UPF1

UPF1
Tillgängliga strukturer PDB Ortologisk sökning: Lista över PDB-id-koder
Identifierare
	, HNORF1, RENT1, pNORF1, smg-2, RNA-helikas och ATPas, UPF1 RNA-helikas och ATPas, UTF
Externa IDs
Genplacering ( Human ) Chr. Band Start Slutet
Genplacering ( Mus ) Chr. Band Start Slutet
RNA uttrycksmönster Bgee Mänsklig Mus (ortolog) BioGPS
Genontologi Molekylär funktion Cellkomponent Biologisk process Källor: Amigo / QuickGO
Ortologer Arter Mänsklig Mus Entrez Ensembl UniProt RefSeq (mRNA) RefSeq (protein) Plats (UCSC) PubMed -sökning
Wikidata
Visa/redigera människa Visa/redigera mus

Regulator of nonsens transcripts 1 är ett protein som hos människor kodas av UPF1 -genen .

Fungera

Denna gen kodar för ett protein som är en del av ett multiproteinkomplex efter splitsning, exon junction-komplexet , involverat i både mRNA- kärnexport och mRNA-övervakning . mRNA-övervakning upptäcker exporterade mRNA med trunkerade öppna läsramar och initierar nonsensmedierad mRNA-nedbrytning (NMD). När translation slutar uppströms från den sista exon-exon-övergången, utlöser detta NMD att bryta ned mRNA som innehåller för tidigt stoppkodon. Detta protein finns i både cytoplasman och cellkärnan . När translationen slutar interagerar den med proteinet som är en funktionell homolog av jäst Upf2p för att utlösa mRNA-avkapsling. Användning av multipla polyadenyleringsställen har noterats för denna gen.

Interaktioner

UPF1 har visat sig interagera med:

• DCP1A ,
• DCP2 ,
• SMG1 ,
• UPF2 ,
• UPF3A , och
• UPF3B .

