Xenbase
 | |
| Innehåll | |
|---|---|
| Beskrivning | Xenbase: The Xenopus Model Organism Knowledgebase. |
|
Datatyper infångade |
Fenotyper, Sjukdomar, Litteratur, Nukleotidsekvens, RNA-sekvens, Proteinsekvens, Struktur, Genomik, Morfolinos, Metaboliska och signaleringsvägar, Mänskliga och andra ryggradsdjursgenom, Mänskliga gener och sjukdomar, Mikroarraydata och andra genuttryck, Proteomikresurser, Annan molekylärbiologi , Organell |
| Organismer | Xenopus laevis och Xenopus tropicalis |
| Kontakt | |
| Forskningscenter | Cincinnati Children's Hospital , University of Calgary |
| Laboratorium | Zorn lab , Vize lab |
| Primärt citat | PMID 29059324 |
| Utgivningsdatum | 1999 |
| Tillgång | |
| Hemsida | https://www.xenbase.org/ |
| Ladda ner URL | http://ftp.xenbase.org/pub/ |
| Verktyg | |
| Fristående | BLAST , JBrowse, GBrowse, Textpresso |
| Diverse | |
| Licens | Allmängods |
| Frekvens för datautgivning |
Kontinuerlig |
| Version | 5.x |
| Kurationspolicy | Professionellt kurerad |
|
Bokmärkbara enheter |
Ja |
Xenbase är en modellorganismdatabas (MOD) som tillhandahåller informatikresurser, såväl som genomiska och biologiska data om Xenopus -grodor. Xenbase har funnits sedan 1999 och täcker både X. laevis och X. tropicalis Xenopus sorter. Från och med 2013 körs alla dess tjänster på virtuella maskiner i en privat molnmiljö, vilket gör det till en av de första MOD:erna att göra det. Förutom att vara värd för genomikdata och verktyg, stödjer Xenbase Xenopus forskargemenskap genom profiler för forskare och laboratorier, och jobb- och evenemangsinlägg.
Xenbases mjukvaru- och hårdvaruplattform
Xenbase körs i en molnmiljö. Dess virtuella maskiner körs i en VMware vSphere- miljö på två servrar, med automatisk lastbalansering och feltolerans . Xenbase programvara använder Java , JSP , JavaScript , AJAX , XML och CSS . Den använder också IBM :s WebSphere Application Server och IBM DB2 -databasen. Samma hårdvaru- och mjukvaruplattformar stöder Echinobase .
Xenopus som modellorganism
Modellorganismen Xenopus står för stora mängder ny kunskap om embryonal utveckling och cellbiologi. Xenopus har ett antal unika experimentella fördelar som ryggradsdjursmodell. Avgörande bland dessa är robustheten hos tidiga embryon och deras mottaglighet för mikroinjektion och mikrokirurgi. Detta gör dem till ett särskilt attraktivt system för att testa den ektopiska aktiviteten hos genprodukter och experiment med förlust av funktion med användning av antagoniserande reagenser som morfolinos, dominant-negativa och neomorfa proteiner. Morpholinos är syntetiska oligonukleotider som kan användas för att hämma nukleär RNA-skarvning eller mRNA-translation och är det vanliga geninhiberingsreagenset i Xenopus eftersom varken siRNA eller miRNA ännu har visats fungera reproducerbart i grodembryon. Xenopus embryon utvecklas mycket snabbt och bildar en fullständig uppsättning av differentierade vävnader inom dagar efter befruktning, vilket möjliggör snabb analys av effekterna av att manipulera embryonalt genuttryck . Den stora storleken på embryon och mottaglighet för mikroinjektion gör dem också extremt väl lämpade för mikroarraymetoder . Dessutom gör dessa samma egenskaper Xenopus, en av de få ryggradsdjursmodellorganismer som är lämpade för kemisk screening. Xenbase tillhandahåller en stor databas med bilder som illustrerar hela genomet, filmer som beskriver embryogenes och flera onlineverktyg som är användbara för att designa och genomföra experiment med Xenopus .
Xenopus som en mänsklig sjukdomsmodell
Xenopus kan användas för att modellera mänskliga sjukdomar orsakade av vanliga gener. Xenbase stödjer detta genom att kartlägga Disease Ontology och OMIM -sjukdomar till Xenopus-gener och publikationer. Xenopus- fenotypdata , såväl som länkar till jämförbara mänskliga och mus-fenotyper och sjukdomar (via Monarch Initiative) tillhandahålls också.
Xenbase innehåll och verktyg
Xenbase tillhandahåller många verktyg som är användbara för både professionell forskning och akademiskt lärande. Markerade nedan är några av verktygen, tillsammans med en kort beskrivning. För fullständig information om tillhandahållna verktyg hänvisas användare till Xenbases publikationer. En detaljerad introduktion till att använda Xenabse kommer in.
- Fenotypstöd , inklusive Monarch Initiative (människor och mus) datalänkar
- Sjukdomar - Användare kan söka efter både Disease Ontology och OMIM -sjukdomar för att hitta relevanta Xenopus-gener och publikationer
- NGS RNA-Seq och ChIP-Seq dataintegration och visualisering från Gene Expression Omnibus (GEO) .
