmatiska retikulumet och Golgi .

Strukturera

YIF1A-proteinstruktur genererad av I-Tasser och visualiserad med iCn3D. Transmembrandomäner är röda, icke-cytosoliska domäner är gula och cytosoliska domäner är djupt rosa.

Strukturen för YIF1A består av cirka 59% alfa-helixar, med TM-helix och oordnade regioner som utgör resten av strukturen; ingen beta-sträng förutspåddes.

Lokalisering

YIF1A:s förutsagda läge är i det endoplasmatiska retikulum, med intracellulär N-terminal och en extracellulär C-terminal.

Post-translationella modifieringar

YIF1A genomgår metioninklyvning och N-terminal acetylering , vilket är en av de vanligaste posttranslationsmodifieringarna av eukaryota proteiner. Det fosforylerade också av ospecificerade kinaser på flera ställen. Tre glykationsställen förutsägs i lysinrester (lys 104, 161 och 211). YIF1A genomgår O-ß-GlcNAc-modifiering på 5 platser, varav 1 är Yin-Yang-ställen.

Interagerande protein

Baserat på fluorescensmikroskopi , validerad tvåhybrid- och anti-tagg-samimmunoutfällning, är det protein som är mest sannolikt att interagera med YIF1A GPR37 , SEC23IP, REEP2 och YIPF5 . Studier tyder på att interaktion mellan VAPB och YIF1A styr membranleverans till dendriter. Det deltar också i ER unfolded protein response (UPR) genom att inducera ERN1/IRE1. Dessutom interagerar YIF1A-proteinet med M-proteinet i SARS-Cov-2 .

Konceptuell översättning av Hsa_YIF1A transkriptvariant 1, mRNA (NM 020470)

Homologi

YIF1A har en enda Paralog som kallas YIF1B, som finns på human kromosom 19. YIF1A har 238 identifierade ortologer . Orthologen innehåller ryggradsdjur som däggdjur, amfibier och reptiler . Den har också ryggradslösa arter som Insecta, Anthozoa och Ascidiacea . Ingen ortolog hittades i protister, bakterier eller arkéer.

Följande tabell ger ett exempel på ortologen för YIF1A.

Släkt och art	Tillträdesnummer	Datum för avvikelse (MYA)	Sekvenslängd (AA)	Sekvensidentitet
Homo sapiens (människa)	NP_065203	0	293	100
Aotus nancymaae (Mas nattapa)	XP_012318344	43	317	94
Mus musculus (mus)	NP_080829	90	293	93
Sus scrofa (vildsvin)	XP_013849519	96	311	92
Delphinapterus leucas (vitval)	XP_022447094	96	306	91
Phascolarctos cinereus (Koala)	XP_020823757	159	293	88
Ornithorhynchus anatinus (Platypus)	XP_028915982	177	293	88
Chelonia mydas (grön sköldpadda)	XP_007056281	312	240	78
Chrysemys picta bellii (målad sköldpadda)	XP_005305497	312	293	73
Microcaecilia unicolor (Amph.)	XP_029470520	352	306	72
Rhinatrema bivittatum (tvåradig caecilian)	XP_029470520	352	307	71
Latimeria chalumnae (Gombessa)	XP_014345204	413	296	71
Salmo trutta (Brun trout)	XP_029585843	435	309	70
Echeneis naucrates (levande hajsugare)	XP_029368074	435	308	66
Danio rerio (zebrafisk)	NP_956225	435	307	65
Maylandia zebra ( zebra mbuna)	XP_004545672	435	308	63
Saccharomyces cerevisiae S288C ( bagerijäst )	NP_014136	1017	314	33
Physcomitrium patens (mossa)	XP_024362517	1275	282	30

Vidare läsning

•   Maruyama K, Sugano S (januari 1994). "Oligo-capping: en enkel metod för att ersätta lockstrukturen för eukaryota mRNA med oligoribonukleotider". Gene . 138 (1–2): 171–4. doi : 10.1016/0378-1119(94)90802-8 . PMID 8125298 .
•   Suzuki Y, Yoshitomo-Nakagawa K, Maruyama K, Suyama A, Sugano S (oktober 1997). "Konstruktion och karakterisering av ett fullängdsanrikat och ett 5'-ändsanrikat cDNA-bibliotek". Gene . 200 (1–2): 149–56. doi : 10.1016/S0378-1119(97)00411-3 . PMID 9373149 .
•   Gisler SM, Stagljar I, Traebert M, Bacic D, Biber J, Murer H (mars 2001). "Interaktion av typ IIa Na/Pi-samtransportör med PDZ-proteiner" . Journal of Biological Chemistry . 276 (12): 9206–13. doi : 10.1074/jbc.M008745200 . PMID 11099500 .
•    Calero M, Winand NJ, Collins RN (mars 2002). "Identifiering av de nya proteinerna Yip4p och Yip5p som Rab GTPase-interagerande faktorer" . FEBS Bokstäver . 515 (1–3): 89–98. doi : 10.1016/S0014-5793(02)02442-0 . PMID 11943201 . S2CID 34319925 .
•   Breuza L, Halbeisen R, Jenö P, Otte S, Barlowe C, Hong W, Hauri HP (november 2004). "Proteomics av ​​endoplasmatisk reticulum-Golgi intermediate compartment (ERGIC) membran från brefeldin A-behandlade HepG2-celler identifierar ERGIC-32, ett nytt cykliskt protein som interagerar med humant Erv46" . Journal of Biological Chemistry . 279 (45): 47242–53. doi : 10.1074/jbc.M406644200 . PMID 15308636 .
•   Jin C, Zhang Y, Zhu H, Ahmed K, Fu C, Yao X (augusti 2005). "Human Yip1A specificerar lokaliseringen av Yif1 till Golgi-apparaten". Biokemisk och biofysisk forskningskommunikation . 334 (1): 16–22. doi : 10.1016/j.bbrc.2005.06.051 . PMID 15990086 .