Sepik-virus
| Sepik virus | |
|---|---|
| Virus klassificering | |
| (orankad): | Virus |
| Rike : | Riboviria |
| Rike: | Orthornavirae |
| Provins: | Kitrinoviricota |
| Klass: | Flasuviricetes |
| Beställa: | Amarillovirales |
| Familj: | Flaviviridae |
| Släkte: | Flavivirus |
| Arter: |
Sepik-virus
|
Sepik-virus (SEPV) är ett leddjursburet virus ( arbovirus ) av släktet Flavivirus och familjen Flaviviridae . Flaviviridae är en av de mest väl karakteriserade virusfamiljerna, eftersom den innehåller många välkända virus som orsakar sjukdomar som har blivit mycket vanliga i världen, som denguevirus . Släktet Flavivirus är ett av de största virala släktena och omfattar över 50 virala arter, inklusive fästing- och myggburna virus som gula febervirus och West Nile-virus . Sepik-virus är mycket mindre känt och har inte klassificerats lika väl som andra virus eftersom det inte har varit känt om det länge. Sepik-virus isolerades först 1966 från myggan Mansonia septempunctata , och det har fått sitt namn från området Sepik River i Papua Nya Guinea , där det först hittades. Det geografiska området för Sepik-virus är begränsat till Papua Nya Guinea , på grund av dess isolering.
Arbovirus är ett fortsatt hot mot folkhälsan i Papua Nya Guinea, särskilt på grund av bristande övervakning och rapportering, så mycket av förekomsten av sjukdomar på grund av dessa virus är okända i det området. Arbovirus orsakar utbrott när viruset som infekterar en endemisk population sprider sig genom en vektor som myggor eller fästingar till människor. Medan den huvudsakliga värdarten för Sepik-virus fortfarande är okänd, har det upptäckts att den primära myggarten som överför Sepik-virus är Mansonia septempunctata . Detta skiljer sig från andra relaterade virus, eftersom de flesta av de välklassificerade myggburna virusen som folkhälsomyndigheten fokuserar på överförs av Aedes aegypti myggarter Culex och .
Viral klassificering och evolution
Sepik-virus är i släktet Flavivirus , vilket betyder att det liknar gula feberviruset, eftersom gulfebervirus är typen av virus för familjen. Det är också ett arbovirus, så viruset överförs av en leddjursvektor. Släktet Flavivirus kan vidare delas upp i klader baserat på om vektorn som överför viruset till människor och vad vektorn är. Om vektorn är känd bildar den en clade, som ytterligare bryts ner i typ av vektor. I den kända vektorkladden finns en mygggrupp och en fästinggrupp, som divergerat tidigt i fylogenin och inte har mycket överlappning, ekologiskt. Mygggruppen är vidare uppdelad i de typer av sjukdomar som viruset orsakar, som neurotropa virus och hemorragiska sjukdomsvirus. Neurotropa virus som japanskt encefalitvirus orsakar hjärnsjukdom och sprids vanligen av Culex -myggarter och har en reservoar i fåglar, medan hemorragiska virus som gula febern vanligtvis sprids av Aedes -myggarter och har primater. Sepik-virus klassificeras som ett hemorragisk sjukdomsvirus eftersom det är i gruppen gula febern, eftersom det är närmast besläktat med gula feberviruset. Sepik-virus har dock inte samma patogenicitet eller virulens som gula feberviruset, eftersom det inte är känt för att orsaka hemorragisk feber, utan snarare en febersjukdom.
Viral struktur
Liknande andra virus i släktet Flavivirus är Sepik-virus ett cirkulärt, höljevirus som uppvisar ikosaedrisk symmetri i nukleokapsiden. Virionet är relativt litet, endast cirka 50 nm i diameter. Viruspartikeln innehåller tre huvudsakliga strukturella proteiner ; det finns två membranassocierade proteiner, höljeproteinet (E) och membranproteinet (M). Viruset har också ett kapsidprotein (C) som skyddar arvsmassan från miljön, vilket kan göra att arvsmassan torkar ut eller bryts ned. Kapsiden är huvudsakligen protein, men 17 % av kapsiden är lipider i vikt, som härrörde från värdcellmembranet; kapsiden är också cirka 9 viktprocent kolhydrat i form av glykolipider och glykoproteiner.
Viralt genom
Genomet för Sepik-virus är en icke-segmenterad, enkelsträngad, positiv sens RNA-molekyl som är cirka 10,79 kilobaser lång. Genomet består av en kort icke-kodande region i 5'-änden, en enda lång öppen läsram (ORF) som innehåller generna för alla gener som viruset producerar, och en icke-kodande region i 3'-änden och genomet har inte en poly-A-svans som vanligtvis ses i slutet av mRNA-molekyler. De icke-kodande regionerna är användbara för att bestämma fylogenetiska förhållanden mellan virus inom Flavivirus , såväl som inom grupper, såsom gula febervirusgruppen. De icke-kodande regionerna innehåller också motiv som är viktiga vid viral translation, replikering och paketering. Genomet fungerar som både genomisk data och mRNA, kodar för 3 strukturella proteiner nödvändiga för virion och 8 icke-strukturella proteiner nödvändiga för replikering. Genomet innehåller också en kapsyl av typ I och en konserverad stamslinga vid 5'-änden, märkt som m7GpppAmp, som inte ses i virus i andra familjer eller släkten. Locket fungerar som ett initieringsställe för transkription, såväl som stabilitet till mRNA.
