SUPT5H

SUPT5H
Tillgängliga strukturer PDB Ortologisk sökning: Lista över PDB-id-koder
Identifierare
	, SPT5, SPT5H, Tat-CT1, SPT5 homolog, DSIF förlängningsfaktor subenhet
Externa ID:n
Genplacering ( Human ) Chr. Band Start Slutet
Genplacering ( Mus ) Chr. Band Start Slutet
RNA uttrycksmönster Bgee Mänsklig Mus (ortolog) BioGPS
Genontologi Molekylär funktion Cellkomponent Biologisk process Källor: Amigo / QuickGO
Ortologer Arter Mänsklig Mus Entrez Ensembl UniProt RefSeq (mRNA) RefSeq (protein) Plats (UCSC) PubMed -sökning
Wikidata
Visa/redigera människa Visa/redigera mus

Transkriptionsförlängningsfaktor SPT5 är ett protein som hos människor kodas av SUPT5H -genen .

Interaktioner

SUPT5H har visat sig interagera med:

• CDK9 ,
• Cyklinberoende kinas 7 ,
• HTATSF1 ,
• PIN1 ,
• POLR2A ,
• PRMT1 och
• Protein arginin metyltransferas 5 .

Modellorganismer

Modellorganismer har använts i studien av SUPT5H-funktion. En villkorlig knockout-muslinje kallad Supt5 ^{tm2a(KOMP)Wtsi} genererades på Wellcome Trust Sanger Institute . Han- och hondjur genomgick en standardiserad fenotypisk screening för att bestämma effekterna av deletion. Ytterligare undersökningar utförda: - Djupgående immunologisk fenotypning

Supt5 knockout mus fenotyp

Karakteristisk	Fenotyp
All data tillgänglig på.
Leukocyter från perifert blod 6 veckor	Vanligt
Hematologi 6 veckor	Vanligt
Homozygot viabilitet vid P14	Onormal
Recessiv dödlig studie	Onormal
Kroppsvikt	Vanligt
Neurologisk bedömning	Vanligt
Greppstyrka	Vanligt
Dysmorfologi	Vanligt
Indirekt kalorimetri	Vanligt
Glukostoleranstest	Vanligt
Auditiv hjärnstammsrespons	Vanligt
DEXA	Vanligt
Radiografi	Vanligt
Ögonmorfologi	Vanligt
Klinisk kemi	Vanligt
Hematologi 16 veckor	Vanligt
Leukocyter från perifert blod 16 veckor	Vanligt
Hjärtvikt	Vanligt
Salmonellainfektion _	Vanligt
Cytotoxisk T-cellsfunktion	Vanligt
Immunfenotypning av mjälte	Vanligt
Mesenterisk lymfkörtelimmunfenotypning	Vanligt
Benmärgsimmunfenotypning	Vanligt
Epidermal immunkomposition	Vanligt

