Echinobas
 | |
| Innehåll | |
|---|---|
| Beskrivning | Echinobas: Echinoderm Knowledgebase. |
|
Datatyper infångade |
Litteratur, nukleotidsekvens, RNA-sekvens, proteinsekvens, struktur, genomik, morfolinos, metabola och signalvägar, mänskliga och andra ryggradsdjurs genom, mänskliga gener och sjukdomar, mikroarraydata och andra genuttryck, proteomiska resurser, annan molekylärbiologi, organeller |
| Organismer | tagghudingar |
| Kontakt | |
| Forskningscenter | Carnegie Mellon University , University of Calgary |
| Laboratorium | Ettensohn lab , Hinman lab , Vize lab |
| Primärt citat | PMID 34791383 |
| Utgivningsdatum | 2009 |
| Tillgång | |
| Hemsida | https://www.echinobase.org/ |
| Ladda ner URL | http://ftp.echinobase.org/pub/ |
| Verktyg | |
| Fristående | BLAST , JBrowse |
| Diverse | |
| Licens | Allmängods |
| Frekvens för datautgivning |
Kontinuerlig |
| Version | 5.x |
| Kurationspolicy | Professionellt kurerad |
|
Bokmärkbara enheter |
Ja |
Echinobase är en modellorganismdatabas (MOD) . Den stöder det internationella forskarsamhället genom att tillhandahålla en centraliserad, integrerad webbaserad resurs för att få tillgång till mångsidiga och rika, funktionella genomikdata från tagghudingars evolution, utveckling och genreglerande nätverk.
Genomforskningsdata och verktyg finns tillgängliga för sökning, bläddring och bioinformatisk analys av genom, gener och transkript.
Echinobase tillhandahåller en viktig datadelningsinfrastruktur för andra NIH-finansierade projekt och förbättrar tillgängligheten och synligheten av tagghudsdata för det bredare biomedicinska forskarsamhället.
Understödda arter
Echinobase erbjuder två integrationsnivåer för stödda tagghudsarter. Nivå ett inkluderar fullständig genomintegration i databasen, inklusive gensidor, samt tillgängligheten av genomen för BLAST, surfning via JBrowse och nedladdning via FTP. Nivå två-stöd ger BLAST, JBrowse och nedladdningsalternativ, men ingen gensidaintegration.
Aktuella arter som stöds på nivå ett (i olika stadier av integration) är:
- Lila sjöborre, Strongylocentrotus purpuratus
- Fladdermusstjärna, Patiria miniata
- Grönbrokig sjöborre, Lytechinus variegatus
- Törnekrona sjöstjärna, Acanthaster planci
Nuvarande nivå två understödda arter (i olika stadier av integration) är:
- Fjäderstjärna, Anneissia japonica (en crinoid )
- Sockerstjärna, Asterias rubens
Programvara, hårdvara och plattform
Echinobase körs i en molnmiljö. Dess virtuella maskiner körs i en VMware vSphere- miljö på två servrar, med automatisk lastbalansering och feltolerans . Dess programvara använder Java , JSP , JavaScript , AJAX , XML och CSS . Den använder också IBM :s WebSphere Application Server och IBM Db2 -databasen. Echinobase utvecklas tillsammans med Xenbase .
Funktionell genomik
Echinobase är en resurs för genomikforskning som organiseras av genmodeller och representeras med hjälp av gensidor. Varje gensida har en enorm mängd genspecifik information.
Genomics - Sök- och BLAST-verktyg är tillgängliga direkt eller via gensidorna som visar genmodell HGNC-kompatibla namn, ortologi, GO-termer och länkar till BLAST, genombläddraren JBrowse och ett plottningsverktyg för genuttryck.
Flikar utöver sammanfattningen tillhandahåller genspecifik litteratur, transkript, uttrycksdata, proteinsekvenser och interaktanter.
Genomiska forskningsverktyg implementeras för att hjälpa till att surfa, söka och analysera och visualisera genomiska sekvenssammansättningar, kommentarer och funktioner. Dessutom tillhandahålls insamling, sökning och visualisering av genuttrycksdata.
- Gensökning - Sök gener efter namn, symbol eller synonym direkt från målsidan
- Riktlinjer för gennomenklaturen - Echinobase är det officiella organ som ansvarar för namngivning av tagghudingar
- Genomwebbläsare med spår för RNA-seq och ATAC-seq data - Echinobase använder JBrowse
- BLAST - Användare kan BLAST mot understödda genom, RNA och proteinsekvenser
- RNA-seq datavisualisering - plotter av temporala uttrycksprofiler och rumsliga (anatomi) uttrycksvärmekartor för S. purpuratus
- Sjukdomar - Användare kan söka efter både Disease Ontology och OMIM -sjukdomar för att hitta relevanta gener och publikationer
Echinoderm Anatomical Ontology (ECAO) använder standardiserade termer för att referera till anatomiska celltyper och strukturer och relaterar dessa till utvecklingsstadier. Många tagghudingar ingår i ontologin så att vissa termer finns i alla tagghudingar medan andra är artspecifika. ECAO innehåller tusentals anatomiska termer för celltyper, strukturer och vävnader och anatomiska system som nervsystemet eller skelettsystemet. Relationer mellan enheter definieras med hjälp av "develops_from" eller "develops_into" och "is_a" eller "part_of".
- Echinoderm Anatomical Ontology - Standardiserade anatomiska termer används för att beskriva utvecklingsstadier
Litteratur, resurser och gemenskap
Litteratur om Echinobase samlas in genom att automatiskt söka i publicerade artiklar med hjälp av tagghudingars söktermer och hämtade artiklar kureras sedan manuellt.
- Litteratursökning - Användare kan söka efter artiklar baserat på titel, författare, tidskrift, etc.
FTP-nedladdningssidan gör GFF-genomfiler tillgängliga och Gene Page Reports tillhandahåller filer för bioinformatiska analyser.
- EchinoWiki och FTP -Echinobase-resurserna tjänar till att stödja gemenskapen genom att samla in data, protokoll, reagenser och andra resurser som sedan delas med EchinoWiki.
- Reagens - Echinobase har reagenssökningsverktyg för antikroppar (Ab), morfolinos (MO) och guide-RNA (gRNA) som används i publicerade studier.
För att stödja gemenskapen och för att möjliggöra tvärvetenskapliga och samarbetsstudier är forskning, beskrivningar och kontaktinformation för communitymedlemmar, laboratorier och organisationer tillgängliga och sökbara. Nya lediga jobb publiceras också på Echinobase.
- Community Link - Människor, jobb, labb som studerar tagghudingar