UPF3A

UPF3A
Tillgängliga strukturer PDB Ortologisk sökning: Lista över PDB-id-koder
Identifierare
	, HRENT3A, UPF3, UPF3 regulator av nonsenstranskript homolog A (jäst), regulator av nonsensmedierad mRNA-sönderfall
Externa ID:n
Genplacering ( Mus ) Chr. Band Start Slutet
RNA uttrycksmönster Bgee Mänsklig Mus (ortolog) BioGPS
Genontologi Molekylär funktion Cellkomponent Biologisk process Källor: Amigo / QuickGO
Ortologer Arter Mänsklig Mus Entrez Ensembl UniProt RefSeq (mRNA) RefSeq (protein) Plats (UCSC) PubMed -sökning
Wikidata
Visa/redigera människa Visa/redigera mus

Regulator of nonsens transcripts 3A är ett protein som hos människor kodas av UPF3A -genen .

Denna gen kodar för ett protein som är en del av ett multiproteinkomplex efter splitsning involverat i både mRNA-kärnexport och mRNA-övervakning . Det kodade proteinet är en av två funktionella homologer till jäst Upf3p. mRNA-övervakning upptäcker exporterade mRNA med trunkerade öppna läsramar och initierar nonsensmedierad mRNA-nedbrytning (NMD). När translation slutar uppströms från den sista exon-exon-övergången, utlöser detta NMD att bryta ner mRNA som innehåller för tidigt stoppkodon . Detta protein binder till mRNA:t och förblir bundet efter kärnexport och fungerar som ett nukleocytoplasmatiskt skyttelprotein . Det bildar med RBM8A ett komplex som binder specifikt 20 nt uppströms exon-exon-övergångar. Denna gen är belägen på den långa armen av kromosom 13. Två splitsningsvarianter som kodar för olika isoformer har hittats för denna gen.

Interaktioner

UPF3A har visats interagera med RBM8A , UPF2 och UPF1 .

Vidare läsning

•    Yamashita A, Ohnishi T, Kashima I, et al. (2001). "Human SMG-1, ett nytt fosfatidylinositol 3-kinasrelaterat proteinkinas, associerar med komponenter i mRNA-övervakningskomplexet och är involverat i regleringen av nonsens-medierat mRNA-sönderfall" . Genes Dev . 15 (17): 2215–28. doi : 10.1101/gad.913001 . PMC 312771 . PMID 11544179 .
•    Kim VN, Kataoka N, Dreyfuss G (2001). "Roll för den nonsens-medierade sönderfallsfaktorn hUpf3 i det splitsningsberoende exon-exon-övergångskomplexet". Vetenskap . 293 (5536): 1832–6. Bibcode : 2001Sci...293.1832K . doi : 10.1126/science.1062829 . PMID 11546873 . S2CID 12018200 .
•    Lykke-Andersen J, Shu MD, Steitz JA (2001). "Kommunikation av positionen för exon-exon-övergångar till mRNA-övervakningsmaskineriet av proteinet RNPS1". Vetenskap . 293 (5536): 1836–9. Bibcode : 2001Sci...293.1836L . doi : 10.1126/science.1062786 . PMID 11546874 . S2CID 389385 .
•    Lykke-Andersen J (2003). "Identifiering av ett mänskligt decapping-komplex associerat med hUpf-proteiner i nonsensmedierat sönderfall" . Mol. Cell. Biol . 22 (23): 8114–21. doi : 10.1128/MCB.22.23.8114-8121.2002 . PMC 134073 . PMID 12417715 .
•    Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH, et al. (2003). "Generering och initial analys av mer än 15 000 fullängds human- och mus-cDNA-sekvenser" . Proc. Natl. Acad. Sci. USA . 99 (26): 16899–903. Bibcode : 2002PNAS...9916899M . doi : 10.1073/pnas.242603899 . PMC 139241 . PMID 12477932 .
•    Chiu SY, Serin G, Ohara O, Maquat LE (2003). "Karakterisering av human Smg5/7a: ett protein med likheter med Caenorhabditis elegans SMG5 och SMG7 som fungerar i defosforyleringen av Upf1" . RNA . 9 (1): 77–87. doi : 10.1261/rna.2137903 . PMC 1370372 . PMID 12554878 .
•   Lejeune F, Li X, Maquat LE (2003). "Nonsens-medierat mRNA-sönderfall i däggdjursceller involverar decapping, deadenylering och exonukleolytiska aktiviteter" . Mol. Cell . 12 (3): 675–87. doi : 10.1016/S1097-2765(03)00349-6 . PMID 14527413 .
•   Ohnishi T, Yamashita A, Kashima I, et al. (2004). "Fosforylering av hUPF1 inducerar bildning av mRNA-övervakningskomplex innehållande hSMG-5 och hSMG-7" . Mol. Cell . 12 (5): 1187–200. doi : 10.1016/S1097-2765(03)00443-X . PMID 14636577 .
•   Ota T, Suzuki Y, Nishikawa T, et al. (2004). "Fullständig sekvensering och karakterisering av 21 243 humana cDNAs i full längd" . Nat. Genet . 36 (1): 40–5. doi : 10.1038/ng1285 . PMID 14702039 .
•    Kadlec J, Izaurralde E, Cusack S (2004). "Den strukturella grunden för interaktionen mellan nonsens-medierade mRNA-sönderfallsfaktorer UPF2 och UPF3". Nat. Struktur. Mol. Biol . 11 (4): 330–7. doi : 10.1038/nsmb741 . PMID 15004547 . S2CID 23042477 .
•    Dunham A, Matthews LH, Burton J, et al. (2004). "DNA-sekvensen och analysen av human kromosom 13" . Naturen . 428 (6982): 522–8. Bibcode : 2004Natur.428..522D . doi : 10.1038/nature02379 . PMC 2665288 . PMID 15057823 .
•    Lehner B, Sanderson CM (2004). "En proteininteraktionsram för nedbrytning av humant mRNA" . Genome Res . 14 (7): 1315–23. doi : 10.1101/gr.2122004 . PMC 442147 . PMID 15231747 .
•    Gerhard DS, Wagner L, Feingold EA, et al. (2004). "Status, kvalitet och expansion av NIHs fullängds cDNA-projekt: Mammalian Gene Collection (MGC)" . Genome Res . 14 (10B): 2121–7. doi : 10.1101/gr.2596504 . PMC 528928 . PMID 15489334 .
•    Kunz JB, Neu-Yilik G, Hentze MW, et al. (2006). "Funktioner av hUpf3a och hUpf3b i nonsens-medierad mRNA-sönderfall och translation" . RNA . 12 (6): 1015–22. doi : 10.1261/rna.12506 . PMC 1464862 . PMID 16601204 .
•    Tarpey PS, Raymond FL, Nguyen LS, et al. (2007). "Mutationer i UPF3B, en medlem av det nonsens-medierade mRNA-sönderfallskomplexet, orsakar syndromisk och icke-syndromisk mental retardation. " Nat. Genet . 39 (9): 1127–33. doi : 10.1038/ng2100 . PMC 2872770 . PMID 17704778 .
•   Singh G, Jakob S, Kleedehn MG, Lykke-Andersen J (2007). "Kommunikation med exon-junction-komplexet och aktivering av nonsens-medierat sönderfall av mänskliga Upf-proteiner förekommer i cytoplasman. " Mol. Cell . 27 (5): 780–92. doi : 10.1016/j.molcel.2007.06.030 . PMID 17803942 .