STRIDE (algoritm)
I proteinstruktur är STRIDE ( Strukturell identifiering ) en algoritm för tilldelning av sekundära proteinstrukturelement givet proteinets atomära koordinater, som definieras av röntgenkristallografi , protein -NMR eller annan metod för bestämning av proteinstruktur. Förutom vätebindningskriterierna som används av den vanligare DSSP- algoritmen inkluderar STRIDE-tilldelningskriterierna även dihedriska vinkelpotentialer . Som sådan är dess kriterier för att definiera individuella sekundära strukturer mer komplexa än de för DSSP. Energifunktionen STRIDE innehåller en vätebindningsterm som innehåller en Lennard-Jones-liknande 8-6 avståndsberoende potential och två vinkelberoende faktorer som återspeglar planariteten hos den optimerade vätebindningsgeometrin. Kriterierna för enskilda sekundära strukturelement, som är indelade i samma grupper som de som rapporterats av DSSP, innehåller också statistiska sannolikhetsfaktorer härledda från empiriska undersökningar av lösta strukturer med visuellt tilldelade sekundära strukturelement utvunna från Protein Data Bank .
Även om DSSP är den äldre metoden och fortsätter att vara den vanligaste, rapporterade den ursprungliga STRIDE-definitionen att den ger en mer tillfredsställande strukturell tilldelning i minst 70 % av fallen. I synnerhet observerades STRIDE för att korrigera för benägenheten hos DSSP att tilldela kortare sekundära strukturer än vad som skulle tilldelas av en expertkristallograf, vanligtvis på grund av de mindre lokala variationerna i strukturen som är vanligast nära ändarna av sekundära strukturelement. Genom att använda en skjutfönstermetod för att jämna ut variationer i tilldelningen av enstaka terminalrester, rapporteras nuvarande implementeringar av STRIDE och DSSP att överensstämma i upp till 95,4 % av fallen. Både STRIDE och DSSP, bland andra vanliga metoder för tilldelning av sekundär struktur, tros underförutse pi-helixer .
Se även
- ^ Frishman D, Argos P. (1995). Kunskapsbaserad protein sekundär strukturuppgift. Proteins 23(4):566-79. doi : 10.1002/prot.340230412 PMID 8749853
- ^ Martin J, * Letellier G, Marin A, Taly JF, de Brevern AG, Gibrat JF. (2005). Protein sekundär struktur tilldelning återbesökt: en detaljerad analys av olika tilldelningsmetoder. BMC Struct Biol 5:17. PMID 16164759
- ^ Fodje MN, Al-Karadaghi S. (2002). Förekomst, konformationsegenskaper och aminosyrabenägenhet för pi-helixen. Protein Eng 15(5):353-8. PMID 12034854
externa länkar
- STRIDE - inkluderar webbgränssnitt, en utskrift av det ursprungliga STRIDE-papperet och mjukvarudokumentation
- Papper om den ursprungliga webbserverimplementeringen