- RNA-Seq-tittare - Grafer över temporala uttrycksprofiler och rumsliga (anatomiska) uttrycksvärmekartor för både laevis och tropicalis
- Gene Expression - Xenbase stöder sökning och visualisering av Gene Expression Omnibus (GEO) datauppsättningar, mappade till de senaste Xenopus-genomen.
- BLAST - Användare kan BLASTA mot Xenopus-genom, RNA och proteinsekvenser
- Genomwebbläsare - Xenbase använder både JBrowse och GBrowse
- Uttryckssökning och klonsökning - Sök efter gensymbol, gennamn, anatomiobjekt, etc.
- Riktlinjer för gennomenklaturen - Xenbase är det officiella organ som ansvarar för namngivning av Xenopus-gen
- Litteratursökning: Textpresso - Använder en algoritm för att matcha din sökning med specifika kriterier eller avsnitt av en uppsats. Till exempel kan du identifiera papper som beskriver HOX-gener och begränsa dina resultat till endast papper som använde morfolinos.
- Anatomi och utveckling : Bilder, ödeskartor, videor, etc.
- Community Link - Människor, jobb, labb som studerar Xenopus
- Protokolllista - Identifiera kloner, antikroppar, procedurer
- Stock Center - Stödjer National Xenopus Resource, European Xenopus Resource Centre, etc. för att hjälpa forskare med att skaffa grodbestånd eller avancerad forskarutbildning
2012 Nobelpriset i Xenopusforskning
Nobelpriset i medicin eller fysiologi tilldelades John B. Gurdon och Shinya Yamanaka den 8 oktober 2012. för omprogrammering av kärnkraft i Xenopus.
Betydelse: Gurdons experiment utmanade dåtidens dogm som antydde att kärnan i en differentierad cell är förpliktad till deras öde (Exempel: en levercellskärna förblir en levercellskärna och kan inte återgå till ett odifferentierat tillstånd).
Specifikt visade John Gurdons experiment att en mogen eller differentierad cellkärna kan återföras till sin omogna odifferentierade form; detta är det första fallet av kloning av ett ryggradsdjur.
Experiment : Gurdon använde en teknik som kallas kärnöverföring för att ersätta den dödade kärnan i ett grodägg ( Xenopus ) med en kärna från en mogen cell (tarmepitelet). Grodyngeln som härrörde från dessa ägg överlevde inte länge (efter gastrulationsstadiet), men ytterligare omvandling av kärnorna från dessa Xenopus -ägg till en andra uppsättning Xenopus -ägg resulterade i fullt utvecklade grodyngel. Denna process (överföring av kärnor från klonade celler) kallas serietransplantation.
Xenopus Research använder Xenbase-verktyg
För att ge exempel på hur Xenbase skulle kunna användas för att underlätta akademisk forskning beskrivs två forskningsartiklar kort nedan.
- Genetiska undersökningar för mutationer som påverkar utvecklingen av X. tropicalis .
Denna artikel använder Xenbase-resurser för att skapa och karakterisera mutationer i Xenopus tropicalis . Goda et al., utförde en storskalig framåt genetik screening på X. tropicalis embryon för att identifiera nya mutationer (2006). Defekter noterades och sattes in i 10 olika kategorier enligt följande: öga, öra, neural crest/pigment, dvärg, axial, tarm, kardiovaskulär, huvud, kardiovaskulär plus motilitet och cirkulation. Ytterligare studier utfördes på whitehart-mutanten "wha" som inte har normalt cirkulerande blod. Xenopus Molecular Marker Resource-sidan användes för att designa ett mikroarrayexperiment som jämförde vildtyp (normal cirkulation) och "wha"-mutant X. tropicalis . Analys av mikroarraydata visade att 216 gener hade signifikanta förändringar i uttryck, där gener involverade i hemoglobin- och hembiosyntesen var de mest påverkade, i överensstämmelse med observationen att "wha" kan ha en roll i hematopoiesis.
- Högeffektiva TALENs möjliggör F0 funktionell analys genom riktade genavbrott i Xenopus laevis embryon.
Uppsatsen från 2013 av Suzuki et al. beskriver användningen av en relativt ny genknockdown-teknik i X. laevis . Traditionellt har antisense morfolino- oligonukleotider varit den valda metoden för att studera effekterna av övergående gennedbrytning i Xenopus .
I jämförelse med morfolinos som stör genuttrycket genom att hämma translationellt maskineri, stör TALENs genuttrycket genom att binda till DNA och introducera dubbelsträngade avbrott. Xenbase användes för att erhålla allmänt tillgängliga sekvenser för tyrosinas (tyr) och Pax6 , som behövs för TALEN-design. Nedbrytning av både Pax6 och tyr var mycket effektiv med TALENs, vilket tyder på att genavbrott med TALENs kan vara en alternativ eller bättre metod att använda i jämförelse med antisense morfolinos.