"Blind Faith" innehåller texter skrivna av James LaBrie om att ifrågasätta religiös tro. Det är den näst längsta låten som LaBrie har bidragit med texter till hittills, den längsta är "Sacrificed Sons" från Octavarium . Det var också första gången han skrev texter till mer än en låt på ett album. Nästa gång skulle också vara på Octavarium .
I låten "Misunderstood" skrev och spelade John Petrucci gitarrsolo, och vände sedan om det. Han lärde sig sedan hur man spelar denna omvända version, och han försöker efterlikna den omvända versionen live med effekter. Detta spår finns i sin kortare radioredigeringsform på kassettupplagan.
"Den stora debatten" är tänkt att vara en partipolitisk sång som behandlar ämnet stamcellsforskning . Den hette ursprungligen "Conflict at Ground Zero" baserat på texten i refrängen men ändrades i sista minuten när nyhetsrapporter började hänvisa till platsen för terroristattacken 9/11 i New York City som "Ground Zero". Bandet var faktiskt i en på Manhattan och dirigerade sista mixar av albumet den aktuella dagen.
Texten till låten "Disappear" skrevs av James LaBrie om ämnet döden; den hette ursprungligen "Move On". Detta spår är helt utelämnat från kassettutgåvan.
Den sjätte låten, " Six Degrees of Inner Turbulence ", som utgör hela den andra CD:n (om än uppdelad i åtta separata spår), är den längsta låten som Dream Theater har spelat in hittills. Under inspelningen ville de behålla låten på 20 minuter, men det kom fler och fler idéer som resulterade i att längden fördubblades. När de insåg att de skulle behöva klippa "Disappear" och "Misunderstood" för att behålla albumet på en CD, var deras skivbolag nu öppna för idén om ett dubbelalbum, något som bandet tidigare hade nekats när de spelade in Falling into Infinity för f.d. etikett EastWest. Trots detta reducerade kassettutgåvan "Misunderstood" till sin radioredigerade version och utelämnade "Disappear" helt.
Det sista ackordet i "Six Degrees of Inner Turbulence" används för att öppna "As I Am" på nästa album Train of Thought , som fortsätter en kedja som slutade med Octavarium .