Vidare läsning

•   Azzalin CM, Lingner J (2006). "Det dubbla livet för UPF1 i RNA- och DNA-stabilitetsvägar" . Cellcykel . 5 (14): 1496–8. doi : 10.4161/cc.5.14.3093 . PMID 16861888 .
•   Horikoshi M, Sekimizu K, Natori S (1984). "Analys av den stimulerande faktorn av RNA-polymeras II i initierings- och förlängningskomplexet" . J. Biol. Chem . 259 (1): 608–11. doi : 10.1016/S0021-9258(17)43705-7 . PMID 6200476 .
•   Nagase T, Seki N, Ishikawa K, et al. (1997). "Förutsägelse av de kodande sekvenserna för oidentifierade mänskliga gener. VI. De kodande sekvenserna för 80 nya gener (KIAA0201-KIAA0280) härledd genom analys av cDNA-kloner från cellinje KG-1 och hjärna" . DNA Res . 3 (5): 321–9, 341–54. doi : 10.1093/dnares/3.5.321 . PMID 9039502 .
•    Czaplinski K, Ruiz-Echevarria MJ, Paushkin SV, et al. (1998). "Övervakningskomplexet interagerar med translationsfrisättningsfaktorerna för att förbättra terminering och bryta ned avvikande mRNA. " Genes Dev . 12 (11): 1665–77. doi : 10.1101/gad.12.11.1665 . PMC 316864 . PMID 9620853 .
•    Page MF, Carr B, Anders KR, et al. (1999). "SMG-2 är ett fosforylerat protein som krävs för mRNA-övervakning i Caenorhabditis elegans och relaterat till Upf1p av jäst" . Mol. Cell. Biol . 19 (9): 5943–51. doi : 10.1128/MCB.19.9.5943 . PMC 84455 . PMID 10454541 .
•    Bhattacharya A, Czaplinski K, Trifillis P, et al. (2000). "Karakterisering av de biokemiska egenskaperna hos den mänskliga Upf1-genprodukten som är involverad i nonsens-medierad mRNA-sönderfall" . RNA . 6 (9): 1226–35. doi : 10.1017/S1355838200000546 . PMC 1369996 . PMID 10999600 .
•    Mendell JT, Medghalchi SM, Lake RG, et al. (2000). "Novel Upf2p Orthologues föreslår en funktionell koppling mellan översättningsinitiering och nonsensövervakningskomplex" . Mol. Cell. Biol . 20 (23): 8944–57. doi : 10.1128/MCB.20.23.8944-8957.2000 . PMC 86549 . PMID 11073994 .
•    Serin G, Gersappe A, Black JD, et al. (2001). "Identifiering och karakterisering av mänskliga ortologer till Saccharomyces cerevisiae Upf2-protein och Upf3-protein (Caenorhabditis elegans SMG-4)" . Mol. Cell. Biol . 21 (1): 209–23. doi : 10.1128/MCB.21.1.209-223.2001 . PMC 88795 . PMID 11113196 .
•    Lykke-Andersen J, Shu MD, Steitz JA (2001). "Human Upf-proteiner riktar sig mot ett mRNA för nonsens-medierat sönderfall när de är bundna nedströms om ett termineringskodon" . Cell . 103 (7): 1121–31. doi : 10.1016/S0092-8674(00)00214-2 . PMID 11163187 . S2CID 18417600 .
•   Denning G, Jamieson L, Maquat LE, et al. (2001). "Klonning av ett nytt fosfatidylinositolkinasrelaterat kinas: karakterisering av det humana SMG-1 RNA-övervakningsproteinet" . J. Biol. Chem . 276 (25): 22709–14. doi : 10.1074/jbc.C100144200 . PMID 11331269 .
•    Yamashita A, Ohnishi T, Kashima I, et al. (2001). "Human SMG-1, ett nytt fosfatidylinositol 3-kinasrelaterat proteinkinas, associerar med komponenter i mRNA-övervakningskomplexet och är involverat i regleringen av nonsens-medierat mRNA-sönderfall" . Genes Dev . 15 (17): 2215–28. doi : 10.1101/gad.913001 . PMC 312771 . PMID 11544179 .
•    Lykke-Andersen J, Shu MD, Steitz JA (2001). "Kommunikation av positionen för exon-exon-övergångar till mRNA-övervakningsmaskineriet av proteinet RNPS1". Vetenskap . 293 (5536): 1836–9. Bibcode : 2001Sci...293.1836L . doi : 10.1126/science.1062786 . PMID 11546874 . S2CID 389385 .
•    Carastro LM, Tan CK, Selg M, et al. (2002). "Identifiering av delta-helikas som den bovina homologen av HUPF1: demonstration av en interaktion med den tredje subenheten av DNA-polymeras delta" . Nucleic Acids Res . 30 (10): 2232–43. doi : 10.1093/nar/30.10.2232 . PMC 115286 . PMID 12000843 .
•    Mendell JT, ap Rhys CM, Dietz HC (2002). "Separerbara roller för rent1/hUpf1 i ändrad skarvning och förfall av nonsensavskrifter". Vetenskap . 298 (5592): 419–22. doi : 10.1126/science.1074428 . PMID 12228722 . S2CID 46447414 .
•    Lykke-Andersen J (2003). "Identifiering av ett mänskligt decapping-komplex associerat med hUpf-proteiner i nonsensmedierat sönderfall" . Mol. Cell. Biol . 22 (23): 8114–21. doi : 10.1128/MCB.22.23.8114-8121.2002 . PMC 134073 . PMID 12417715 .
•    Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH, et al. (2003). "Generering och initial analys av mer än 15 000 fullängds human- och mus-cDNA-sekvenser" . Proc. Natl. Acad. Sci. USA . 99 (26): 16899–903. Bibcode : 2002PNAS...9916899M . doi : 10.1073/pnas.242603899 . PMC 139241 . PMID 12477932 .
•    Chiu SY, Serin G, Ohara O, Maquat LE (2003). "Karakterisering av human Smg5/7a: Ett protein med likheter med Caenorhabditis elegans SMG5 och SMG7 som fungerar i defosforyleringen av Upf1" . RNA . 9 (1): 77–87. doi : 10.1261/rna.2137903 . PMC 1370372 . PMID 12554878 .
•    Schell T, Köcher T, Wilm M, et al. (2003). "Komplex mellan den nonsens-medierade mRNA-sönderfallsvägsfaktorn human upf1 (upp-frameshift protein 1) och väsentliga nonsens-medierade mRNA-sönderfallsfaktorer i HeLa-celler" . Biochem. J . 373 (Pt 3): 775–83. doi : 10.1042/BJ20021920 . PMC 1223536 . PMID 12723973 .