Vidare läsning

•   Andersson B, Wentland MA, Ricafrente JY, Liu W, Gibbs RA (april 1996). "En "dubbel adapter"-metod för förbättrad konstruktion av hagelgevärsbibliotek. Analytisk biokemi . 236 (1): 107–13. doi : 10.1006/abio.1996.0138 . PMID 8619474 .
•    Yu W, Andersson B, Worley KC, Muzny DM, Ding Y, Liu W, Ricafrente JY, Wentland MA, Lennon G, Gibbs RA (april 1997). "Storskalig sammanlänkning av cDNA-sekvensering" . Genomforskning . 7 (4): 353–8. doi : 10.1101/gr.7.4.353 . PMC 139146 . PMID 9110174 .
•    Stachora AA, Schäfer RE, Pohlmeier M, Maier G, Ponstingl H (juni 1997). "Human Supt5h-protein, en förmodad modulator av kromatinstruktur, fosforyleras reversibelt i mitos". FEBS Bokstäver . 409 (1): 74–8. doi : 10.1016/S0014-5793(97)00486-9 . PMID 9199507 . S2CID 43730950 .
•    Wada T, Takagi T, Yamaguchi Y, Ferdous A, Imai T, Hirose S, Sugimoto S, Yano K, Hartzog GA, Winston F, Buratowski S, Handa H (feb 1998). "DSIF, en ny transkriptionsförlängningsfaktor som reglerar RNA-polymeras II-processiviteten, är sammansatt av humana Spt4- och Spt5-homologer" . Gener & Utveckling . 12 (3): 343–56. doi : 10.1101/gad.12.3.343 . PMC 316480 . PMID 9450929 .
•   Wu-Baer F, Lane WS, Gaynor RB (mars 1998). "Roll för den humana homologen av jästtranskriptionsfaktorn SPT5 i HIV-1 Tat-aktivering". Journal of Molecular Biology . 277 (2): 179–97. doi : 10.1006/jmbi.1997.1601 . PMID 9514752 .
•    Wada T, Takagi T, Yamaguchi Y, Watanabe D, Handa H (dec 1998). "Bevis på att P-TEFb lindrar den negativa effekten av DSIF på RNA-polymeras II-beroende transkription in vitro" . EMBO Journal . 17 (24): 7395–403. doi : 10.1093/emboj/17.24.7395 . PMC 1171084 . PMID 9857195 .
•   Yamaguchi Y, Wada T, Watanabe D, Takagi T, Hasegawa J, Handa H (mars 1999). "Struktur och funktion av den mänskliga transkriptionsförlängningsfaktorn DSIF" . Journal of Biological Chemistry . 274 (12): 8085–92. doi : 10.1074/jbc.274.12.8085 . PMID 10075709 .
•    Yamaguchi Y, Takagi T, Wada T, Yano K, Furuya A, Sugimoto S, Hasegawa J, Handa H (april 1999). "NELF, ett multisubunit-komplex som innehåller RD, samarbetar med DSIF för att undertrycka RNA-polymeras II-förlängning" . Cell . 97 (1): 41–51. doi : 10.1016/S0092-8674(00)80713-8 . PMID 10199401 . S2CID 16855257 .
•    Parada CA, Roeder RG (juli 1999). "Ett nytt RNA-polymeras II-innehållande komplex potentierar Tat-förstärkt HIV-1-transkription" . EMBO Journal . 18 (13): 3688–701. doi : 10.1093/emboj/18.13.3688 . PMC 1171446 . PMID 10393184 .
•    Wen Y, Shatkin AJ (juli 1999). "Transkriptionsförlängningsfaktor hSPT5 stimulerar mRNA-kapsling" . Gener & Utveckling . 13 (14): 1774–9. doi : 10.1101/gad.13.14.1774 . PMC 316881 . PMID 10421630 .
•    Kim JB, Yamaguchi Y, Wada T, Handa H, Sharp PA (sep 1999). "Tat-SF1-protein associerar med RAP30 och humana SPT5-proteiner" . Molekylär och cellulär biologi . 19 (9): 5960–8. doi : 10.1128/mcb.19.9.5960 . PMC 84462 . PMID 10454543 .
•    Ivanov D, Kwak YT, Guo J, Gaynor RB (maj 2000). "Domäner i SPT5-proteinet som modulerar dess transkriptionsreglerande egenskaper" . Molekylär och cellulär biologi . 20 (9): 2970–83. doi : 10.1128/MCB.20.9.2970-2983.2000 . PMC 85557 . PMID 10757782 .
•   Wada T, Orphanides G, Hasegawa J, Kim DK, Shima D, Yamaguchi Y, Fukuda A, Hisatake K, Oh S, Reinberg D, Handa H (juni 2000). "FAKTA lindrar DSIF/NELF-medierad hämning av transkriptionell förlängning och avslöjar funktionella skillnader mellan P-TEFb och TFIIH" . Molekylär cell . 5 (6): 1067–72. doi : 10.1016/S1097-2765(00)80272-5 . PMID 10912001 .
•   Ping YH, Rana TM (april 2001). "DSIF och NELF interagerar med RNA-polymeras II-förlängningskomplex och HIV-1 Tat stimulerar P-TEFb-medierad fosforylering av RNA-polymeras II och DSIF under transkriptionsförlängning" . Journal of Biological Chemistry . 276 (16): 12951–8. doi : 10.1074/jbc.M006130200 . PMID 11112772 .
•   Kim JB, Sharp PA (april 2001). "Positiv transkriptionsförlängningsfaktor B fosforylerar hSPT5 och RNA-polymeras II karboxylterminala domän oberoende av cyklinberoende kinasaktiverande kinas" . Journal of Biological Chemistry . 276 (15): 12317–23. doi : 10.1074/jbc.M010908200 . PMID 11145967 .
•   Renner DB, Yamaguchi Y, Wada T, Handa H, Price DH (nov 2001). "Ett mycket renat RNA-polymeras II-töjningskontrollsystem" . Journal of Biological Chemistry . 276 (45): 42601–9. doi : 10.1074/jbc.M104967200 . PMID 11553615 .
•   Lavoie SB, Albert AL, Handa H, Vincent M, Bensaude O (sep 2001). "Peptidyl-prolylisomeraset Pin1 interagerar med hSpt5 fosforylerad av Cdk9". Journal of Molecular Biology . 312 (4): 675–85. doi : 10.1006/jmbi.2001.4991 . PMID 11575923 .
•    Bourgeois CF, Kim YK, Churcher MJ, West MJ, Karn J (feb 2002). "Spt5 samarbetar med humant immunbristvirus typ 1 Tat genom att förhindra för tidig RNA-frisättning vid terminatorsekvenser" . Molekylär och cellulär biologi . 22 (4): 1079–93. doi : 10.1128/MCB.22.4.1079-1093.2002 . PMC 134635 . PMID 11809800 .
•    Yamaguchi Y, Inukai N, Narita T, Wada T, Handa H (maj 2002). "Bevis på att negativ förlängningsfaktor undertrycker transkriptionsförlängning genom bindning till ett DRB-känslighetsinducerande faktor/RNA-polymeras II-komplex och RNA. " Molekylär och cellulär biologi . 22 (9): 2918–27. doi : 10.1128/MCB.22.9.2918-2927.2002 . PMC 133766 . PMID 11940650 .