Replikeringscykel
Inträde
Inträde av Sepik-virus i cellen förmedlas av höljeproteinet (E), som är det virala inträdesproteinet. Höljesproteinet binder till värdcellsreceptorn som sedan signalerar till cellen att föra in viruset med hjälp av endocytos. Höljeproteinet hjälper sedan det virala höljet att smälta samman med värdcellmembranet för att frigöra den virala kapsiden i cellen.
Replikering och transkription
När genomet väl är i cellen sker replikation längs membranet av det grova endoplasmatiska retikulumet . Replikation sker vanligtvis vid membraninvaginationer för att skydda det replikerande genomet från värdförsvar som RNA-interferens , eftersom enkelsträngade positiva RNA-virus replikerar genom en dubbelsträngad RNA-intermediär. Genomet fungerar också som mRNA och viruset använder värdcellens maskineri för att översätta ett långt polyprotein som innehåller både de strukturella och icke-strukturella proteinerna. Detta ena långa polyprotein klyvs senare in i kapsiden, höljet och membranproteinet, och även proteiner som inte är sammansatta i virionen, vilka betecknas som icke-strukturella proteiner. De icke-strukturella proteinerna fungerar i viral replikation och montering. Dessa proteiner heter NS1, NS2A, NS2B, NS3, NS4A, NS4B, NS5 och NS2K, där NS betecknar "icke-strukturell". NS3 har enzymatisk aktivitet som ett helikas och proteas, medan NS5 är ett RNA-beroende RNA-polymeras, vilket gör att viruset kan replikera ett nytt (+)RNA-genom genom att skapa en komplementär (-)RNA-sträng och använda den som en mall för genomet. De andra icke-strukturella proteinerna fungerar i RNA-replikation, viral sammansättning och frisättning, bearbetning av det virala polyproteinet och hämmar värdens medfödda immunitet, som att hämma interferonsignalering .
Montering och frigöring
Det finns ingen känd strukturerad nukleokapsid för några virus i släktet Flavivirus , eftersom inga virus som tillhör släktet har setts med hjälp av kryoelektronmikroskopi . Därför består sammansättningen av virion sannolikt av att kapsidproteinet (C) och det genomiska RNA:t aggregeras och kondenseras, med kapsidproteinet som fungerar som en laddningsneutralisator för RNA:t, för att så småningom bilda en liten partikel som inte har någon kontakt med kuvertet. Virioner frisätts genom knoppning av kapsidproteinet och RNA:t in i det endoplasmatiska retikulummembranet för att bilda ett lipidhölje som sporadiskt är ingrot med glykoproteiner, som höljesglykoproteinet (E) som används för inträde i nästa värdcell. Virionerna utsöndras senare från värdcellen för att infektera nya, mottagliga celler. [ citat behövs ]
Överföring
Sepik-virus, liksom alla andra arbovirus, överförs från en värdreservoar till människor genom en viral vektor. Vissa arbovirus kan bibehållas i en population med minimal tillförsel från reservoaren, vilket innebär att vektorn kan använda infekterade människor som en källa till viruset för att spridas till nya, mottagliga människor. Sepik-virus kan dock inte upprätthållas i befolkningen och kan därför inte överföras via myggvektor mellan människor. Detta betyder att värdreservoaren är den enda kända källan till Sepik-virus, men värdreservoaren är okänd för närvarande.
Associerade sjukdomar
Sepik-virus orsakar feber hos människor, ungefär som andra virus i släktet Flavivirus som denguevirus och gula febervirus. Sepik-virus är dock bara känt för att orsaka icke-svår feberfeber och inte hemorragisk feber som de mer välklassade virusen. Feber till följd av Sepik-virusinfektion har bara setts i Papua Nya Guinea och har förblivit isolerad från resten av världen. Rapportering och övervakning för denna feber saknas dock, så spridning av vektorn och Sepik-virusfebern kan ha börjat spridas utanför sitt normala intervall, och ingen anmälan har gjorts.
Arbovirus, huvudsakligen högpatogena sådana som gula febern-viruset eller dengue-viruset, är viktiga framväxande patogener i många tropiska länder och utvecklingsländer på grund av den höga förekomsten av den virala vektorn och många länder har dåliga sanitära förhållanden och saknar vektorkontrollmetoder. Det är viktigt att notera att de kända geografiska områden som många arbovirus finns för närvarande inte är konkreta, eftersom förändrade globala temperaturer bidrar till att breddade vektorhabitat, eftersom många arbovirus som har begränsats till tropiska zoner nu ses längre in i de tempererade zonerna som vektorn, främst myggor, flyttar till nya områden och kan infektera naiva populationer.