TMEM33

Transmembranprotein 33 är ett protein som hos människor kodas av TMEM33- genen , även känd som SHINC3 . Ett annat namn för TMEM33-proteinet är DB83 .

Gen

Placering av TMEM33 på human kromosom 4

Hos människor är denna gens DNA- placering den korta armen av kromosom 4 , loci-position: 4p13. Det genomiska området är 41937502-41956213, spänner över 18,7 kb, på den positiva strängen. Transmembranprotein 33 överallt , men uttrycks särskilt starkt i blodet , lymfkörtlarna , ben och fettvävnad .

Promotor

Transkriptionsfaktorer med den högsta matrisbindningsaffiniteten till GXP_4428588

En promotorsekvens uppströms om TMEM33 är GXP_4428588. Denna promotorsekvens på 1069 baspar sträcker sig över 41936535-41937603 på human kromosom 4. Promotorsekvensen överlappar den 5'-otranslaterade regionen, första kodande exon och första intron av TMEM33-genen. Många olika transkriptionsfaktorer är kända för att binda till denna region. De mest benägna att binda transkriptionsfaktorer uttrycks mest i bindväv (dvs blod, fettvävnad och ben), immunsystemet och nervsystemet .

mRNA

Alla elva mänskliga transkript av TMEM33 anpassades. Transkripten a, b, c, d och e kodar för livskraftiga TMEM33-isoformer och de andra sex gör det inte.

Elva olika mRNA-transkriptvarianter av TMEM33 finns, 9 alternativt splitsade varianter och 2 osplitsade former. Endast 5 varianter (a, b, c, d och e) kodar för proteiner. Transkripten a, b och c kodar för samma 247 aminosyror långa protein eftersom var och en har samma 7 typiska kodande exoner . Dessa tre varianter varierar endast i 3' UTR-längd. Transkript a, b och c har ett 744 baspar långt kodningsintervall och en särskilt lång 3' UTR som är 6000 baspar lång.

Protein

Egenskaper

SUSIO-förutsägelse av TMEM33-aminosyraarrangemang i mänskligt cellmembran

I Homo sapiens har TMEM33-protein 5 olika kodande mRNA-varianter som kodar för 3 olika proteinisoformer . Det största och vanligaste humana TMEM33-proteinet är 247 aminosyror långt protein med 3 transmembrandomäner . Den enda kända TMEM33-ortologen med fyra transmembrandomäner är Tts1 i Schizosaccharomyces pombe . Det humana proteinet har en förutspådd molekylvikt på 28 kDa och en isoelektrisk punkt på 9,88. TMEM33 har en signifikant hög positiv nettoladdning och mängd hydrofoba rester. I synnerhet leucin som utgör 17,8 % av det mänskliga TMEM33-proteinet. TMEM33 innehåller en konserverad domän i proteinsuperfamiljen UPF0121, i Homo sapiens sträcker sig denna region från aminosyrorna 1 till 246.

Modifieringar efter översättning

Program och experiment som analyserar proteiner förutsäger olika post-translationella modifieringar av TMEM33. Det finns en experimentellt bestämd acetyleringspunkt vid alanin , aminosyrarest 2 hos människor. Humant TMEM33 har fosforylering förutspådd på serinresterna 197 och 198 och treoninresterna 5, 127 och 193. De primära kinaserna som förutsägs verka på TMEM33 är Proteinkinas C (PKC) och PKA . TMEM33 förutspås ha ett O-glykosyleringsställe vid humana aminosyrarester 4 och 5

Strukturera

Den exakta sekundära strukturen för TMEM33 är okänd, men den förutspås bestå huvudsakligen av alfa-helixar och lindade domäner. Den tertiära strukturen är okänd.

Cellulär lokalisering

Enligt sekvensmotiven för Homo Sapiens, TMEM33, förutspås det vara vid det endoplasmatiska retikulum (ER) 48 %, mitokondrier 35 % och kärna 13 %. TMEM33 ortologer hos ryggradsdjur , ryggradslösa djur och svampar förutspåddes också lokaliseras till dessa tre cellulära platser: ER först och mitokondrierna andra, och vissa ortologer förutspåddes en tredje plats och det var kärnan. Homo Sapiens TMEM33 lokaliserad med ER-membran och NE exogent. Klyvningsjäst TMEM33 ortolog, Tts1, rapporterades lokaliseras till ER och till NE ( kärnhölje) .

Homologi

Ortologer av TMEM33 och deras divergens från humant TMEM33 som erhållits från NCBI

En TMEM33-ortolog är känd för att finnas i över 150 organismer och inga kända paraloger finns.

TMEM33 är bevarat genom alla djur, likheten med mänsklig TMEM33 är >80% för alla ryggradsdjur och >60% för alla ryggradslösa djur. TMEM33 har mycket avlägsna ortologer som har UPF0121 i svamp, jäst och växter.

Proteininteraktioner

Med användning av humana proteiner kördes en affinitetskromatografi på TMEM33 att proteinet band till retikulon 4C, 1A, 2B, 3C och Arl6IP1 in vitro. TMEM33 visade sig interagera med ubiquitin C , ubiquitin-specifikt peptidas 19 (USP19), 40S ribosomalt protein S14 ( RPS14 ), replikationsprotein A (RPA1, RPA2, RPA3), transitional endoplasmic reticulum ATPase (VCP) och RNA-polymeras III-initieringsfaktor ( BRF2 ) med användning av affinitetsfångningsexperiment med dessa proteiner som bete. Coimmunoprecipitationsexperiment fann tvåporskanal (TPC), en jonkanal och TMEM33 binder.

Fungera

TMEM33 lokaliseras till det endoplasmatiska retikulummembranet (ER) och kärnhöljet och måste därför fungera i dessa regioner. TMEM33 undertrycker exogent retikulon 4C-funktionen, vilket är ett protein som inducerar bildandet av den tubulära strukturen i ER. Därför tros TMEM33 reglera tubulär ER-struktur genom modulering av retikulonaktivitet. Tts1, TMEM33 ortolog i S. pombe, har visat sig vara involverad i att diktera ER-krökning också. I kärnan indikerar knock-out-studier att Tts1 har en roll i att styra spindelpolkropparna och kärnkärnkomplexen i kärnhöljet under mitos.

Vidare läsning

Hämtad från " https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=TMEM33&oldid=1116599527 "